消息传到京城，本该是皆大欢喜的事，可魏忠贤却动起了歪心思。他觉得袁崇焕的功劳太大，威胁到了自己的地位，于是跟手下的党羽商量，把功劳都揽到自己身上。朝廷下旨封赏，魏忠贤被加官进爵，赏银万两，还被封为“九千岁”；他的干儿子、干孙子，甚至四岁的干曾孙，都得到了官职和赏赐；监军太监们也个个加俸，阉党的大臣们也都分到了好处，有的升官，有的发财，忙得不亦乐乎。
最后，轮到袁崇焕的时候，朝廷只赏了他三十两银子，连一句像样的表扬都没有。有人替袁崇焕抱不平，说他立下大功，不该只得到这么点赏赐，可袁崇焕却笑着把三十两银子分给了手下的士兵。他摸着士兵们粗糙的手，笑着说：“我守辽东，不是为了当官发财，只要能守住山河，让百姓平安，比什么都强。”可没人知道，夜深人静的时候，他坐在军营里，看着窗外的月光，心里满是担忧——魏忠贤一伙的贪腐，已经让明朝的根基越来越不稳，辽东的防务，以后只会越来越难。
天启皇帝驾崩后，崇祯皇帝继位。崇祯一上台，就下令处死了魏忠贤，清算阉党，朝廷上下一片清明。崇祯听说了袁崇焕的功劳，特意召回了他，任命他为蓟辽督师，掌管辽东所有军务。崇祯亲自召见袁崇焕，问他辽东的防务计划，袁崇焕当场立下“五年平辽”的誓言，说只要朝廷给足粮草兵马，他五年之内一定能平定辽东，赶走后金军队。崇祯很高兴，赐给袁崇焕尚方宝剑，让他便宜行事，还说要是他能平定辽东，就封他为侯。
袁崇焕回到辽东后，立刻整顿军务。他淘汰了老弱病残的士兵，招募了一批年轻力壮的小伙子，亲自操练；他还清理了军中的腐败分子，把克扣的军饷都补发到位，士兵们的士气越来越高。可他也知道，辽东的军务混乱，还有一个关键人物——总兵毛文龙。毛文龙驻守在皮岛，手握重兵，却不听指挥，还经常克扣军饷、走私货物，甚至跟后金暗中勾结，给辽东的防务带来了很大隐患。
袁崇焕多次劝说毛文龙，让他遵守军纪，可毛文龙根本不听，还嚣张地说：“我在皮岛驻守多年，功劳很大，你管不着我！”袁崇焕没办法，只能用尚方宝剑，下令处死了毛文龙。这本来是为了统一兵权，更好地防守辽东，可却给了政敌攻击他的借口，也让崇祯心里的疑虑更深了——崇祯虽然重用袁崇焕，却又时刻提防着他，担心他手握重兵，会拥兵自重，谋反叛乱。
崇祯二年十月，皇太极想出了一条毒计——反间计。他知道袁崇焕是辽东的脊梁，只要除掉袁崇焕，拿下辽东就易如反掌。于是，他带着大军，绕过关宁锦防线，从蒙古那边偷袭，直逼北京城下。袁崇焕得知消息后，心急如焚，他知道北京是明朝的都城，要是被攻破，后果不堪设想。于是，他带着骑兵连夜赶路，马不停蹄，赶在北京被包围之前，带兵进驻北京城外，挡住了后金军的进攻。
可这时候，谣言已经开始流传。有人说袁崇焕故意放后金军逼近北京，想逼朝廷跟后金议和；还有人说他跟皇太极暗中勾结，想谋反篡位，自己当皇帝。这些谣言像野草一样疯长，传到了崇祯的耳朵里，让他本来就多疑的心，变得更加不安。
皇太极趁机抓住了两个明朝的太监，把他们关在军营里。晚上，他故意安排两个将领在太监住的帐篷外面聊天，声音刚好能被太监听到。“你知道吗？袁崇焕早就跟咱们大汗约定好了，等咱们攻破北京，他就打开城门投降，到时候他就是明朝的皇帝，咱们大汗还会封他为亲王呢！”一个将领故意大声说道，语气里满是得意。另一个将领接着说：“是啊，昨天大汗还跟他派来的使者见面呢，两人聊得可投机了，说好了里应外合，一起拿下北京！”
两个太监吓得浑身发抖，躲在帐篷里，大气都不敢喘，以为听到了天大的秘密。他们心想，要是能把这个消息带回去告诉皇帝，肯定能立下大功，说不定还能升官发财。过了两天，皇太极故意让士兵“不小心”放松警惕，让两个太监趁机逃走。两个太监逃回皇宫后，赶紧跑到崇祯面前，把听到的“秘密”一五一十地告诉了崇祯，还添油加醋地说，他们亲眼看到袁崇焕的使者跟皇太极见面了。
崇祯本来就多疑，加上之前毛文龙被杀的事，还有流传的谣言，顿时怒火中烧。他认定袁崇焕是叛徒，是卖国贼，气得拍着桌子大喊：“袁崇焕这个奸贼，我这么信任他，他竟然背叛我！”当天晚上，崇祯就下令，让锦衣卫把袁崇焕抓起来，关进了大牢。
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袁崇焕被抓的时候，还在指挥士兵抗击后金军。他看着前来抓他的锦衣卫，眼里满是震惊和委屈，他大喊：“我没有谋反！我是冤枉的！我守辽东这么多年，怎么可能背叛朝廷！”可锦衣卫根本不听，把他五花大绑，押进了大牢。关进大牢后，袁崇焕多次上书，为自己辩解，把自己守辽东的功劳、处死毛文龙的原因、带兵救援北京的经过，都写得清清楚楚，可崇祯根本不看，甚至连见都不愿意见他