政敌们也趁机落井下石，编造各种罪名陷害袁崇焕，比如通敌叛国、擅杀大将、克扣军饷、故意放敌入关等等。这些罪名，每一条都足以让他死无葬身之地。袁崇焕看着冰冷的牢房，看着墙上的蜘蛛网，心里慢慢凉了——他知道，自己这一次，是难逃一死了。可他不后悔，他想起自己当初立下的誓言，想起辽东的士兵和百姓，想起自己守护的山河，心里只有一个念头：就算死，也要做个忠臣，就算被误解，也要守住自己的气节。
崇祯三年八月十六日，北京的西市刑场，挤满了围观的百姓。那时候，朝廷已经到处宣传袁崇焕是“叛徒”，是“卖国贼”，说他通敌叛国，害得后金军逼近北京，百姓们流离失所。百姓们都信以为真，个个义愤填膺，有的拿着石头，有的拿着棍棒，还有的拿着铜钱，等着看他被处死，发泄自己的愤怒。
袁崇焕被押到刑场上，他穿着一身破烂的囚服，头发凌乱地披在肩上，脸上带着伤痕和灰尘，可腰杆依旧挺直，眼神里没有丝毫畏惧，只有无尽的委屈和不舍。监斩官拿着圣旨，大声宣读了他的罪名，最后厉声下令：“凌迟处死！”
凌迟，是古代最残忍的刑罚之一，民间也叫“千刀万剐”，就是用小刀把人身上的肉一块一块割下来，让人生不如死。按照当时的规定，袁崇焕要被割3600多刀，直到最后一刀才让人死去，每一刀都要割得恰到好处，不能让他太早断气。刽子手拿起锋利的小刀，先从袁崇焕的肩膀开始割，每割一刀，就把肉扔在地上，袁崇焕疼得浑身发抖，冷汗顺着额头往下流，牙齿咬得咯咯作响，可他始终没有喊一声求饶，只是死死地盯着北京的天空，眼里满是不舍——他不舍得这片自己用生命守护的山河，不舍得辽东的士兵和百姓，不舍得自己还没完成的“五年平辽”的誓言。
围观的百姓们看到这一幕，不仅不同情他，反而纷纷拿着铜钱，跑到刽子手面前，花钱买割下来的肉，然后生吃下去，一边吃一边骂：“叛徒！活该！你这个卖国贼，害了我们！”有的百姓甚至拿着石头，砸向袁崇焕，石头落在他的身上，疼得他浑身抽搐，可他还是没有吭声。
袁崇焕看着这些误解自己的百姓，看着他们愤怒的眼神，眼泪终于忍不住流了下来。这眼泪，不是因为身体的疼痛，而是因为心里的委屈和难过——他用自己的一生守护着这些人，守护着这片土地，可最后，却被这些人误解，被这些人唾弃，死在自己守护的王朝手里，死在自己守护的百姓面前。
他用尽最后一丝力气，对着天空，喊出了一首绝笔诗：“一生事业总成空，半世功名在梦中。死后不愁无勇将，忠魂依旧守辽东！”说完，他闭上眼睛，再也没有睁开。刽子手一刀一刀地割着，鲜血染红了刑场的土地，直到割完3600多刀，袁崇焕才咽下最后一口气。他的尸体被扔在刑场上，没人敢收，因为朝廷下令，谁敢收葬袁崇焕的尸体，就以通敌叛国罪论处。
可总有忠义之人。一个姓余的义士，是袁崇焕当年驻守宁远时的部下，他看着自己敬佩的将军落得如此下场，心里满是悲痛和愤怒。他冒着生命危险，在夜深人静的时候，偷偷跑到刑场，把袁崇焕的尸骨收了起来，然后背着尸骨，穿过北京的大街小巷，偷偷埋在了北京广渠门内的一个院子里。埋好后，他立下誓言，让自己的子孙后代世代为袁崇焕守墓，直到他的冤屈得到昭雪的那一天。
一代名将，忠臣脊梁，就这样死在了自己守护的皇帝手里，死在了自己守护的百姓误解之下，成了史上死得最冤最惨的名将之一。他的冤屈，像一块沉重的石头，压在了历史的长河里，一压就是三百多年。
三百多年后，金庸在写《碧血剑》的时候，始终忘不了袁崇焕的故事。他小时候听长辈讲袁崇焕的冤屈，就心里愤愤不平，后来查阅了大量的史料，从《明史》到《明实录》，从《三朝辽事实录》到《袁崇焕评传》，确认袁崇焕是被冤枉的，是明末最忠诚、最有谋略的名将之一。于是，他决定借小说来为袁崇焕鸣不平，借袁承志的经历，来延续袁崇焕的理想和抱负。
在《碧血剑》里，袁承志是袁崇焕的儿子，他身负绝世武功，闯荡江湖，结交豪杰，一心想为父亲报仇，想完成父亲“五年平辽”的遗志。可金庸在书里，从来没有让袁承志真正报了仇，反而让他看到了明朝的腐败和黑暗——官员们贪污受贿，士兵们欺压百姓，皇帝多疑残暴，就算杀了陷害袁崇焕的人，也改变不了明朝灭亡的命运。最后，袁承志带着众人隐居海外，不是逃避，而是金庸对那个时代的无奈——袁崇焕的悲剧，不是一个人的悲剧，而是整个明朝的悲剧，是一个王朝崩塌前，忠臣末路的必然结局。
《碧血剑》连载后，引起了很大的反响。越来越多的人开始关注袁崇焕，开始查阅史料，了解他的故事，为他的冤屈感到惋惜，为他的热血感到敬佩。后来，经过历史学家的反复考证，袁崇焕通敌叛国的罪名被彻底推翻，他的冤屈终于得到了昭雪。历史学家们一致认为，袁崇焕是明末的忠臣脊梁，他的死，是明朝的重大损失，加速了明朝的灭亡。