甚至有一位原本隐匿在秦淮河畔某处画舫的歌妓，趁着夜色，鼓起勇气，蒙面前来，声称自己月前从淮安逃难而来，途中曾染上怪病，高烧不退，身上起满红疹，昏厥数日，同行者皆以为她已死，但她竟奇迹般地硬挺了过来，只是身上留下了些许疤痕。她愿意贡献自己的血液，只求能救更多人，也为给自己积些阴德，寻个出路……
戚睿涵和李大坤几乎是来者不拒，一一亲自甄别。他们深知，在这些看似荒谬甚至危险的线索中，可能就藏着救世的希望。他们将有可能有用的病原体（病牛、死鼠、病猪）和那些自称的康复者，都一一编号、记录，然后小心翼翼地送往临时征用的、远离南京城居民区的一处废弃皇庄。这里被高墙环绕，地理位置相对偏僻，被迅速改造成了临时的“瘟疫研究所”和隔离区，由史可法调派的精锐兵马层层把守，许进不许出。
皇庄内外，气氛凝重得几乎能滴出水来。外围是持枪佩刀的兵士，面色冷峻，眼神中带着对墙内未知危险的警惕。内部，则是一片繁忙、压抑而又充满异样“生机”的景象。这里被划分为数个区域，界限分明。
李大坤是这里绝对的技术核心和精神支柱。他换上了一身用桐油反复浸泡过的粗布“防护服”，戴着厚厚的口罩和手套，几乎不眠不休地扑在被称为“实验室”的几间大瓦房里。这里原本是皇庄的库房，如今摆放着各种匪夷所思的物事：从太医院搬来的炼丹炉（被改造用于高温灭菌）、大大小小的瓷瓶、玉罐、铜盆、精细的秤具、滤网，还有临时找来的铁笼，里面关着用于实验的兔子、猴子，以及那些被征集来的病畜。
工作的过程充满了难以想象的困难和危险。李大坤指挥着太医院选拔出来的、胆大心细且自愿前来（部分也是被高额赏金和晋升承诺所吸引）的医师和学徒，按照戚睿涵转述的、结合他自身理科知识理解后的生物医学原理，进行着在这个时代看来如同巫术般骇人听闻的操作。
对于那头珍贵的病牛，李大坤亲自操作，用经过火焰灼烧消毒的小银刀，小心翼翼地刮取痘疮上的脓液和痂皮。他思考着如何通过反复接种到其他动物身上来“传代”，以减弱其毒性。他选择了看起来相对健康的牛犊，以及几只从南方运来的猴子（他认为猴子与人类更接近）。
过程绝非易事，剂量、接种部位（皮肤划痕）、动物的个体差异，都是未知数。第一批接种的猴子，有的毫无反应，有的却迅速病倒，高烧、出痘，几天内便奄奄一息，证明原始毒株的毒性依然太强，或者混杂了其他病原。每一次失败，都意味着宝贵时间的流逝和实验动物的死亡，也沉重地打击着团队的士气。李大坤只能强打精神，记录下每一个细节，调整方案，尝试用更稀释的痘浆，或者先在牛犊身上多传几代再看。
对那些死鼠和病猪的处理则更加危险。解剖是在一间单独、通风极差的石屋内进行，所有参与人员都包裹得严严实实。恶臭几乎能穿透厚厚的口罩。李大坤忍着强烈的生理不适，仔细检查老鼠肿大的淋巴结（疑似鼠疫的腹股沟淋巴结肿）、变色的内脏，以及病猪的肺部病变。他尝试用最干净的薄刃片取样，然后放在干净的玉片上，思考着如何“培养”这些看不见的“病原”。他用过肉汤，甚至尝试用鸡蛋（但保存不当很快腐败），效果都不理想。更多的是采用各种物理化学方法试图灭活或减弱它们——放在特制的小烘箱里用炭火低温长时间烘烤，置于烈日下暴晒，或者尝试用极低浓度的砒霜、水银溶液浸泡……这些方法大多基于猜想，成功率低得可怜。
提取血清是另一条希望之路，也同样步履维艰。从那些康复者（包括那位歌妓）身上采血，本身就需要极大的勇气和技巧。用的是中空的金针（认为金更稳定）和经过蒸煮消毒的猪膀胱或质地致密的瓷瓶承接。血液的保存和分离是最大的难题。
李大坤尝试让血液自然静置沉淀，但速度慢，且容易腐败。他试过加入明矾等促凝物质，但效果不佳。一次偶然，他在尝试用某种南方常见的、带有黏稠汁液的植物（类似于仙人掌或芦荟）处理伤口时，发现其汁液似乎能加速血液分层。他立刻抓住这个线索，反复试验，虽然完全不明白其中促进凝血或改变渗透压的原理，但最终确实找到了一种能相对高效获取上层澄清淡黄色血清的土办法。尽管这“血清”的纯度、抗体浓度和安全性都无法保证，但已经是黑暗中摸索到的一丝微光。
戚睿涵则更多地负责整个皇庄的统筹、协调、安全保障和对外联络。他根据现代防疫知识皮毛，结合此时此地的条件，制定了极其严格的隔离和消毒规程。
所有进入核心污染区的人员，必须用浸过醋、石灰水甚至高度烧酒的厚布巾严密蒙住口鼻，穿着特制的、全身包裹的“防护服”，出来后所有衣物必须立即投入专门的石灰池中浸泡后焚毁，人员也需用烈酒仔细擦拭身体裸露部位，并在专门的“净化区”观察一段时间。他甚至