过程绝非一帆风顺，失败和牺牲是家常便饭。最沉重的一次打击发生在一次尝试用高温蒸汽处理一批取自死鼠的疑似病原样本时。一名年轻而富有好奇心的太医院学徒，或许是想看得更清楚，在操作一个临时改造的、用于蒸汽加热的密闭铜罐时，因为连接处老化泄漏，一股带着异味的热雾喷出，他虽然及时躲开，但可能仍有少量吸入。
几天后，他开始出现寒战、高烧、咳嗽带血等症状。尽管李大坤和戚睿涵立刻将他隔离，并用尽一切办法救治，包括尝试使用刚刚提取的、未经检验的血清，但那名学徒的病情还是迅速恶化，最终在痛苦的挣扎中去世。他的死亡，给整个团队蒙上了一层厚厚的阴影，恐惧和绝望再次蔓延。有人开始偷偷哭泣，有人想要退出。戚睿涵和李大坤为他举行了一个简单而肃穆的葬礼，将其放进深坑用厚土和石灰掩埋。戚睿涵站在众人的面前，声音沙哑却坚定：“王师弟不会白死，他的牺牲，提醒我们这项事业的凶险，也告诫我们每一个步骤都须如履薄冰。但我们不能退，退后一步，就是万丈深渊，就是南京城百万生灵涂炭。唯有前进，找到克敌之法，才能告慰他在天之灵！”
这件事后，规程被执行得更加严格，甚至到了苛刻的地步。但团队的凝聚力，在死亡的考验下，反而变得更加坚韧。
戚睿涵和李大坤几乎住在了皇庄。夜晚，在作为临时办公和休息的“洁净区”小屋里，油灯如豆。两人常常对坐，为某个技术细节争论不休，或是互相打气，分享一点点微不足道的进展。
“大坤，牛痘的传代减弱，必须控制好，不能让它失去激发免疫的能力，也不能让它还有太强的致病性。我们现在观察到第三代牛痘接种后，反应轻微，但能否产生足够的保护力，还需要用强毒来攻击测试，这又极其危险……”戚睿涵揉着发胀的太阳穴，眼底是化不开的疲惫。
“我明白，元芝。我们现在就像在走钢丝。”李大坤盯着油灯跳跃的火苗，声音低沉，“血清也是大问题。我们分离的手段太粗糙了，纯度恐怕不够，效果会打折扣，而且可能引起别的反应，比如……比如过敏，甚至传播别的疾病。可是，我们没有时间，也没有条件去提纯了。只能……只能先保证基本无菌，然后冒险一试。”
“没办法，条件如此，我们只能尽力优化流程，把风险降到最低。最重要的是先证明这条路走得通。哪怕只有一部分人因此得救，就是胜利！”戚睿涵的目光不由自主地投向北方，仿佛能穿透重重夜幕，看到那个在清廷工部衙门里，正在利用现代知识制造更多杀戮武器的身影——张晓宇。
他的心沉了沉，内心的紧迫感像毒蛇般噬咬着他。历史的轨迹因张晓宇的黑化而急剧偏转，清军拥有了超越时代的残忍武器，若他们不能尽快拿出对抗瘟疫的方法，所谓的联顺抗清，所谓的江南防线，恐怕真的会在这种内外交攻、生理和心理的双重打击下，分崩离析。
董小倩一直默默守在戚睿涵身边。她虽不懂那些精深的“医理”，但她心思缜密，武艺高强，主动承担起了核心区域的保卫和内部监察的重任，防止有任何意外或宵小破坏发生。她看着戚睿涵日渐消瘦，眼窝深陷，鬓角甚至过早地出现了几丝白发，心中酸痛，却无法在行动上给予太多帮助，只能默默地在生活上给予他尽可能的照顾——在他废寝忘食时，强行端来一碗热粥；在他伏案小憩时，为他轻轻披上外衣；在他因压力过大而情绪低沉时，递上一杯清茶，用无声的陪伴给他力量。
时间在紧张、焦虑、失败、牺牲和微弱的希望中艰难地流逝。转眼，已是弘光元年的四月。江南草长莺飞，杂花生树，群莺乱飞，一片生机勃勃的景象。但皇庄之内，无人有暇欣赏这春日美景。高墙隔绝了外面的世界，也隔绝了春意，这里只有与死神赛跑的压抑和忙碌。
真正的转机，出现在一次对康复者血液的处理上。李大坤在不断尝试优化血清提取方法时，再次运用了那种偶然发现的植物汁液，并且调整了静置的温度和环境，他发现分离出的血清不仅速度更快，色泽也更为清亮澄澈。他大胆地决定，用这批“改进型”血清，再次尝试治疗一只刚刚出现鼠疫症状（由接种了强毒鼠疫病原的猴子传染而来）的实验猴。
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令人惊喜的是，这只猴子在注射血清后，病情的发展明显减缓，虽然最终因为感染过重还是死亡了，但比之前未经任何治疗的猴子多存活了两天。这微小的差异，如同在黑暗中投入了一颗火种。
“有效，可能真的有效！”李大坤激动得声音都变了调，他拉着戚睿涵，指着记录的数据，“虽然没能救活，但病程延缓了。说明血清里的‘克敌之兵’在起作用！”
与此同时，对牛痘病毒的传代培养也取得了关键性进展。经过