其实李太后心里门儿清——自己手里的权力随着张居正去世、万历亲政已经越来越弱，与其在朝堂上跟已经翅膀硬了的儿子掰手腕，不如借着信佛的由头，给自己找个“安全区”。一来能避免跟万历产生直接冲突，二来修建寺庙也能留下个“仁慈太后”的名声，毕竟在老百姓眼里，信佛的皇室成员总不会是坏人。
不过，李太后也没完全不管事。她知道万历皇帝亲政后，身边多了些阿谀奉承的小人，担心儿子走歪路，所以时不时还会过问一下朝政。有一次，万历皇帝想把自己宠爱的郑贵妃封为皇后，可当时王皇后还在世，而且郑贵妃出身不高，大臣们都强烈反对。万历皇帝跟大臣们僵持不下，就想找李太后帮忙，让她出面压服大臣。
李太后没有立刻答应，而是问万历皇帝：“你觉得郑贵妃哪点比王皇后强？王皇后端庄贤淑，打理后宫井井有条，从没出过差错；郑贵妃呢？除了会哄你开心，还做过什么对国家、对百姓有利的事？”万历皇帝被问得哑口无言，只好暂时放弃了封郑贵妃为皇后的想法。
还有一次，万历皇帝因为国库充盈，就想效仿嘉靖皇帝，给自己修建一座豪华的宫殿。他知道李太后肯定会反对，就故意绕开李太后，直接让工部开始筹备。李太后听说后，没有直接去找万历皇帝，而是让人把工部尚书叫到宫里，给她算了一笔账：修建一座宫殿需要多少银子，这些银子能给边境士兵发多少军饷，能救济多少受灾的百姓。工部尚书被说得面红耳赤，回去后就找万历皇帝辞职，说自己实在没办法承担这个差事。万历皇帝没办法，只好放弃了修建宫殿的计划。
李太后就是这样，用一种“软刀子”的方式，默默影响着万历皇帝，既维护了自己的尊严，又没有跟儿子闹僵。不过，随着万历皇帝的权力越来越稳固，李太后能管的事情也越来越少了。尤其是万历十五年（1587年）以后，万历皇帝开始不上朝，把朝政扔给大臣们，自己躲在后宫里跟郑贵妃享乐。李太后多次派人去劝万历皇帝，让他上朝处理政务，可万历皇帝要么找借口推脱，要么干脆不见。
有一次，李太后实在忍无可忍，亲自去后宫找万历皇帝。当时万历皇帝正在跟郑贵妃下棋，看到李太后进来，赶紧起身迎接。李太后没好气地说：“你还记得自己是皇帝吗？天下百姓都在等着你处理朝政，你却在这里跟妃子下棋取乐。你对得起穆宗皇帝的嘱托吗？对得起张居正首辅的心血吗？”
万历皇帝低着头，不敢说话。郑贵妃想替万历皇帝辩解，刚开口就被李太后打断了：“这里没你的事，你退下。”郑贵妃吓得赶紧走了。李太后又接着说：“我知道你长大了，有自己的想法，可你别忘了，你是大明的皇帝，你的一举一动都关系到国家的安危。要是你再这样下去，大明的江山迟早会毁在你手里。”
万历皇帝被李太后说得心里很不是滋味，当场答应第二天就上朝。可等李太后走了，他转头就把这件事忘了，依旧不上朝。李太后知道后，也只能叹气——她知道，自己已经管不住这个儿子了。从那以后，她就彻底退居幕后，除了偶尔过问一下后宫的事情，几乎不再干预朝政。
李太后虽然退居幕后，但她的家族却因为她的关系，一直处在风口浪尖上。她的父亲李伟被封为武清侯后，虽然收敛了一些，但他的几个儿子——也就是李太后的弟弟们，却仗着姐姐是太后，在外面胡作非为。
李太后的大弟弟李东阳，是个典型的“纨绔子弟”，整天游手好闲，还经常欺负百姓。有一次，李东阳在京城的街上骑马，不小心撞到了一个老百姓。老百姓只是说了他一句“骑马看着点人”，李东阳就恼羞成怒，让手下的人把老百姓打得半死，还放话说“谁敢告我，我就让谁没好下场”。
这件事很快就传到了朝堂上，大臣们纷纷上奏，要求严惩李东阳。万历皇帝知道后，很是头疼——一边是自己的舅舅，一边是满朝大臣，要是严惩李东阳，肯定会得罪李太后；要是不严惩，又没法向大臣们和老百姓交代。
万历皇帝只好去找李太后，想让她出面解决这件事。李太后听了万历皇帝的话，没有护着李东阳，而是说：“王子犯法，与庶民同罪。李东阳做错了事情，就应该受到惩罚，不能因为他是我的弟弟，就特殊对待。你该怎么处理就怎么处理，不用顾及我的面子。”
万历皇帝没想到李太后会这么说，心里松了一口气。他立刻下旨，把李东阳抓起来，打了三十大板，还罚了他一年的俸禄，让他给被打的老百姓赔礼道歉、赔偿损失。大臣们见李太后不护短，对她更加敬重，这件事也很快就平息了。
可李太后的二弟弟李西星，比李东阳更过分。他不仅欺负百姓，还把手伸到了朝堂上，跟一些贪官污吏勾结在一起，收受贿赂，卖官鬻爵。有一次，李西星收了一个富商的十万两银子，答应给富商一个知府的职位。这件事被御史弹劾，证据确凿，万历皇帝想把李西星处死