李太后知道，要想推行改革，必须除掉高拱。有一次，高拱在朝堂上说了一句“十岁太子，如何治天下”，这句话被李太后知道了。她觉得高拱这是在轻视万历皇帝，有谋反之心。于是，她联合张居正，还有司礼监掌印太监冯保，一起设计扳倒了高拱。
万历元年（1573年），李太后以万历皇帝的名义下旨，说高拱“专权擅政，蔑视君上”，把他贬为庶民，赶回了老家。随后，张居正被提拔为内阁首辅，掌握了朝政大权。从此，李太后、张居正、冯保形成了“铁三角”，开始推行“万历新政”。
李太后虽然不直接出面处理朝政，但所有重大决策，张居正都会先跟她商量。比如改革赋役制度，实行“一条鞭法”，张居正就先把方案拿给李太后看，详细解释这项改革的好处——既能增加国库收入，又能减轻百姓负担。李太后听后，觉得这个方案很好，就支持张居正推行。
还有整顿吏治，实行“考成法”，对官员进行考核，不合格的就罢免。有些官员不服气，跑到宫里告状，说张居正“滥用职权”。李太后却坚定地站在张居正这边，说：“张首辅是为了国家好，你们要是再敢阻挠改革，就别怪我不客气。”有了李太后的支持，张居正的改革才能顺利推行。
李太后不仅支持张居正改革，还严格管教万历皇帝，让他配合张居正的工作。每天早上，李太后都会亲自把万历皇帝叫起来，让他去上朝；下朝后，她还要让万历皇帝跟张居正学习处理朝政，听张居正讲经论道。要是万历皇帝偷懒，李太后就会罚他长跪，直到他认错为止。
有一次，万历皇帝因为喝醉了酒，跟宫里的太监闹了矛盾，还拔剑砍伤了一个太监。这件事被李太后知道了，她气得不行，当即把万历皇帝叫到面前，让他跪在地上，严厉地说：“你要是再这么胡闹，就不配做皇帝，我宁愿把你废了，另立别人。”
万历皇帝被母亲吓得哭了起来，赶紧认错。李太后还不放心，又让张居正给万历皇帝写了一份《罪己诏》，让他向天下人道歉。从那以后，万历皇帝再也不敢胡闹，对张居正也更加敬畏。
在李太后和张居正的努力下，“万历新政”取得了显着的成效。国库收入增加了，百姓的负担减轻了，吏治也变得清明了，明朝出现了短暂的中兴局面。据《明实录》记载，万历初年，“太仓粟可支十年，冏寺积金至四百余万”，这在明朝中后期是非常难得的。
不过，李太后也不是完美的。她虽然提倡节俭，但在对待自己家人的问题上，却有些“护短”。她的父亲李伟，原本只是个普通平民，因为女儿成了太后，就被封为武清伯，后来还升为武清侯。李伟仗着女儿的势力，开始变得贪婪起来，经常利用职权谋取私利。
有一次，李伟负责给宫廷供应布料，他为了赚钱，竟然在布料里掺假，用劣质布料冒充优质布料。这件事被张居正知道了，他立刻上奏万历皇帝，要求严惩李伟。李太后知道后，心里很为难——一边是自己的父亲，一边是国家的法度。最后，她还是选择了维护法度，不过也只是让李伟把贪污的钱退回来，没有对他进行重罚。
张居正知道李太后护短，也没有再追究。可这件事还是给万历皇帝留下了不好的印象，他觉得母亲在对待家人的问题上，太不讲原则了。这也为后来万历皇帝跟李太后产生矛盾埋下了伏笔。
万历十年（1582年），张居正因为长期劳累，病逝了。张居正的去世，对明朝来说是个巨大的损失，对李太后来说，更是失去了一个重要的盟友。
张居正死后，万历皇帝已经二十岁了，开始亲政。他早就对张居正的严格管教感到不满，也对张居正掌握大权感到嫉妒。亲政后，他做的第一件事，就是清算张居正——不仅下令抄了张居正的家，还把张居正的家人流放，甚至差点把张居正从坟墓里挖出来鞭尸。
李太后知道后，心里很不舒服。她知道张居正为明朝付出了很多，没有张居正，就没有“万历新政”的成效。可她也知道，万历皇帝已经长大了，有了自己的想法，自己再像以前那样管教他，已经不合适了。于是，她没有出面阻止万历皇帝，只是在私下里劝万历皇帝，不要做得太过分。
万历皇帝虽然没有完全听李太后的话，但也收敛了一些，没有把张居正的家人赶尽杀绝。不过，从那以后，万历皇帝跟李太后的关系就渐渐疏远了。他不再像以前那样凡事都跟李太后商量，甚至有时候还会故意跟李太后作对。
李太后看在眼里，却没有多说什么。她知道，自己辅政的使命已经完成了，现在该退居幕后，让万历皇帝自己处理朝政了。于是，她开始减少参与朝政的次数，把更多的精力放在了后宫和宗教活动上。
李太后信佛，张居正死后，她就经常在宫里念经拜佛，还拿出自己的私房钱，在全国各地修建寺庙。比如北京的慈寿寺，就是李太后下令修建的。这座寺庙规模宏大，耗费了大量的钱财。有些大臣觉得李太后这样做太浪费了，上