有一次，穆宗觉得李贵妃宫里太冷清，想给她添置些新家具，还特意让人从江南运来一批名贵的红木。可李贵妃却拒绝了，她说：“皇上，如今国库尚不充盈，边境还有战事，百姓也还在受苦。臣妾宫里的家具够用就行，没必要花这些冤枉钱。不如把这些钱用在军费上，或者救济灾民，这样更有意义。”
穆宗听了，心里又感动又愧疚。他知道自己登基后，虽然想改革弊政，但无奈性子有些软弱，又贪图享乐，很多事情都没做好。而李贵妃能有这样的觉悟，比朝堂上那些只会捞钱的大臣强多了。从那以后，穆宗对李贵妃更加敬重，遇到朝政上的烦心事，也总喜欢跟她商量。
李贵妃虽然身处后宫，却很关心朝政。她经常让太监给她读朝堂上的奏折，了解国家大事。有一次，穆宗因为想修建宫殿，跟大臣们闹了矛盾。大臣们说国库没钱，劝穆宗放弃，穆宗却坚持要修，还跟大臣们吵了起来。回到后宫，穆宗还在气头上，跟李贵妃抱怨大臣们不给自己面子。
李贵妃没有顺着穆宗的话说，而是平静地问：“皇上，您知道修建一座宫殿需要多少钱吗？这些钱能救济多少灾民？能装备多少军队？”穆宗愣了一下，说不出话来。李贵妃又接着说：“皇上是天下百姓的君主，不是只顾自己享乐的昏君。大臣们劝谏您，是为了国家好，为了百姓好，您怎么能怪他们呢？”
穆宗被李贵妃说得面红耳赤，仔细想想，确实是自己不对。第二天，他就主动跟大臣们道歉，还取消了修建宫殿的计划。这件事之后，大臣们也知道了李贵妃的贤德，对她更加敬重。
不过，后宫里的日子也不是一帆风顺的。陈皇后虽然是正宫皇后，但一直没有子嗣，看到李贵妃有了朱翊钧这个儿子，心里难免有些嫉妒。有时候，陈皇后会故意找李贵妃的麻烦，比如在礼仪上挑刺，或者在穆宗面前说些李贵妃的闲话。
换做别的后妃，可能早就跟陈皇后吵起来了，可李贵妃却始终保持着忍让。每次陈皇后找她麻烦，她都恭恭敬敬地认错，从不辩解。有一次，陈皇后因为一点小事，把李贵妃宫里的一个宫女罚了杖刑。李贵妃知道后，不仅没有生气，还亲自带着宫女去给陈皇后道歉，说自己管教不严。
陈皇后没想到李贵妃这么能忍，反而有些不好意思了。时间久了，她也被李贵妃的诚意打动，不再找她的麻烦，两人还渐渐成了朋友。后来，陈皇后身体不好，李贵妃经常去看望她，还让朱翊钧认陈皇后做“嫡母”，给她请安。陈皇后很感动，对朱翊钧也十分疼爱。
李贵妃不仅处理好了跟陈皇后的关系，还把朱翊钧教育得很好。她知道，朱翊钧是未来的皇帝，必须从小严格管教。从朱翊钧三岁开始，李贵妃就亲自教他读书写字。每天天不亮，她就把朱翊钧叫起来，让他背诵《论语》《孟子》；晚上，她还要检查朱翊钧的功课，要是背不下来，就罚他抄书，直到学会为止。
有一次，朱翊钧因为贪玩，没完成当天的功课，还撒谎说自己背下来了。李贵妃知道后，没有打骂他，而是把他叫到面前，严肃地说：“你是未来的皇帝，要是现在不努力读书，将来怎么治理国家？怎么对得起天下百姓？今天你撒谎骗我，明天你就可能骗天下人。你要是不认错，就别想吃饭。”
朱翊钧被母亲的话吓到了，赶紧承认了错误，还主动把没背下来的内容抄了十遍。从那以后，朱翊钧再也不敢贪玩，学习也越来越认真。
隆庆六年（1572年），穆宗因为长期沉迷酒色，身体越来越差，最终病倒了。弥留之际，穆宗把李贵妃和朱翊钧叫到床前，又召来了内阁首辅高拱、次辅张居正等人，嘱咐他们要好好辅佐朱翊钧。穆宗拉着李贵妃的手说：“朕要走了，翊钧就交给你了。你一定要好好教他，让他做个好皇帝。”李贵妃强忍泪水，点了点头，说：“皇上放心，臣妾一定会尽全力辅佐翊钧，不辜负您的期望。”
几天后，穆宗驾崩，年仅十岁的朱翊钧继承皇位，改元万历，史称明神宗。李贵妃也从贵妃升级为皇太后，开始了她辅政的生涯。
万历皇帝登基时，只有十岁，还是个不懂事的孩子。朝堂上，以高拱为首的大臣们手握重权，各地藩王也虎视眈眈，明朝的局势可以说是危机四伏。李太后知道，自己必须站出来，才能稳住局面。
按照明朝的祖制，后宫不能干政。可李太后没有选择，她只能“曲线救国”——通过辅佐万历皇帝，间接参与朝政。她首先做的，就是找一个可靠的大臣来帮助自己。这个人，就是张居正。
张居正和高拱都是穆宗留下的辅政大臣，但两人的关系却很不好。高拱为人傲慢，看不起张居正，还经常在朝堂上排挤他。而张居正不仅有才能，还很懂得变通，跟李太后的关系也不错——当年李太后还是