冯宝跪在地上，哭着求锦衣卫：“我跟了陛下十几年，没有功劳也有苦劳，求你们帮我求求情，让陛下饶我一命。”可锦衣卫哪敢管这事，直接把冯宝押进了诏狱。
没过几天，万历又下了一道圣旨，把冯宝贬为南京净军，让他去南京的孝陵种菜。净军是太监里最低等的，专门干脏活累活，还要受其他太监的欺负。冯宝从一个权倾朝野的司礼监掌印太监，一下子变成了种菜的净军，心里的落差可想而知。
他在南京孝陵的时候，没人给他好脸色，吃的是粗茶淡饭，穿的是破衣烂衫，每天天不亮就要起来种菜、挑水，稍微慢一点就会被管事的太监打骂。有一次，一个以前受过冯宝恩惠的小太监偷偷来看他，冯宝拉着小太监的手，哭着说：“我后悔啊，当初不该跟张居正走那么近，更不该管陛下的事，现在落得这个下场，都是我自找的。”
万历十一年（公元1583 年），冯宝在南京孝陵病死了，死的时候身边连个收尸的人都没有，最后还是几个好心的净军，用一张破席子把他裹起来，埋在了孝陵附近的乱葬岗上。《明史·宦官传》里对冯宝的记载很简单：“居正死，宝失所倚，言者交章劾之，谪奉御，南京安置，久之乃死。”可这短短几句话背后，藏着一个太监从巅峰跌落到谷底的悲惨一生。
冯宝的结局，其实是万历亲政后权力清洗的缩影。他收拾冯宝，不仅是因为个人恩怨，更是为了向所有人证明：现在的大明，我说了算，不管是前朝的大臣，还是宫里的太监，只要敢挡我的路，都没有好下场。可他没想到，这种“独断专行”，只会让朝堂变得越来越混乱，让越来越多的大臣不敢说话，不敢做事。
收拾完张居正和冯宝，万历终于真正掌握了大明的权力。亲政初期，他也曾有过一段“短暂的振作”，想当一个能让后人称赞的“好皇帝”。
万历十二年（公元1584 年），河南闹旱灾，庄稼全枯死了，老百姓没饭吃，到处都是流民。万历接到奏报后，立马下旨：“河南受灾州县，今年的赋税全免，从国库调粮二十万石，赈济灾民。”他还怕地方官贪污赈灾粮，特意派了三个御史去河南监督，规定“要是发现有官员贪污，就地正法”。
有个河南的知县，贪心不足，想把赈灾粮偷偷卖掉，换成银子自己留着，结果被御史发现了。万历得知后，一点都没留情面，下旨把这个知县押到北京，在午门斩首示众，还通报全国，警告所有地方官：“谁敢动赈灾粮的主意，就是这个下场！”
在军事上，万历也还算给力。万历十三年（公元1585 年），蒙古的炒花部率军侵犯辽东，辽东总兵李成梁率军抵抗，可打了几仗都没打赢，还损失了不少士兵。万历接到奏报后，没有责怪李成梁，反而给他派了五千援兵，还赏赐了不少武器和粮草。李成梁得到支援后，士气大振，率军主动出击，在卓山跟炒花部展开决战，最后斩杀蒙古兵三千多人，炒花部狼狈逃窜，再也不敢轻易侵犯辽东。
万历还很重视人才选拔。他亲自主持殿试，出题的时候，不考那些空洞的八股文，而是考“如何解决流民问题”“如何整顿边防”这些实际问题。有个叫袁宏道的考生，在试卷里提出了“减轻赋税、鼓励垦荒”的建议，万历看了很满意，把袁宏道选为二甲进士，还让他去地方上任职，实践自己的想法。
那段时间，朝堂上的风气还算不错，大臣们敢于提建议，万历也愿意听。有个叫申时行的内阁首辅，跟万历提建议：“陛下现在虽然亲政了，但还是要多读书，多了解朝政，不能再像以前那样任性。”万历虽然心里有点不舒服，但还是接受了申时行的建议，每天早上都会抽出一个时辰，跟翰林院的大臣一起读《资治通鉴》。
《明史·神宗本纪》里记载：“万历十二年，河南大饥，蠲振有差。十三年，炒花犯辽东，李成梁击败之。”这些记载，虽然简单，但也能看出万历亲政初期的“振作”。可这种“振作”并没有持续多久，因为万历很快就发现，当“好皇帝”实在太辛苦了——每天要批奏折、开朝会、处理各种麻烦事，还不能随心所欲地花钱、玩乐。
万历十四年（公元1586 年），万历开始以“身体不舒服”为由，不上朝了。一开始，他只是偶尔缺席，后来干脆经常不上朝，把朝堂上的事都交给内阁处理。大臣们纷纷递奏折劝他：“陛下是大明的天子，要是天天不上朝，朝堂就会乱套，老百姓也会失望。”可万历根本不听，要么把奏折留着不批，要么就找个借口敷衍过去。
有个叫杨东明的大臣，性子比较直，递了一份奏折，说“陛下天天不上朝，是因为沉迷酒色，贪图享乐，要是再这么下去，大明就会亡在陛下手里”。万历看了奏折，气得把杨东明贬到云