从这时候起，万历彻底放弃了当“好皇帝”的想法，开始了长达三十年的“怠政”生涯。他把龙椅当成了“摆设”，把大明的江山当成了自己的“私人财产”，想怎么折腾就怎么折腾。而大明，就在他的“怠政”里，一步步走向了灭亡的边缘。
万历最让人诟病的，除了“怠政”，还有“立储之争”。这场争论，从万历十四年（公元1586 年）开始，一直持续到万历二十九年（公元1601 年），前后长达十五年，把整个朝堂搞得鸡飞狗跳，也让大明的“国本”动摇。
事情的起因，是万历想立自己的小儿子朱常洵为太子，可大臣们却坚持要立长子朱常洛为太子。
朱常洛是万历跟一个宫女所生。万历年轻时，有一次去慈宁宫给李太后请安，看到一个宫女长得还不错，就宠幸了她。没想到，这个宫女竟然怀孕了，还生下了一个儿子，就是朱常洛。万历对这个宫女没感情，对朱常洛也没什么好感，觉得他“出身低微”，不配当太子。
而朱常洵，是万历最宠爱的郑贵妃所生。郑贵妃长得漂亮，又很会讨万历开心，万历对她宠爱有加，爱屋及乌，也特别喜欢朱常洵，还跟郑贵妃私下里约定，要立朱常洵为太子。
可大臣们不这么认为。按照明朝的“祖制”，应该“立嫡立长”——要是皇后没儿子，就立长子为太子。朱常洛是长子，不管从哪方面来说，都应该被立为太子。所以，大臣们纷纷递奏折，请求万历立朱常洛为太子，还把这件事称为“国本”，说“国本不定，天下不安”。
万历一开始还想敷衍，说“朱常洛年纪还小，等他再大一点再说”。可朱常洛一天天长大，万历还是不提立储的事，大臣们也越来越着急，递的奏折越来越多，甚至有人开始“死谏”——用辞官、哭谏的方式，逼迫万历立储。
有个叫顾宪成的吏部郎中，递了一份奏折，说“陛下要是再不立太子，就是违背祖制，对不起天下百姓，也对不起列祖列宗”。万历看了奏折，气得把顾宪成贬到外地，还说“以后谁再敢提立储的事，就跟顾宪成一样”。可顾宪成虽然被贬了，却成了大臣们的“榜样”，越来越多的大臣站出来，跟万历对着干。
李太后也看不下去了。有一次，李太后把万历叫到宫里，问他“为什么不立朱常洛为太子”。万历说“朱常洛是宫女所生，出身低微”。李太后听了，气得拍桌子：“你忘了你也是宫女所生吗？”万历这才想起，李太后以前也是宫女，后来才被隆庆帝封为贵妃。他吓得赶紧跪下认错，可还是没下定决心立朱常洛为太子。
这场“立储之争”，把朝堂分成了两派：一派是“拥长派”，坚持立朱常洛为太子，主要是东林党人和一些正直的大臣；另一派是“拥福派”（朱常洵被封为福王），支持立朱常洵为太子，主要是郑贵妃的亲信和一些投机取巧的大臣。两派互相攻击，互相弹劾，朝堂上天天吵得跟菜市场似的，根本没人心思处理正事。
万历见大臣们这么难缠，干脆采取“拖”的办法——既不立朱常洛为太子，也不立朱常洵为太子，就这么耗着。可越拖，朝堂越乱，老百姓也越来越失望。有首民谣是这么唱的：“帝宠郑妃，疏薄东宫。储位久悬，国本动摇。”意思就是万历宠爱郑贵妃，冷落朱常洛，太子之位迟迟不定，大明的根基都动摇了。
直到万历二十九年（公元1601 年），万历实在拖不下去了——一方面，大臣们的压力越来越大，甚至有人以“辞官”相逼；另一方面，李太后也天天催他，说“再不定储，大明就要出乱子了”。万历没办法，只好下旨，立朱常洛为太子，封朱常洵为福王，让他去洛阳就藩。
这场持续十五年的“立储之争”，虽然以“拥长派”的胜利告终，可对大明的伤害却很大。它不仅消耗了朝堂的精力，让很多正事没人管，还让万历对大臣们更加不满，变得更加“怠政”；更重要的是，它让朱常洛长期处于“担惊受怕”的状态，性格变得懦弱、多疑，为后来的“梃击案”“红丸案”埋下了伏笔。
《明史·神宗本纪》里说：“二十九年十月，立皇长子常洛为皇太子，封诸子常洵福王、常浩瑞王、常润惠王、常瀛桂王。”这段话看似是“国本已定”的圆满结局，可背后藏着的，是大明难以挽回的衰败。
万历虽然立了朱常洛为太子，可对朱常洵的宠爱一点都没减。朱常洵要去洛阳就藩的时候，万历给了他一份“天价”的嫁妆，几乎掏空了大明的国库。
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按照明朝的规矩，藩王就藩，朝廷会给一定的土地和钱财，可万历却打破了这个规矩。他给朱常洵的土地，高达两万顷——要知道，明朝最富有的江南地区，所有的官田加起来也不过几万顷，万历一下子就给了朱常洵两万顷，而且这些土地大多是从老百姓手里抢来的。地方官为了凑够两万顷土地，逼着老百姓把自己的良田交出来，很多老百