大将军霍光考虑到朝中缺乏旧臣元勋，而光禄勋张安世在汉武帝时就担任尚书令，品行忠厚纯正，便禀报昭帝任命张安世为右将军兼光禄勋，作为自己的副手。张安世是已故御史大夫张汤的儿子。霍光又认为杜延年忠诚有气节，提拔他担任太仆、右曹、给事中（都是重要官职）。霍光执法严厉，杜延年常常用宽和政策来辅助他。官吏百姓上书提出建议，霍光总是交给杜延年先研究平议再上奏。凡上书建议可以任官试用的，有的被任命为县令；有的由丞相、御史直接任用；满一年后，将其为官情况上报；如果（建议不当）有罪，则依法惩处。
这一年（元凤元年），匈奴派左、右贤王部下的骑兵二万人，分为四路，同时侵入汉朝边境进行侵掠。汉朝军队追击他们，斩杀、俘虏了九千人，并生擒了匈奴的瓯脱王（掌管边境侦察的小王）；汉军没有任何伤亡损失。匈奴看到瓯脱王落在汉朝手中，担心他会指引汉军来袭，便向西北方向远远退去，不敢再到南部水草丰美之地放牧；并征调百姓去驻守瓯脱地区（以防备汉军）。
汉昭帝元凤二年（壬寅年，公元前79年）?
夏季，四月，汉昭帝从建章宫移居到未央宫。
六月，大赦天下。
这一年，匈奴又派遣九千名骑兵驻扎在受降城以防备汉军。他们在北方的余吾水上架设桥梁，使军队可以渡河，以备紧急撤退之用。匈奴想与汉朝和亲，但又担心汉朝不答应，所以不肯先开口提出，常常指使身边的人向汉朝使者暗示。然而，匈奴对汉朝的入侵和骚扰日益减少，对待汉朝使者更加优厚，想以此逐渐实现和亲。汉朝也采取笼络政策，维持着与匈奴的关系。
汉昭帝元凤三年（癸卯年，公元前78年）?
春季，正月，泰山上有块大石头自己立了起来；上林苑中一棵枯死的柳树自己站立复活；有虫子啃食这棵柳树的叶子，形成的纹路像是文字“公孙病已立”。掌管符节的官员、鲁国人眭弘上书说：“大石自己立起，枯柳复活，这预示着将有平民百姓成为天子。枯死的树木复活，是不是暗示从前被废黜的皇族（公孙氏指戾太子刘据一脉）要重新兴起（“公孙病已”可能暗指汉宣帝刘病已，他是戾太子之孙）？汉朝是继承尧的运数，有传国的气运，陛下应当寻求贤人，禅让帝位，自己退居一方做个百里之君，以顺应天意。”眭弘因此被指控制造妖言、蛊惑人心而被处死。
匈奴单于派犁污王窥探汉朝边境，回报说酒泉、张掖一带的汉军兵力日益衰弱。匈奴便出兵试探性攻击，希望能重新夺回那些地方。当时汉朝已经先得到了投降的匈奴人，得知了他们的计划，昭帝便下诏命令边境加强戒备。过了不久，匈奴右贤王和犁污王率领四千骑兵，分成三路，侵入汉朝的日勒、屋兰、番和三县。张掖太守和属国都尉（掌管归附汉朝的少数民族事务）发兵反击，大败匈奴军队，逃脱的只有几百人。归附汉朝的属国义渠王（名字不详）射死了犁污王，朝廷赏赐他黄金二百斤、马二百匹，并因此封他为新的犁污王。从此以后，匈奴不敢再侵入张掖郡。
燕王、盖长公主叛乱（指元凤元年的上官桀、桑弘羊等谋反案）失败后，桑弘羊的儿子桑迁逃亡在外，投奔了桑弘羊过去的属吏侯史吴。后来桑迁被官府捕获处死。正逢朝廷颁布大赦令，侯史吴便主动投案自首，被关进监狱。廷尉王平和少府徐仁共同审理这桩牵连谋反的案件，他们都认为：“桑迁是因为父亲谋反而被牵连获罪（坐父谋反），侯史吴窝藏的是桑迁（臧通‘藏’），并不是窝藏谋反的主犯，而是窝藏了随从人员（指桑迁）。”于是依照赦免令免除了侯史吴的罪责。后来侍御史（监察官员）复查此案，认为：“桑迁精通儒家经典，明知父亲谋反却不加劝阻抗争，其行为与谋反者本人没有区别。侯史吴原是俸禄三百石的官吏，带头窝藏桑迁，与普通百姓窝藏一般随从人员不同，侯史吴不能赦免。”侍御史奏请重新审理此案，并弹劾廷尉王平、少府徐仁放纵反叛者。少府徐仁是丞相车千秋的女婿，所以车千秋多次为侯史吴说话；他担心大将军霍光不同意，便擅自召集俸禄为中二千石的官员和博士（朝廷顾问官）到公车门（皇宫门名）开会，讨论侯史吴依法该如何处置。与会者揣摩到大将军霍光的意图，都坚持认为侯史吴犯了大逆不道之罪。第二天，车千秋将众人的意见密封上报。霍光于是以车千秋擅自召集中二千石以下官员开会（外朝官干预司法）、导致宫内宫外（霍光主内朝，车千秋为外朝丞相）意见不一为由，将廷尉王平、少府徐仁逮捕下狱。朝廷官员都担心丞相车千秋也会因此受牵连。太仆杜延年上书给霍光说：“官吏释放有罪之人，自有通常的法律来处置。现在侍御史指控侯史吴为大逆不道，恐怕处罚过重。再者，丞相车千秋一贯没有什么主见，喜欢在下属面前说好话，这是他平素的作风。至于他擅自召集中二千石官员开会，确实非常失礼。我杜延年浅见认为，丞相是位老