刘邦素来信任萧何，虽然心里对韩信没底，但还是听了他的建议，选了个良辰吉日，设坛拜将，把韩信推上了大将军的位置。
这事在军中掀起了轩然大波，将领们都不服气，可等韩信在坛上纵论天下大势，分析楚汉优劣，献上明修栈道，暗度陈仓的计策后，所有人都心服口服。
后来韩信率军平定三秦、擒魏破代、灭赵降燕、伐齐破楚，最终在垓下之战逼得项羽乌江自刎，帮刘邦打下了半壁江山，而这一切的起点，都源于萧何月下追韩信的那一场执着奔跑，成也萧何的佳话，也就这么流传了下来。
楚汉相争打了四年，刘邦常年在外领兵作战，好几次都被项羽打得丢盔弃甲、狼狈逃窜，甚至连老婆孩子都顾不上。
每当刘邦陷入困境时，都是萧何坐镇关中，源源不断地给他输送粮草和士兵，帮他稳住局面。
刘邦在荥阳、成皋和项羽僵持时，军粮告急、兵力不足，是萧何从关中征调粮草，招募壮丁，连夜送到前线，让刘邦得以重整旗鼓；刘邦兵败彭城，全军覆没，又是萧何从汉中调出精锐部队，补充兵力，帮刘邦东山再起。关中百姓刚经历战乱，民生凋敝，萧何一边制定宽松的法令安抚民心，一边鼓励农耕恢复生产，把后方治理得井井有条，百姓安居乐业，纷纷支持刘邦的军队，这才让刘邦有了和项羽长期对峙的资本。
司马迁说萧何填抚山西，推计踵兵，给粮食不绝，使百姓爱汉，不乐为楚，这话一点都不夸张，刘邦能打赢项羽，萧何的后勤保障和后方治理，功不可没。
公元前202年，刘邦打败项羽，在定陶称帝，建立了汉朝。
天下平定后，该论功行赏了，群臣们却吵翻了天。武将们都觉得自己出生入死、战功赫赫，功劳应该最大，纷纷推举曹参排第一，说他攻城略地、斩将杀敌，功劳数不胜数。刘邦却摇了摇头，说：你们都错了，曹参等人就像打猎的猎狗，虽然能抓到猎物，可指挥猎狗打猎的，是猎人啊！萧何就是那个猎人，他坐镇后方，制定策略，保障后勤，安定民心，这才是平定天下的头等大功。而且他全族几十人都跟着我起兵，这份忠心和付出，谁能比得了？群臣们听了这话，虽然心里不服气，却也不敢反驳。
最终刘邦封萧何为酂侯，赏食邑八千户，还特意破例允许他佩剑上殿、入朝不趋，这份荣耀，在群臣中独一无二。后来排功臣名次，刘邦又力排众议，把萧何排在第一位，曹参屈居第二，还赏赐了萧何很多财物，连他的父母兄弟都得到了封赏，萧何成了名副其实的汉朝第一功臣。
刘邦称帝后，把都城定在了长安，下令让萧何负责建造未央宫。萧何尽心尽力，把未央宫建得宏伟壮丽，有东阙、北阙、前殿、武库、太仓等多个建筑，气势恢宏。
刘邦征战回来，看到宫殿这么豪华，当场就发了火，对着萧何骂道：天下战乱这么多年，百姓流离失所，胜负还没定下来，你怎么敢把宫殿建得这么铺张浪费？
萧何却不慌不忙地解释：天子以四海为家，宫殿建得壮丽一些，才能彰显天子的威严，也能让后代子孙不用再劳民伤财扩建。再说，这也是为了让天下人知道大汉的强盛，稳定民心啊。刘邦听了这话，才转怒为喜，连连称赞萧何考虑周全。
除了建造宫殿，萧何还在长安建了石渠阁、麒麟阁、天禄阁，收集秦朝的图书典籍和汉朝的档案文书，成了当时的中央图书馆和档案中心，后来很多学者都在这里校阅典籍、着书立说，为文化传承做了大贡献。
汉朝建立初期，沿用的还是刘邦当年入关时定下的约法三章，可天下平定后，约法三章太过简略，根本适应不了复杂的社会局势，各种违法犯罪的事情屡有发生。
刘邦便让萧何参照秦律，制定一套适合汉朝的法律。萧何深知秦朝律法太过严苛，是导致秦朝灭亡的重要原因，于是便取秦律的精华，去其糟粕，去除了秦律中夷三族、连坐法等残酷条款，又补充了户律、兴律、厩律三章，制定出了《九章律》。
这部法律既规范了社会秩序，又体恤百姓疾苦，成了汉朝的根本大法，此后两汉都沿用这部法律，后世历代王朝的法律也多以此为参照，被誉为律令之宗，百代不易之道，萧何也因此成了汉朝法制建设的奠基人。
天下平定了，功劳也封了，可萧何的日子却越来越不好过。
刘邦出身草根，当了皇帝后疑心越来越重，尤其忌惮那些功高盖主的功臣，韩信、英布、彭越等异姓王相继被诛杀，连萧何这个最信任的老兄弟，也成了刘邦猜忌的对象。
楚汉相争时，刘邦在前线打仗，就常常派人回来慰问萧何，看似关心，实则是在打探他的动静。身边的门客鲍生提醒萧何：大王在前线出生入死，却频频派人回来慰问你，这是对你起了疑心啊！你不如把家里能打仗的子孙兄弟都送到前线去，既能表忠心，又能让大王放心。
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