可郑贵妃的荣宠，也给她带来了很多麻烦。除了“国本之争”，她还被卷入了好几起宫廷风波中，其中最着名的就是“妖书案”和“梃击案”。
万历二十六年（1598年），京城突然出现了一本匿名的小册子，名叫《忧危竑议》。这本书里说，郑贵妃想要谋害朱常洛，让自己的儿子朱常洵成为太子，还说郑贵妃已经跟一些大臣勾结好了，准备在合适的时候发动政变。这本书一出现，立刻在京城引起了轩然大波，大臣们纷纷上奏，要求万历皇帝彻查此事，严惩幕后黑手。
万历皇帝知道后，又气又怕。他知道这本书是针对郑贵妃的，要是真的彻查，肯定会把郑贵妃牵扯进来。于是，他找了个借口，说这本书是“妖言惑众”，下令禁止传播，然后就不了了之了。可这件事还是给郑贵妃带来了很大的负面影响，大家都觉得，这本书里说的是真的，郑贵妃就是个“祸国妖妃”。
万历四十三年（1615年），又发生了一起震惊朝野的“梃击案”。这一天，一个名叫张差的男子，手里拿着一根木棍，竟然闯入了朱常洛居住的慈庆宫，还打伤了好几个太监。幸好当时侍卫及时赶到，把张差抓住了，朱常洛才没有受伤。
这件事发生后，大臣们纷纷猜测，张差肯定是受人指使的，而背后的指使人，很可能就是郑贵妃。因为大家都知道，郑贵妃一直想除掉朱常洛，让自己的儿子成为太子。于是，大臣们再次上奏，要求万历皇帝彻查此事，还朱常洛一个公道。
万历皇帝没办法，只好下令彻查。在审讯中，张差供认，自己是受了郑贵妃身边的太监庞保、刘成的指使，来谋害朱常洛的。这个结果出来后，整个朝廷都炸了锅，大臣们纷纷要求万历皇帝处死郑贵妃和庞保、刘成。
郑贵妃得知后，吓得魂飞魄散。她赶紧跑到万历皇帝面前，跪在地上哭着说：“皇上，臣妾真的不知道这件事啊，肯定是有人陷害臣妾，您一定要为臣妾做主啊！”万历皇帝看着哭得梨花带雨的郑贵妃，心里又心疼又为难。他知道，要是真的处死郑贵妃，自己肯定会舍不得；可要是不处理，又没法向大臣们和朱常洛交代。
最后，万历皇帝想了个“折中”的办法。他让郑贵妃亲自去给朱常洛道歉，然后下令处死了张差、庞保和刘成，对外宣称这件事只是张差一个人的“疯癫行为”，跟郑贵妃没关系，就这样把这件事糊弄过去了。
可“梃击案”虽然平息了，但郑贵妃的名声却彻底坏了。大家都觉得，郑贵妃就是个心狠手辣的女人，为了让自己的儿子成为太子，竟然不惜痛下杀手。从那以后，越来越多的人开始反对郑贵妃，她在朝廷中的支持率也越来越低。
万历四十三年（1615年）“梃击案”之后，万历皇帝也意识到，“废长立幼”已经不可能了。因为大臣们的反对太强烈了，而且朱常洛的地位也越来越稳固，要是再坚持“废长立幼”，很可能会引起更大的混乱。于是，万历皇帝终于下定决心，立朱常洛为太子。
万历四十八年（1620年），万历皇帝病重。在临终前，他还念念不忘郑贵妃，特意下旨，封郑贵妃为皇后，让她在自己死后，能够跟自己合葬。可这个旨意刚下，就遭到了大臣们的强烈反对。大臣们说，郑贵妃出身不高，而且还曾经参与过“国本之争”和“梃击案”，没有资格成为皇后。万历皇帝没办法，只好在临终前撤销了这个旨意。
同年七月，万历皇帝驾崩，太子朱常洛继承皇位，史称明光宗。郑贵妃知道，朱常洛成为皇帝后，自己的好日子肯定到头了。于是，她赶紧改变策略，想办法讨好朱常洛。她不仅给朱常洛送去了很多金银珠宝，还挑选了八个漂亮的女子送给朱常洛，想让朱常洛对自己放松警惕。
可朱常洛对郑贵妃始终保持着警惕。他虽然没有立刻对郑贵妃动手，但也没有给她任何实权，只是把她安置在后宫里，让她安度晚年。郑贵妃见朱常洛对自己这么冷淡，心里很是失落，但也没有办法，只好接受了这个现实。
可谁也没想到，朱常洛只当了一个月的皇帝，就因为纵欲过度，加上服用了“红丸”，突然驾崩了，史称“红丸案”。朱常洛驾崩后，他的儿子朱由校继承皇位，史称明熹宗。
明熹宗继位后，大臣们再次提出，要追究郑贵妃在“国本之争”和“梃击案”中的责任，甚至有人建议，把郑贵妃贬为庶民，或者处死。可明熹宗觉得，郑贵妃毕竟是自己的皇祖母，而且万历皇帝生前很宠爱她，要是对她太苛刻，会显得自己不近人情。于是，他只是下令，限制郑贵妃的行动，让她住在后宫里，不准干预朝政。
从那以后，郑贵妃就彻底失去了权力和宠爱，只能在后宫里过着寂寞的生活。她每天看着窗外的红墙，回忆着自己当年的荣宠，心里充满了悔恨和不甘。她后悔自己当初太贪心，要是没有那么大的野心，没有参与“国本之争”，说不定自己还能安