马秀英对嫔妃们也十分宽容。她知道朱元璋后宫嫔妃众多，难免会有争风吃醋之事，因此经常教导嫔妃们要和睦相处，互敬互爱。她还经常把自己的食物和衣服分给嫔妃们，让她们感受到皇后的关爱。在她的治理下，洪武朝的后宫一片祥和，没有出现过勾心斗角、争风吃醋的事情，这在历代王朝中都是十分罕见的。
除了治理后宫，马秀英还时常关心朝政，巧妙地劝谏朱元璋，避免了不少冤案错案。朱元璋性格急躁，猜忌心重，当了皇帝之后，更是动不动就大开杀戒，许多功臣勋将都因此受到牵连。马秀英看在眼里，急在心里，她知道这样下去会动摇国家的根基，因此经常在朱元璋面前委婉地劝谏。
参军郭景祥驻守和州时，有人诬告他的儿子持槊要杀父亲。朱元璋得知后，勃然大怒，当即下令要处死郭景祥的儿子。马秀英得知后，连忙对朱元璋说：“夫君，郭景祥只有这一个儿子，要是杀了他，郭家就断后了。而且，仅凭一人之言就断定他有罪，未免太过草率。不如派人去调查一下，看看事情的真相到底是什么。”朱元璋觉得马秀英说得有道理，就派人去和州调查，结果发现果然是有人诬告，郭景祥的儿子是被冤枉的。就这样，马秀英救了郭景祥儿子的性命，也保住了郭家的香火。
李文忠镇守严州时，杨宪因为嫉妒他的才能，诬告他有违法行为。朱元璋听信了杨宪的谗言，就要下令把李文忠召回京城治罪。马秀英得知后，连忙劝阻说：“夫君，严州是边境重镇，地理位置十分重要，不易轻易撤换守将。而且李文忠一向忠心耿耿，作战勇猛，立下了不少战功，怎么可能会有违法行为呢？说不定是杨宪嫉妒他，故意诬告他。不如再派人去严州调查一下，看看事情的真相到底是什么。”朱元璋听从了马秀英的建议，派人去严州调查，结果发现李文忠果然是被冤枉的。后来，李文忠在战场上屡立战功，成为了明朝的开国功臣之一。
最着名的莫过于马秀英救宋濂的故事。宋濂是明朝的开国功臣，也是朱元璋的老师，为明朝的建立和发展立下了汗马功劳。可后来，宋濂的长孙宋慎牵连进了胡惟庸案，朱元璋一怒之下，下令要处死宋濂。马秀英得知后，十分着急，她对朱元璋说：“夫君，宋濂是你的老师，也是天下闻名的大儒。他一生教书育人，品德高尚，怎么可能会参与谋反呢？再说，宋濂已经退休在家，远离朝堂，就算他的长孙犯了罪，也不应该牵连到他啊。我们普通人尚且知道尊师重道，更何况是帝王呢？”
朱元璋听了，不为所动，依旧坚持要处死宋濂。马秀英见劝谏无效，就决定用自己的方式来救宋濂。当天晚上，马秀英陪朱元璋吃饭时，既不吃肉，也不喝酒。朱元璋觉得很奇怪，就问她：“皇后，今天的饭菜不合你的胃口吗？怎么不吃不喝呢？”马秀英回答说：“我不是不想吃，而是在为宋先生祈福。宋先生是天下的贤才，如今却要被处死，我心里十分难过，只能用这种方式来为他祈福，希望他能平安无事。”
朱元璋听了马秀英的话，心里十分感动，也意识到自己太过冲动了。他想了想，宋濂确实是一位难得的贤才，而且对自己忠心耿耿，就这样杀了他，确实有些可惜。于是，第二天，朱元璋就下令赦免了宋濂的死罪，把他安置在茂州。
马秀英不仅关心功臣勋将，还十分关心百姓的疾苦。她身居深宫，却心系天下苍生，每当遇到灾荒年月，她总是带领宫里的人吃素，甚至吃粗麦饭和野菜羹，为百姓祈福。朱元璋见她如此，心里十分不忍，说：“秀英，我已经采取了救荒赈灾的措施，你就不用这么辛苦了。”马秀英叹息着说：“夫君，与其等到灾荒发生了再去救济，不如平时就做好储备，这样才能从根本上解决问题。”朱元璋听了她的话，觉得很有道理，就下令在全国各地设立粮仓，储备粮食，以备不时之需。
马秀英还十分重视教育。她见太学院的学生们生活清苦，就建议朱元璋设立“红板仓”，专门负责给太学院学生的家属提供粮食。朱元璋听从了她的建议，设立了红板仓，让太学院的学生们能够安心读书，没有后顾之忧。在马秀英的推动下，明朝的教育事业得到了很大的发展，培养出了一大批优秀的人才。
洪武年间，朱元璋想要发行宝钞，可筹备期间遇到了很多困难，让他忧心忡忡，寝食难安。有一天晚上，朱元璋做了一个梦，梦见有人对他说，要想发行宝钞成功，必须取秀才的心肝。朱元璋醒来后，觉得这个梦很不吉利，心里十分不安。马秀英得知后，连忙解释说：“夫君，这个梦并不是说要杀秀才，而是说秀才们的心肝，就是他们用心撰写的文章和计策。发行宝钞是一件大事，需要集思广益，不如