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托尔布津一开始还很硬气，率军几次突围，可都被清军打了回去。没过多久，雅克萨城里就断粮了，士兵们只能吃树皮、喝雪水，还爆发了瘟疫，死伤惨重。托尔布津在一次突围中被清军的炮弹击中，当场死亡。剩下的沙俄士兵没了主帅，又饿又病，根本没心思打仗，只能派人向清军求和，请求解除包围。
玄烨知道，长期打仗对双方都没好处，就同意了沙俄的求和请求，下令停止进攻。康熙二十八年（公元1689年），清朝和沙俄在尼布楚举行谈判，签订了《尼布楚条约》。条约规定：黑龙江和乌苏里江流域的广大地区，包括库页岛在内，都是中国的领土；沙俄撤出雅克萨，两国以额尔古纳河、格尔必齐河和外兴安岭为界。
《清史稿·圣祖本纪》记载：“二十八年七月，与俄罗斯定边界，立《尼布楚条约》。”这是中国历史上第一个平等的边界条约，它不仅维护了中国的领土主权，还让清朝和沙俄保持了几十年的和平，玄烨也用这场战争，向世界证明了大清的实力——不是谁都能随便欺负的。
搞定了沙俄，玄烨还没来得及歇口气，漠北的噶尔丹又跳了出来。噶尔丹是漠西蒙古准噶尔部的首领，他野心勃勃，想统一蒙古各部，甚至想跟清朝分庭抗礼。康熙二十七年（公元1688年），噶尔丹率领准噶尔军队进攻漠北蒙古（喀尔喀蒙古），漠北蒙古的王公们抵挡不住，只能率领部众南迁，向清朝求援。
玄烨知道，噶尔丹要是不除，漠北就永无宁日，甚至会威胁到清朝的北方边境。他先派人去跟噶尔丹谈判，让他撤出漠北，可噶尔丹根本不听，还狂妄地说：“我要率领大军，打到北京去，让玄烨给我当手下！”
康熙二十九年（公元1690年），噶尔丹率领三万大军，越过沙漠，逼近北京附近的乌兰布通。玄烨忍无可忍，决定亲征噶尔丹。可大臣们纷纷反对——漠北天气寒冷，路途遥远，皇帝亲征太危险了；而且噶尔丹的军队都是骑兵，战斗力很强，万一打输了，后果不堪设想。
玄烨却坚定地说：“噶尔丹都打到家门口了，朕要是不亲自去，怎么对得起百姓，怎么对得起列祖列宗？”他任命福全为抚远大将军，率军从北京出发，自己则坐镇后方指挥。
清军和准噶尔军队在乌兰布通展开了激战。噶尔丹把一万多头骆驼绑在一起，组成“骆驼阵”，想抵挡清军的进攻。福全见状，下令用大炮轰击“骆驼阵”，骆驼吓得四处乱跑，准噶尔军队的阵脚一下子就乱了。清军趁机冲锋，准噶尔军队大败，噶尔丹只能率领残部逃跑。
可噶尔丹没死心。康熙三十五年（公元1696年），他又率领三万大军，再次进攻漠北。这次玄烨决定亲自率军出征，他兵分三路：东路军由萨布素率领，西路军由费扬古率领，自己则率领中路军，从北京出发，直奔漠北。
中路军在沙漠里走了一个多月，粮食和水都快用完了，士兵们又冷又饿，有的甚至想放弃。玄烨看到后，亲自下马，跟士兵们一起步行，还鼓励他们说：“只要我们坚持下去，就能打败噶尔丹，让漠北的百姓过上好日子！”士兵们被玄烨的精神感动，纷纷振作起来，继续前进。
同年五月，西路军在昭莫多（今蒙古国乌兰巴托东南）遇到了噶尔丹的军队。费扬古采取了“诱敌深入”的战术，先派少量士兵假装战败，引诱噶尔丹的军队追击，然后率领主力军队从两侧夹击。准噶尔军队大败，噶尔丹的妻子阿奴可敦也在战斗中被杀，噶尔丹只能率领几十名亲信逃跑。
康熙三十六年（公元1697年），玄烨第三次亲征噶尔丹。此时的噶尔丹众叛亲离，部众要么投降了清朝，要么散了伙，他自己也得了重病，没几天就病死在了沙漠里。噶尔丹一死，准噶尔部的叛乱就平定了，漠北蒙古也正式归附了清朝。
玄烨为了加强对漠北蒙古的管理，在那里设立了盟旗制度，还派了官员和军队驻守，让漠北草原纳入了大清的版图。从此，清朝的北方边境安定了下来，百姓们也能过上安稳的日子了。
玄烨不仅会打仗，还很会治理天下。他知道，要想让大清长治久安，就必须让老百姓过上好日子。所以他在位期间，采取了很多有利于百姓的政策，其中最重要的就是“轻徭薄赋”。
康熙初年，因为连年打仗，百姓们的负担很重，很多人流离失所，没有土地耕种。玄烨就下令“更名田”——把明朝藩王的土地，无偿分给农民耕种，农民只要向朝廷缴纳赋税，就可以拥有土地的所有权。这个政策让很多流民有了自己的土地，重新过上了农耕生活。
康熙五十一年（公元1712年），玄烨又下令“滋生人丁，永不加赋”。意思是以后朝廷征收赋税，只按照当年的人丁数量征收，不管以后人口增加多少，都不再增加赋税。这个政策大大减轻了百姓的负担，也促进了人口的增长——康熙初年，全国的人口只有一千多万，到了康熙末年，人口已经增长到了两千多万。
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