崇祯本来就多疑，加上之前袁崇焕“五年平辽”的承诺没兑现，还有人弹劾袁崇焕“拥兵自重，不遵圣旨”，他立马就信了太监的话，认为袁崇焕真的背叛了大明。
崇祯二年（公元1629年）十二月，崇祯以“议饷”为由，把袁崇焕召进皇宫，然后下令把他抓起来，关进了诏狱。大臣们纷纷为袁崇焕求情，说“袁崇焕是忠臣，他不可能背叛大明，陛下一定是误会了”，可崇祯根本不听。
崇祯三年（公元1630年）八月，崇祯下旨，把袁崇焕凌迟处死。凌迟是最残忍的刑罚，要把人身上的肉一片片割下来，一共要割三千多刀。袁崇焕被处死那天，北京城里的老百姓不知道真相，还以为他是叛徒，纷纷冲上去抢他的肉吃，场面惨不忍睹。
袁崇焕死后，辽东的明军彻底没了主心骨，祖大寿等将领心灰意冷，有的甚至投降了后金。崇祯亲手毁掉了自己的“救命稻草”，辽东的局势变得更加糟糕。多年后，当崇祯知道袁崇焕是被冤枉的，后悔得肠子都青了，可一切都晚了——大明再也没有像袁崇焕这样能扛得起抗金大旗的将领了。
除掉魏忠贤，杀了袁崇焕，崇祯本以为能喘口气，可没想到，麻烦越来越多，简直是“按下葫芦浮起瓢”。
先说外患。袁崇焕死后，皇太极更加肆无忌惮。他不仅经常率军进攻辽东、河北等地，还在崇祯九年（公元1636年）称帝，改国号为“清”，正式跟大明分庭抗礼。清军先后五次绕过山海关，进入中原地区，抢了大量的人口、粮食和财物，甚至还打到了山东，攻占了济南，俘虏了德王朱由枢。
每次清军入侵，崇祯都急得像热锅上的蚂蚁，他派军队去抵抗，可明军要么打不过，要么不敢打，只能眼睁睁看着清军烧杀抢掠。有一次，清军打到北京附近，崇祯召集大臣们商量对策，大臣们你看我、我看你，没人敢说话——有的怕说错话被治罪，有的根本没什么好办法。崇祯气得拍桌子，说：“你们都是大明的官员，拿着朝廷的俸禄，现在国家有难，你们却一个个像缩头乌龟，朕要你们何用！”
再说说内忧，陕西、河南等地的旱灾、蝗灾越来越严重，老百姓没饭吃，只能起来造反。崇祯元年（公元1628年），陕西的王二率先起义，拉开了明末农民起义的序幕。紧接着，高迎祥、李自成、张献忠等起义军首领纷纷崛起，他们率领流民，攻打城池，杀贪官，分粮食，队伍越来越壮大。
崇祯一开始没把这些“流民”放在眼里，觉得派军队去镇压就能搞定。可他没想到，这些起义军就像“打不死的小强”——明军来了，他们就跑；明军走了，他们又回来；粮食不够了，就去抢官府的粮仓；士兵不够了，就招募流民。而且，起义军还提出了“均田免粮”的口号，深受老百姓的欢迎，越来越多的流民加入了起义军。
崇祯二年（公元1629年），高迎祥率领起义军攻占了陕西的多个县城，直逼西安；崇祯六年（公元1633年），起义军突破黄河天险，进入河南、湖北等地，势力范围越来越大；崇祯八年（公元1635年），高迎祥、李自成、张献忠等十三家起义军在河南荥阳召开会议，商量如何对抗明军，史称“荥阳大会”。这次会议后，起义军开始联合作战，给明军造成了更大的打击。
有个地方官给崇祯递了一份奏折，描述了当时的惨状：“陕西、河南等地，千里无烟，白骨露于野，流民数十万，皆从贼（起义军）。贼至，百姓争献粮食；官军至，百姓闭户不出。”崇祯看了奏折，忍不住哭了——他知道，老百姓已经不相信大明了，这比清军入侵、起义军攻城更可怕。
更让崇祯头疼的是，国库没钱了。连年打仗，既要给辽东的明军发军饷，又要给镇压起义军的明军发军饷，还要赈济灾民，可朝廷的收入却越来越少——土地兼并严重，很多良田被地主、藩王霸占，他们不交赋税；流民越来越多，没人种地，粮食减产，赋税也收不上来；官员贪污腐败，就算收上来一点赋税，也被他们中饱私囊。
崇祯为了筹钱，想尽了办法：他下令让大臣们捐钱，可大臣们一个个哭穷，说自己“家里没钱”——有的说“我家只有几亩薄田，每年的收入只够糊口”，有的说“我当官多年，两袖清风，没攒下什么钱”。崇祯的岳父周奎，家里很有钱，可他也只捐了一万两银子，还说“这是我全部的家当了”。
没办法，崇祯只能加重赋税，在原来的“一条鞭法”基础上，又加了“辽饷”（用来对抗后金的军饷）、“剿饷”（用来镇压起义军的军饷）、“练饷”（用来训练军队的军饷），合称“三饷”。可这无疑是“饮鸩止渴”——老百姓本来就没饭吃，再加重赋税，更是雪上加霜，越来越多的老百姓被逼得加入了起义军。
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