这场战争一打就是七年，双方打打停停，都打得筋疲力尽。万历二十六年（公元1598 年），丰臣秀吉病死，小日本失去了主帅，开始撤退。明朝和朝鲜的军队趁机追击，在露梁海战中大败日本军队，斩杀日本兵两万多人，彻底把日本军队赶出了朝鲜。
朝鲜之役，大明虽然打赢了，可花费了七百多万两银子，损失了三万多士兵，而且还让东北的边防变得空虚——因为大部分军队都被调到朝鲜打仗了，东北的女真部落趁机崛起，为后来清朝的建立埋下了伏笔。
最后说说播州之役。播州（今贵州遵义）是杨氏家族的世袭领地，从唐朝开始，杨氏家族就统治着播州，到了明朝，杨家依然拥有很大的权力。万历二十七年（公元1599 年），播州土司杨应龙起兵造反。杨应龙觉得自己势力大，明朝管不了他，就率军攻占了贵州、四川的一些州县，还杀了不少明朝的官员。
万历接到奏报后，派李化龙为总督四川、湖广、贵州军务，率军二十万，去播州平叛。李化龙采取“分兵多路，四面围攻”的战术，把杨应龙的军队分割包围。杨应龙的军队虽然勇猛，可寡不敌众，很快就节节败退。万历二十八年（公元1600 年），李化龙率军攻占了播州的首府海龙囤，杨应龙自杀身亡，播州之乱被平定。
播州之役，大明虽然打赢了，可也花费了三百万两银子，损失了两万多士兵。
“万历三大征”，大明虽然都取得了胜利，维护了国家的统一和边疆的稳定，可也付出了惨重的代价——总共花费了一千两百多万两银子，相当于大明三年的国库收入，损失了六万多士兵。而且，为了筹集军费，万历还加重了赋税，派太监去地方上“矿税监”，疯狂搜刮老百姓的钱财，导致老百姓流离失所，流民造反不断。
《明史·神宗本纪》里说：“宁夏、朝鲜、播州三役，费帑金数百万，国用大匮。”意思就是宁夏、朝鲜、播州这三场战争，花费了几百万两银子，导致国家的财政陷入了困境。这场“胜利”，就像一剂“强心针”，虽然暂时让大明看起来很强大，可实际上却加速了大明的衰败——国库空了，士兵少了，老百姓怨声载道，大明就像一个外表强壮、内部却早已腐烂的巨人，只要轻轻一推，就会倒下。
万历中后期，朝堂上除了“立储之争”，还有一场更可怕的斗争——东林党与齐楚浙党的“党争”。这场斗争，从万历二十二年（公元1594 年）开始，一直持续到明朝灭亡，把整个朝堂搞得乌烟瘴气，让大明彻底失去了“自救”的机会。
东林党起源于无锡的东林书院。万历二十二年（公元1594 年），顾宪成因为得罪了万历，被罢官回乡。他回到无锡后，在东林书院讲学，跟高攀龙、钱一本等志同道合的人一起，议论朝政，批评时弊，主张“整顿吏治，减轻赋税，重视人才”。很多对现状不满的大臣和文人，都纷纷投靠东林党，东林党慢慢成了朝堂上的一股重要势力。
齐楚浙党则是由一些地方官员和投机取巧的大臣组成的。他们因为地域关系，分成了齐党（山东籍官员）、楚党（湖广籍官员）、浙党（浙江籍官员），后来为了对抗东林党，就联合在了一起，被称为“齐楚浙党”。齐楚浙党的主张跟东林党完全相反——他们支持万历的“怠政”，赞成派太监去地方上“矿税监”，还为郑贵妃和福王说话，只要能保住自己的权力和财富，什么都愿意做。
东林党和齐楚浙党的斗争，一开始还只是“政见不同”，后来慢慢变成了“人身攻击”和“权力争夺”。两派互相弹劾，互相拆台，只要是对方支持的，自己就反对；只要是对方反对的，自己就支持，根本不管事情本身是对是错。
比如在“矿税监”的问题上，东林党认为“矿税监是害民之贼，应该废除”，齐楚浙党却认为“矿税监能为朝廷增加收入，应该保留”。双方在朝堂上吵得不可开交，东林党大臣跪在午门外哭谏，齐楚浙党大臣则在万历面前说东林党的坏话，万历本来就讨厌东林党，就把几个带头哭谏的东林党大臣贬到了外地。
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在官员选拔的问题上，两派也斗得你死我活。东林党想提拔那些正直、有能力的官员，齐楚浙党却想提拔自己的亲信和关系户。有一次，朝廷要选拔一个吏部尚书，东林党推荐了正直的邹元标，齐楚浙党却推荐了贪婪的李三才。双方在朝堂上吵了好几天，最后万历还是听了齐楚浙党的话，任命李三才为吏部尚书，邹元标则被调到南京当闲官。
更可怕的是，两派还把“党争”带到了军事和民生上。有一次，陕西闹旱灾，东林党大臣建议“减免赋税，开仓放粮”，齐楚浙党大臣却认为“要是减免赋税，朝廷就没钱了，应该继续征税”。双方吵来吵去，最后什么都没做成，陕西的流民越来越多，最后爆发了大规模的农民起义。
在东北边防的问题上，两派也互相拆台。东林党支持熊廷弼经略辽东，认为熊廷弼有能力守住辽东，齐楚浙党却反对熊廷弼