李显被接回长安当太子后，李旦的日子也不好过。他之前是“皇嗣”，现在李显回来了，他就成了“多余的人”。武承嗣、武三思看李显成了太子，就把目标对准了李旦，想除掉他，以免以后李显复位后，李旦跟他们争权。
有一次，武承嗣让人诬告李旦“谋反”，武则天派来俊臣去审问李旦的手下。来俊臣是出了名的酷吏，手段残忍，只要被他抓住，不管有没有罪，都会被屈打成招。李旦的手下们被打得皮开肉绽，眼看就要招供，这时候一个叫安金藏的乐工站了出来，对来俊臣说：“皇嗣没有谋反，你们要是不信，我就剖开我的心，证明皇嗣的清白！”说完，他就拿起一把刀，剖开了自己的胸膛，鲜血直流。
武则天听说这件事后，深受感动，赶紧派人去救安金藏，还说：“我儿子有冤，我却不知道，都是我的错啊！”（《旧唐书·安金藏传》：“吾子不能自明，使汝至此，此吾之过也。”）从那以后，武则天就再也没怀疑过李旦，李旦也因为安金藏的“剖腹明志”，捡回了一条命。
李旦知道，自己虽然暂时安全了，但只要武则天还在，武家人还在，自己就随时有危险。所以他继续“装怂”，不跟大臣来往，不议论朝政，甚至连李显都很少见面——他怕自己跟李显走得太近，会被武家人抓住把柄，说他们兄弟俩想联手谋反。
在“皇嗣”生涯里，李旦还干了一件“聪明事”——主动辞掉“皇嗣”之位。当时武则天已经老了，李显作为太子，复位是迟早的事。李旦知道，自己要是继续当“皇嗣”，以后李显复位后，肯定会对自己有戒心。于是，他主动向武则天上书，请求把“皇嗣”之位让给李显。武则天本来就觉得李旦是个“麻烦”，一看他主动让位，就顺水推舟地答应了。
李旦的这个举动，既避免了跟李显的矛盾，也让武则天对他更放心。他用“不争”换来了“平安”，也为自己以后的再次登基埋下了伏笔。跟李显比，李旦更懂“以退为进”的道理——李显是“锋芒毕露”，李旦是“藏锋守拙”，这也是为什么李旦能两次登基，而李显只能两次登基却两次被废的原因。
神龙元年（公元705年），武则天病重，卧床不起，身边只有张易之、张昌宗兄弟伺候。张易之、张昌宗是武则天的男宠，仗着武则天的宠爱，在朝堂上胡作非为，甚至想趁着武则天病重，夺取皇位。
宰相张柬之、崔玄暐等人一看情况不对，就联合羽林军将士，发动了“神龙政变”，杀了张易之、张昌宗兄弟，然后逼着武则天禅位给李显。武则天没办法，只能下诏书，让李显复位，恢复唐朝国号。
李显第二次登基后，终于扬眉吐气了。他想起自己在房州的十四年苦日子，想起自己当年对韦氏的誓言，就开始疯狂“补偿”——不仅把韦氏立为皇后，还让韦氏参与朝政，甚至允许韦氏跟自己一起坐在龙椅上听政（史称“韦后干政”）。
韦氏当了皇后后，野心彻底暴露了。她想效仿武则天，当第二个女皇帝，就跟自己的女儿安乐公主、武则天的侄子武三思勾结在一起，在朝堂上拉帮结派，打压异己。张柬之等发动“神龙政变”的大臣，都被韦氏和武三思排挤出了朝堂，有的被贬到偏远之地，有的甚至被害死。
李显对韦氏的所作所为，不是不知道，而是不想管——他觉得自己欠韦氏的，当年要是没有韦氏，自己可能早就死在房州了。所以不管大臣怎么劝，他都听不进去。有一次，大臣燕钦融上书，说韦氏和武三思勾结，危害社稷，李显把燕钦融召到宫里，还没等燕钦融说完，韦氏就让人把燕钦融摔死在殿上。李显虽然有点不高兴，但也没责怪韦氏，只是说了句“以后别这样了”，就不了了之了。
安乐公主比韦氏还过分，她仗着李显的宠爱，经常跟李显要官，还想让李显立她为“皇太女”（就是未来的女皇帝）。李显虽然没答应，但也没批评她，只是笑着说“等我跟大臣们商量商量”。安乐公主一看李显没反对，就更加肆无忌惮，甚至把自己写的诏书藏在李显的诏书里，让李显签字，李显连看都不看，就签了字。
《新唐书·中宗纪》里说李显“在位五年，无甚政绩，而韦后、安乐公主专权，朝政混乱”——这话一点都不假。李显第二次登基的五年里，没干过一件正经事，反而把朝堂搞得乌烟瘴气。他以为自己是在“补偿”韦氏，其实是在“养虎为患”；他以为自己能掌控权力，其实是在一步步把自己推向死亡的深渊。
景龙四年（公元710年），李显突然驾崩，死因成谜。《旧唐书·中宗纪》里说李显是“崩于神龙殿”，没说具体原因；《新唐书·中宗纪》和《资治通鉴》则记载，韦氏和安乐公主为了夺权，用毒饼毒死了李显。李显的死，成了压垮韦氏集团的最后一根稻草——也给了李旦和他儿子李隆基翻盘的机会。
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李显一死，韦氏就想效仿武则天，先立李显的小儿子李重茂为帝（就是唐殇帝），自己当临朝称制的太后，然后