萧刻奥特曼带着洛克斯舰长和他的团队参观了深海之心以及周边的海洋环境，向他们展示了海洋生态的复杂性和重要性。洛克斯舰长深受触动，他表示将把这次的经历带回自己的星球，让更多人了解保护宇宙中每一个独特生态系统的重要性。
在洛克斯舰长的舰队离开地球后，萧刻奥特曼继续守护着地球的海洋。他深知，未来还可能会有各种未知的挑战降临，但他有信心与地球的海洋生物、海洋文明以及来自宇宙的友好力量一起，共同守护这片蓝色的家园。在之后的日子里，每当海洋出现细微的异常波动，萧刻奥特曼都会第一时间赶到，确保海洋的和平与稳定。他的身影成为了海洋中永恒的守护者象征，激励着地球上的人类更加珍惜和保护海洋环境，也让宇宙中的其他文明对地球这片神秘的蓝色星球充满敬畏和尊重。
洛克斯舰队离开地球后的第三个月，太平洋深处的声呐网络捕捉到一组诡异的频率。陈博士团队在分析时发现，这组频率竟与六千五百万年前白垩纪的海洋次声波完全吻合。更令人震惊的是，马尔代夫海域突然出现了已灭绝的蛇颈龙群，这些史前巨兽的皮肤表面覆盖着半透明的能量膜，宛如行走在现实与过去之间的幽灵。
萧刻奥特曼在勘察现场时，意外触碰到一只蛇颈龙的能量膜。刹那间，他的视野中闪过无数破碎的画面：马里亚纳海沟在千万年前的模样、沧澜巨鲸族群在原始海洋中遨游、以及深海之心核心处悬浮着的一枚菱形晶体——那分明是宇宙飞船的能量核心。
“时间屏障出现了裂隙。”水之灵的声音从深海之心方向传来，此刻的它形态更加凝实，头部的菱形晶体正投射出复杂的星图，“深海之心在吸收宇宙能量时，意外激活了内部封存的‘时空调节器’，那是我们文明在母星毁灭前，从宇宙方舟上保留的最后装置。”
当萧刻奥特曼再次潜入深海之心，发现晶体壁上浮现出层层叠叠的水幕，每一层水幕都倒映着不同时间线的海洋：十七世纪被海盗船污染的加勒比海、未来因全球变暖酸化的珊瑚海、甚至是平行宇宙中由液态金属构成的机械海洋。在这些重叠的影像中央，一道螺旋状的时空裂缝正在缓缓扩张，不断将其他时间线的海洋生物和物质卷入现实世界。
“调节器失控了。”水之灵的声音带着前所未有的焦虑，“它正在将整个地球海洋与宇宙中的‘海洋维度’强行链接，如果无法在七十二小时内关闭裂缝，所有维度的海洋将彻底融合，形成吞噬一切的‘时空旋涡’。”
萧刻奥特曼意识到，问题的根源在于深海之心作为“宇宙生态调节器”的原始功能被唤醒。远古的马里亚纳文明并非地球本土文明，而是乘坐方舟逃离母星毁灭的宇宙移民，深海之心正是方舟的核心动力，其能量本质是“时空洋流”——一种能平衡宇宙各维度生态的神秘力量。
为了修复时空调节器，萧刻奥特曼必须穿越时空裂缝，进入三个关键维度收集“生态锚点”：白垩纪原始海洋、未来机械海洋、以及平行宇宙的镜像海洋。每个维度都有其独特的生态系统，也存在着因维度失衡产生的威胁。
当萧克奥特曼踏入白垩纪海洋，扑面而来的是夹杂着火山灰的湿热海水。这里的海洋霸主沧龙群正被一种透明的能量寄生虫侵蚀，这些寄生虫正是导致时空裂缝的“维度病毒”。萧刻奥特曼发现，这些病毒通过篡改生物的基因链，使其成为跨维度传播的载体。
他施展“基因共振”技能，与沧龙群建立精神链接，引导它们游向深海之心的能量光束覆盖区域。在光束的净化下，寄生虫纷纷脱落，化作荧光碎片融入时空洋流。临走前，萧刻奥特曼从白垩纪海洋深处取得了第一枚生态锚点——一块蕴含原始生命能量的珊瑚化石。
未来机械海洋的天空布满金属云层，海水是流动的液态芯片，海洋生物早已机械化：电子水母的触须是光纤电缆，机械鲨鱼的鳞片是太阳能板。这里的生态系统因过度智能化而崩溃，中央控制核心“深蓝中枢”正将整个海洋转化为数据监狱。
萧刻奥特曼在与机械生物的战斗中发现，深蓝中枢的核心算法与深海之心的时空调节器存在同源代码。他利用从星际舰队那里获得的量子加密技术，破解了中枢的防御系统，却在即将关闭中枢时听到了无数被困数据生命的哀鸣。最终，他选择重新编写中枢程序，让机械海洋成为数据生命与实体生物共存的新生态区，并取得第二枚生态锚点——一片能吸收维度能量的量子芯片。
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平行宇宙的镜像海洋是现实海洋的黑暗倒影，这里的生物以污染能量为食，海洋表面漂浮着永不沉没的垃圾大陆，而马里亚纳海沟的位置矗立着一座由工业废料构成的“逆心塔”，正不断向各个维度释放腐化能量。
在镜像海渊，萧刻奥特曼遇到了自己的镜像体——暗刻奥特曼。这个由负面能量构成的存在，不断嘲