科考舰队的旗舰“星耀号”上，舰长洛克斯是一位经验丰富的星际探险家。他带领团队对地球海洋展开全方位扫描，意外发现深海之心不仅修复了海洋生态，还在其周围形成了一个巨大的能量旋涡，这个旋涡正缓慢吸收并转化宇宙中的游离能量，而这些能量的波动与舰队在遥远星系观测到的一种古老文明遗迹的能量信号极为相似。洛克斯坚信，深海之心背后隐藏着解开宇宙古老文明奥秘的关键线索，这一发现令他兴奋不已，也让他决心深入研究。
为了近距离观察深海之心，洛克斯不顾团队部分成员的反对，决定派遣一艘小型探测器深入马里亚纳海沟。探测器顺利抵达深海之心附近，开始收集数据。然而，探测器的活动却意外触发了深海之心的另一重防御机制。深海之心表面瞬间泛起一层紫色光晕，释放出一种特殊的能量波，这种能量波干扰了探测器的控制系统，使其失去控制，一头撞向深海之心的晶体壁。
撞击引发了连锁反应，深海之心内部的能量平衡再次被打破，原本稳定的净化能量开始紊乱，部分区域重新出现黑色毒雾，这些毒雾比之前更加浓稠且具有更强的腐蚀性。毒雾迅速蔓延，不仅威胁着深海之心的再次稳定，还朝着周边海域扩散。
正在宇宙中巡逻的萧刻奥特曼，通过与地球海洋建立的特殊能量感应，察觉到了深海的异常。他立刻赶回地球，毫不犹豫地再次潜入马里亚纳海沟。此时的海沟中，毒雾弥漫，能见度极低，各种海洋生物在毒雾中挣扎求生，发出痛苦的哀鸣。
萧刻奥特曼在毒雾中艰难前行，很快发现了失控的探测器残骸以及深海之心的异常状况。就在他准备采取行动时，突然感觉到一股强大的外星能量波动。原来是洛克斯舰长担心探测器安危，亲自带领一支精英小队乘坐星际潜水器来到了海底。星际潜水器的能量系统与地球海洋环境产生了强烈的排斥反应，进一步加剧了深海的混乱。
萧刻奥特曼向星际潜水器发出警示信号，示意他们立刻离开。但洛克斯舰长误以为萧刻奥特曼是在阻止他们探索，拒绝撤离。他认为萧刻奥特曼并不理解他们的科研使命，也不明白深海之心对宇宙文明研究的重大意义，坚信自己的团队有能力控制局面。
双方僵持之际，毒雾愈发浓烈，深海之心的晶体壁出现更多裂痕，随时可能再次崩溃。萧刻奥特曼深知不能再这样僵持下去，他决定先解决眼前的危机，再与星际访客沟通。他集中精力，施展特殊技能，在自己周围形成一个净化力场，缓缓向深海之心靠近。
毒雾不断侵蚀着净化力场，但萧刻奥特曼凭借强大的意志和能量，稳步前行。在接近深海之心的过程中，他发现毒雾中隐藏着一些奇怪的能量生物。这些生物由毒雾和海洋中的能量物质融合而成，外形狰狞恐怖，它们不断冲击着萧刻奥特曼的净化力场，试图阻止他靠近深海之心。
萧刻奥特曼与这些能量生物展开激烈战斗。他发射光线攻击能量生物，光线在毒雾中闪烁，每一次命中都能驱散一片毒雾。然而，能量生物源源不断地涌现，它们似乎在毒雾的滋养下拥有无尽的生命力。萧刻奥特曼意识到，单纯的攻击无法彻底解决问题，他必须找到毒雾的根源并切断其能量供应。
与此同时，洛克斯舰长在星际潜水器中观察到萧刻奥特曼的战斗过程，开始意识到自己的错误判断。他看到萧刻奥特曼为了守护深海之心和海洋生态，不顾自身安危，全力对抗毒雾和能量生物。洛克斯决定带领小队协助萧刻奥特曼，他们利用星际潜水器的先进武器系统，对能量生物进行攻击，为萧刻奥特曼分担压力。
在双方的共同努力下，能量生物的攻势逐渐被压制。萧刻奥特曼趁机深入研究毒雾的形成机制，他发现毒雾的核心能量与之前星际探测器触发的深海之心防御机制有关，而这种防御机制似乎是受到某种古老宇宙文明的程序控制，一旦被外界干扰，就会启动自我保护和反击程序，产生毒雾来抵御“入侵者”。
为了关闭这一危险的防御程序，萧刻奥特曼与洛克斯舰长的团队紧密合作。他们通过星际潜水器的分析系统，找到了防御程序的关键节点，位于深海之心底部的一个小型能量晶体。萧刻奥特曼凭借强大的力量，突破重重障碍，来到能量晶体所在位置。
他小心翼翼地用能量触碰晶体，试图调整其程序。在这个过程中，防御程序不断释放出强大的能量冲击，萧刻奥特曼多次险些被能量击退，但他始终没有放弃。经过一番艰难的操作，萧刻奥特曼终于成功调整了能量晶体的程序，毒雾的产生逐渐停止，已有的毒雾也开始慢慢消散。
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随着毒雾的消散，深海之心的能量逐渐恢复稳定，晶体壁上的裂痕也开始自我修复。海洋生物们在摆脱毒雾的威胁后，重新焕发生机，整个马里亚纳海沟恢复了往日的宁静与美丽。
危机解除后，萧刻奥特曼与洛克斯舰长进行了深入交流。洛克斯舰长为自己之前的鲁莽行为向萧刻奥特曼道歉，同时分享了他们对深海之心的研