此外，在全国范围内，由于长期的农业生产中过度使用肥料和不合理的灌溉方式，部分地区出现了土壤盐碱化问题。特别是在一些干旱和半干旱地区，不合理的灌溉导致地下水位上升，盐分在土壤表层积累，使得土地逐渐盐碱化，农作物无法正常生长，土地资源进一步退化。
水资源方面，也出现了污染与短缺的反复问题。
随着城市的发展和人口的集中，生活污水和工业废水的排放逐渐增多。在咸阳、临淄等大城市周边，由于缺乏有效的污水处理设施，大量生活污水直接排入河流，导致河水水质恶化。一些河流原本清澈见底，鱼虾成群，如今变得浑浊不堪，散发着难闻的气味，许多水生生物因此死亡。同时，一些手工业作坊，如冶炼、制陶等，在生产过程中排放出含有重金属等有害物质的废水，未经处理就排入河流，对水资源造成了严重污染，不仅影响了周边居民的饮用水安全，还对整个水域生态系统造成了破坏。
在水资源短缺方面，由于人口增长和农业灌溉用水的增加，对水资源的需求量大幅上升。特别是在北方地区，降水相对较少，水资源供需矛盾更加突出。一些地区过度开采地下水，导致地下水位下降，形成了地下水漏斗区。地面出现沉降，部分地区的水井干涸，影响了居民的生活用水和农业灌溉。同时，由于对水资源的不合理分配，一些地区为了保证自身的用水需求，截流河流，导致下游地区水资源短缺，生态环境恶化。例如，在一些跨区域的河流上，上游地区大量取水用于灌溉，使得下游河流流量减少，甚至出现断流现象，严重影响了下游地区的生态平衡和农业生产。
生物多样性在这一时期也受到了严重的损害。
在野生动物方面，尽管有保护珍稀动物的法律规定，但由于利益的驱使，偷猎行为依然屡禁不止。一些珍稀动物，如大熊猫、金丝猴等，因其皮毛、骨骼等具有较高的经济价值，成为偷猎者的目标。偷猎活动导致这些珍稀动物的数量急剧减少，它们的生存面临着严重威胁。同时，由于生态环境的破坏，许多野生动物的栖息地丧失或破碎化，使得它们的活动范围缩小，种群之间的交流受到限制，遗传多样性降低，进一步影响了它们的生存和繁衍。
在植物方面，大规模的森林砍伐使得许多珍稀植物物种濒临灭绝。一些名贵的木材，如楠木、樟木等，由于其质地优良，被大量砍伐用于建筑和家具制作。森林的破坏不仅导致这些植物数量减少，还影响了整个森林生态系统的稳定性。许多依赖森林生存的植物，如附生植物、菌类等，也因为森林环境的改变而无法生存。此外，外来物种的入侵也对本地生物多样性造成了一定影响。一些外来植物随着贸易活动传入秦朝，它们在新的环境中可能没有天敌，迅速繁殖，抢占本地植物的生存空间，破坏了原有的生态平衡。
污染行为视而不见，收受贿赂后放任其违规排放。此外，对于水资源污染的处罚标准不够明确，在实际执行中存在较大的弹性，使得一些污染者有机可乘，对水资源保护政策缺乏敬畏之心，导致水资源污染问题屡禁不止。
在生物保护政策执行上，虽然有保护野生动物和植物的法律，但执法难度较大。珍稀动物大多生活在偏远的山区或森林中，监管部门难以全面监控。偷猎者往往利用地形复杂的优势，进行隐蔽的偷猎活动，不易被发现。而且，对于偷猎行为的举报奖励机制不够完善，百姓对举报偷猎行为积极性不高。在植物保护方面，对于乱砍滥伐的监管也存在不足。森林面积广阔，监管人员难以做到实时巡查，一些不法分子趁机大肆砍伐珍稀树木，而由于处罚执行不严格，他们违法成本较低，导致生物多样性受损的情况不断加剧。政策执行过程中的这些漏洞，使得原本旨在保护生态环境的政策无法有效落实，从而导致生态环境出现反复恶化的现象。
生态环境的反复恶化对秦朝的农业生产造成了严重的损害。
土地资源的退化直接影响了农作物的产量和质量。在北方地区，水土流失和土地沙化使得大量耕地肥力下降，农作物生长受到严重影响。原本肥沃的土地变得贫瘠，粮食产量大幅减少。例如，在黄土高原的一些地区，由于过度开垦导致水土流失加剧，土壤中的养分大量流失，粟、麦等农作物的产量比以往减少了三成以上。而且，土地沙化使得可耕种土地面积不断缩小，农民不得不放弃一些沙化严重的土地，进一步影响了农业生产规模。
南方地区的围湖造田和毁林开荒虽然短期内增加了耕地面积，但从长远来看，却破坏了农业生产的生态环境。湖泊面积缩小，调蓄洪水能力减弱，使得周边农田在雨季更容易遭受洪涝灾害。一旦发生洪水，大片农田被淹没，农作物被冲毁，农民一年的辛勤劳作付诸东流。毁林开荒导致森林涵养水源能力下降，在旱季，农田灌溉用水不足，影响农作物的生长和发育。同时，森林生态系统的破坏还使得病虫害失去了自然的控制，病虫害频发，农民不得不使用更多的人力和物力来防治病虫害，增加了农业生产成本。