农业在士族田庄经济中占主导的地位。田庄中有大量的耕地，又有河湖水渠等水利灌溉系统。在耕地上种有稻、麦、粟、桑、麻、蔬菜等作物。仅次于农业的是园林业，经营竹木果树等。此外，还有养鱼业和畜牧业，并从事纺织、酿造、制造生产工具等多种手工业生产。由于从事多种经营，使士族地主田庄具有自给自足的性质。
田庄里的生产者，主要是佃客、部曲和奴隶。士族地主对他们的剥削和压迫是残酷的。但它把大量劳动人手组织起来，在山区水滨进行垦植，特别是在东晋和南朝前期，士族地主还关心生产的时候，地主田庄对江南地区的开发是起一定的积极作用。以后，由于门阀土族日益腐朽，田庄也就成了束缚生产力发展的障碍。
自耕农
自耕农是当时农业生产的重要力量，是封建政府榨取的主要对象。他们对政府的负担有租调、杂税、徭役三大项。宋、齐时的田租大概沿袭东晋后期的制度，即口税米五石。户调剥削，在宋孝武帝规定：“天下民户，岁输布四匹”，岁输布四匹，只是每户农民应纳户调的平均数目，征收时仍采取“九品相通”的办法，即事先评出户产，定出户等，然后再依照户等的高低分派。在战争时期，一般农民也有兵役负担，各种徭役更是随意征发。于是，许多自耕农破产流亡，越来越多地沦为士族田庄里的部曲和佃客。
手工业
纺织业
东晋南朝时期，纺织业比较发达，养蚕技术已经相当可观，豫章等地一年蚕四、五熟，永嘉等地一年八熟。丝、绵、绢、布等是南朝调税的主要项目，因此纺织是民间普遍的副业。其中荆、扬二州的纺织业尤为发达。锦业在益州也早负盛名。刘裕灭后秦，把关中的织锦户迁到江南。南朝后期，织锦业也发达起来。富豪人家穿绣裙，着锦履，以彩帛作杂花，绫作服饰，锦作屏障。
北魏初，每匹绢值千钱，孝文帝以后降到二、三百钱，说明丝织品的生产已增加。 [105]
冶炼、煮盐
南北朝时，政府都设有专官管理矿冶。建康尚方有东、西二冶（宋、齐时有南冶，后废），州、郡有矿冶的设冶令。另外还有不少私家冶铺作坊；北朝从北魏道武帝开始，也设置官冶，铸造兵器。 [86] [105]
在冶铸技术上，用水排鼓风冶铸已在南朝应用。炼钢技术也有很大进步。那时还发明一种杂炼生铁和熟铁的灌钢法，即把生熟铁混杂起来冶炼，火候到时，生铁先熔化，渗淋入熟铁中，然后取出反复锻炼，就成为优质钢，用来制造宝剑和刀、镰。灌钢法是当时世界上最先进的钢铁冶炼技术，用它生产的铁除制造武器外，尚有较多的富余，可以用于制造生产工具。尤其是坚硬耐磨的灌钢工具的出现，是生产工具的一大革新，为丘陵、岗阜、湖泊、沼泽、滩涂的开垦创造了有利的条件。 [86] [105]
煮盐方面，北魏池盐产地主要在河东郡，盐产很多。东魏、北齐之际，海盐产量很大。盐的生产主要掌握在官府手中。 [105]
瓷器
南北朝玉器
东晋南朝时，瓷器的烧制有新的发展。当时瓷器的代表性产品是通体青釉的青瓷，产地比较集中的是会稽郡（浙江绍兴）一带。青瓷胎质纯，硬度高，釉料匀，通体青莹，造型多样美观。考古发掘，江南许多地区的制瓷技术逐渐成名，并各有自己的特点。 [86]北朝时期，劳动人民还成功地烧出了白瓷。 [105]
商业
农业和手工业的发展，加上江南河流纵横，水上交通方便，为商业发达提供了基础和有利条件。
士族豪强兼并土地，官府赋税徭役繁重，许多中小地主和农民被迫从事商贩活动。贵族官僚有免关津税特权，在任期届满时带着大批货物作为“还资”，然后转贩各地。官府征收租调要农民折钱交纳，农民被迫出卖自己仅有的农副产品。因此，南朝出现商业畸形发展的现象。
当时南方的重要城市有建康、江陵、成都、番禺（今广东广州）等地。建康是东晋南朝的政治中心，也是长江下游的经济中心。这里“贡使商旅，方舟万计”。萧梁时期，建康城内有居民28万。城内有四个市，秦淮河北有大市和小市十余处。会稽、吴郡、余杭等地也是“商贾并凑”。
日本法隆寺金堂（南朝风格）
番禺是海外贸易中心，南洋各国，以及天竺、狮子国（斯里兰卡）、波斯（伊朗）等国的商船，“每岁数至”，或“岁十余至”。江陵“当雍、岷、交、梁之会”，商业也较发达。成都不仅商业繁盛，而且也是高级丝织品的重要产地。市场上既有奢侈品，也有普通的生产、生活用品。商贾小者坐贩于列肆，大者转运于四方。商税是南朝收入的大宗。
东晋、南朝都注意货币铸造，但币制混乱，数量不足。
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