关键时刻，足利义昭当即下令，放弃此前费尽心力攻占的坚田与石山两大要地，率领麾下仅有的千余士卒迅速撤回二条御所。二条御所作为幕府将军的居所，且地处京都核心地带，织田信长若是贸然强攻必然会背负“弑君”骂名，遭到天下指责。
因此，固守二条御所，或许是当前唯一生路，也能等待各地大名上洛勤王。织田信长率军顺利进入京都，接管坚田与石山，随后包围二条御所。他望着紧闭大门神色平静，没有丝毫急躁。
织田信长心中清楚，当前并不是彻底与足利义昭翻脸的最佳时机。虽然此时幕府孤立无援，织田军占据绝对优势，一举攻破二条御所并非难事，但这样做将会背负骂名，彻底失去天下大义，反而会促使那些摇摆不定的诸侯纷纷加入包围网，可谓得不偿失。
权衡利弊之下，织田信长做出了一个理智的决定——与足利义昭讲和。他遣使前往二条御所面见足利义昭表达议和意愿，提出了相对宽松的议和条件：足利义昭继续担任征夷大将军，但需放弃对抗织田家的念头，幕府政令需听从织田家安排以此换取撤围。
可让织田信长没想到的是，足利义昭竟毫不犹豫拒绝议和。此时的足利义昭依旧没有放弃幻想，他坚信各地大名虽然暂时没有出兵，但只要自己坚守二条御所继续等待，必然会有诸侯上洛勤王，届时便能联合各方反戈一击，彻底击溃织田，重掌天下实权。
足利义昭坐在二条御所大殿，语气决绝，对使者说道：“信长乱臣贼子，本将军岂能议和？回去告诉信长，本将军定与他死战到底！”足利义昭的顽固彻底激怒织田信长，他本就不愿于此过多纠缠，此次主动议和已是留足颜面。
可对方却不知好歹执意抵抗，盛怒之下，织田信长下令在京都纵火烧房，无论寺庙、民居皆成为焚烧目标，以此震慑足利义昭，逼迫其妥协。一时间，京都火光冲天，烈焰滚滚，哀嚎之声不绝于耳。
古老的寺庙被烈火吞噬，平民的居所化为焦土，无辜的百姓流离失所，四处奔逃，昔日繁华的京都沦为人间炼狱。大火连烧数日，京都大半都被烧毁，浓烟滚滚遮蔽天空，空气弥漫着焦糊的气味，令人窒息。
就在京都陷入火海、局势愈发混乱之际，一个身影悄然抵达京都——刚刚自隐岐国返回的尼子胜久。尼子胜久自复兴失败后辗转流亡，在得知山中鹿之介得到阿苏惟将庇护后，方才自隐岐国返回京都，他心中有着自己的盘算，掌管商路的日子才是最惬意的。
可尼子胜久此时身无长物，想要获得织田信长接见并非易事。思虑再三，他一面以阿苏惟将商路代表的名义，向织田信长递上求见文书，一面暗中在京都周遭百姓与落魄武士当中募捐，筹集钱财物资。
尼子胜久凭借着昔日声望，以及商路影响，很快便募捐到一批银币，随后又筹措一些军粮酒肉，亲自送往织田军营。他态度谦卑，言辞恳切，向织田信长表达了臣服之心，同时将募捐到的银币与军粮、酒肉尽数进献，犒劳织田军。
织田信长见尼子胜久态度诚恳，又带来了实实在在的物资，且打着阿苏惟将的旗号。因此便顺水推舟接受了进献，或许是尼子胜久的举动让他稍稍平息怒火，或许是意识到过度焚烧京都只会激起更多反抗。
随后，织田信长调整焚烧策略，不再焚烧民居寺庙，而是只针对幕府奉公众的房屋进行焚烧。奉公众乃是幕府的核心家臣与亲信，他们的房屋大多集中在二条御所周边，烧毁这些房屋既能继续震慑足利义昭，又能避免激起普通百姓反抗，可谓一举两得。
随着幕府奉公众的房屋被一座座烧毁，二条御所内的幕臣彻底慌神。奉公众纵然家境殷实，但房屋被烧化为乌有，也是极为肉痛。而且他们深知，织田信长的怒火绝不会就此平息，若是继续跟随足利义昭抵抗，只会落得家破人亡的下场。
于是，越来越多的幕臣开始主动劝说足利义昭放弃抵抗，接受织田信长的议和条件。
“将军，事到如今，已无退路。”一位幕臣跪在足利义昭面前，语气恳切，“信玄公北返，浅井、朝仓无法出兵，其他大名皆坐观成败，我等已孤立无援。织田势大，若是继续抵抗，御所迟早会被攻破，到那时我等皆会性命难保。不如接受议和，暂且隐忍，等待时机，再图复兴。”
另一幕臣也附和道：“将军，织田此次主动议和，已是给足颜面。若是拒绝，他若是强攻二条御所，到那时，不仅性命难保，幕府百年基业也将彻底覆灭。为了幕府还请三思，接受议和。”
类似的劝说日复一日上演，幕臣言辞从恳切到急切，从劝说至哀求，他们的恐惧焦虑感染着足利义昭。足利义昭坐在御座之上，面色苍白，神色憔悴，心中幻想一点点被现实击碎。各地大名根本不会上洛勤王，坚守二条御所不过自欺欺人，继续抵抗只会家破人亡。