朱元璋设置东宫官属，以李善长兼太子少师，授为银青荣禄大夫、上柱国，参与决定军国大事，其他仍然如故。
不久，率礼官制定郊社宗庙之礼，皇帝巡幸汴梁，李善长留守，一切事情李善长都可以不经请示灵活处理。
不久，李善长上奏确定六部官制，商议官民丧服及朝贺东宫礼议，奉命监修《元史》，编写《太祖训录》《大明集礼》等书。
确定天下山川神癨封号，封立诸王，爵赏功臣，事无巨细，朱元璋都委托李善长与诸儒臣商议执行。
洪武三年大封功臣，朱元璋说道“李善长虽无汗马功劳，但跟随我多年，供给军粮，功劳很大，应当晋封大国。”
于是授他为开国辅运推诚守正文臣、特进光禄大夫、左柱国、太师、中书左丞相，封为韩国公，年禄四千石，子孙世袭。
并授予铁券，免李善长二死，其子免一死，当时被封公者，有徐达、常遇春之子常茂、李文忠、冯胜、邓愈及李善长六人，李善长位居首位，诏书中将他比作萧何，对他褒奖备至。
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