然而，这一改革也引发了文官集团的暗中抵触，为后续朝堂的暗流涌动埋下了伏笔。
正月二十三日，杨士奇、杨荣、杨溥三位内阁老臣联袂入宫，他们以郑和病逝、无人能继其航海伟业为由，递上了一份言辞恳切的奏疏。
奏疏中痛陈下西洋耗费国帑巨万，“每岁造船、募兵、采办之费，以百万计，而所得奇珍异宝，仅供宫廷赏玩，于民生无补”。
马雄英凝视着奏疏，沉默良久。他深知下西洋带来的万国来朝彰显了大奉的国威，但连年的航海活动确实让国库日渐空虚。
最终，他缓缓开口：“下西洋之事，暂罢。待数年休养，国库充盈，再议不迟。”
随着这道旨意的下达，东南沿海的造船厂逐渐沉寂，曾经千帆竞渡的西洋航线，只剩下零星的民间商船往来，大奉朝的海权扩张之路，暂时画上了句号。
二月一日，两道圣旨几乎同时传遍大奉南北。
其一，江南七省税粮折银征收，每石米折银二钱五分。此前，税粮征收皆以实物为主，漕运过程中损耗巨大，“每石米运至京师，沿途损耗者竟达三成”。
折银征收不仅减少了漕运的靡费，更让白银逐渐成为流通的主要货币。江南的商贾们欣喜若狂，以往用粮食交易的繁琐被打破，白银的便捷性让商业往来愈发频繁，客观上推动了商品经济的繁荣。而朝廷的财政收入，也因折银征收避免了实物损耗而大幅增加。
其二，裁减宫廷用度的圣旨同样引人注目。马雄英以身作则，将御用的糖蜜、果脯等物资减半供应，“宫中用度，悉遵洪武旧制，不得奢靡”。
这一举措，不仅缓解了国库的压力，更向天下传递了皇帝体恤民困的信号，历经篡位之乱的百姓，心中渐渐燃起了对新朝的希望。
三月十一日，马雄英站在皇宫的城楼上，望着城外络绎不绝的流民，眉头紧锁。孙幼薇蛊惑太子篡位的数月间，社会动荡不安，大量农民失去土地，沦为流民。
而各地的矿冶场所，聚集了大量无业游民，极易引发动乱。
为了稳定局势，马雄英下令关闭多处矿冶场所：“凡无官凭私开之矿，一律封禁；官办矿场，亦需裁减人员，遣散流民返乡”。
一时间，各地矿冶场的流民被陆续遣返，发放种子与耕牛，让他们重新回到土地上。这一举措，虽然在短期内减少了矿冶收入，但有效遏制了流民聚集引发的动乱苗头，社会秩序逐渐恢复。
四月七日，北京城内外响起了震天的夯土声。马雄英下令大规模修筑北京城垣，增修九门瓮城、箭楼、城濠等设施。他站在正阳门的城楼上，对身边的官员说：“北京乃国门所在，必须固若金汤，方能抵御北虏，震慑四方。”
数十万民夫被征调而来，日夜劳作，北京城的防御体系日益完善，这座古老的都城，逐渐焕发出新的威严。
然而，五月三十日的一场大雨，打破了这份平静。暴雨连降三日，黄河与大运河多处决口，洪水如猛兽般吞噬了沿岸的村庄与农田。“水高数丈，百姓溺死者不计其数，房屋田舍尽成泽国”。灾情传至京师，马雄英震怒不已，一方面紧急调拨粮草赈灾，一方面派遣官员前往灾区治理水患。这场水灾，暴露了大奉朝水利系统的脆弱性，也让马雄英意识到，内政的稳固，不仅需要财税与官制的改革，更需要对民生基础工程的重视。
七月，广西的战报传到京师：蒙顾十六峒的少数民族部落举旗起义，反抗大奉朝的统治。马雄英拍案而起，怒声道：“蕞尔小夷，竟敢作乱！”他当即下令调派大军南下，务必平定叛乱。
蒙顾十六峒地处广西深山，地势险要，起义军凭借地形优势，与官军周旋。官军初战不利，损兵折将。马雄英闻讯后，改派经验丰富的将领率军征讨，并下令“凡参与叛乱者，一律严惩，以儆效尤”。经过数月的激战，官军终于攻破起义军的据点。十一月二十四日，湖广、贵州总兵官萧授擒获起义首领，马雄英下旨：“蒙顾一族，夷三族，其地分设州县，直接归朝廷管辖。”西南边陲的战火暂时平息，但少数民族与朝廷的矛盾，却并未就此消解。
凰武三十一年正月末，皇宫的暖阁内，马雄英召集英国公张辅、内阁大学士杨士奇、杨荣、杨溥及尚书胡濙等人，气氛凝重。马雄英的目光扫过众人，沉声道：“王振等宦官，结党营私，祸乱朝纲，今当除之！”
王振自先朝以来，深得皇帝宠信，逐渐形成了以其为首的十二世族宦官集团，他们把持朝政，贪赃枉法，甚至在孙幼薇篡位期间，暗中勾结，助纣为虐。马雄英早已对其忍无可忍，待朝政稳定后，便开始谋划铲除这一毒瘤。
经过周密的部署，三月，朝廷突然动手，将王振及其党羽一网打尽。此次肃杀，共计一万余人被诛杀，太子与孙幼薇篡位后留下的余孽也被彻底清除。朝堂之上，为之一清，官员们无不拍手称快，马雄英的皇权