“石砾，启动石核防御阵！”顾厄下令，石砾将石核能量注入晶体战舰的防御系统，土黄色的石质护盾与晶体护盾融合，形成双重防御。光陨则将光域能量导入母晶，母晶的金色光芒变得更加耀眼：“净化能量已准备就绪，随时可以发起攻击！”
暗晶怪物察觉到舰队的存在，纷纷朝着舰队冲来，口中喷射的暗能射线击中防御护盾，激起阵阵涟漪。赵乐乐与晶瑶同时发力，母晶的四色能量与晶核之心的蓝色能量融合，一道巨大的净化光柱从跨域时空舰的主炮口发射出去，击中最前方的暗晶怪物。怪物的黑色晶体身体瞬间被净化，化作淡蓝色的星尘消散。
“有效！”晶瑶兴奋地喊道，“大家集中火力，攻击暗能聚集点的核心！”晶体战舰的晶体炮同时开火，蓝色的晶体能量与净化光柱交织，形成一张巨大的能量网，将暗晶怪物与暗能聚集点笼罩其中。网内的暗能被快速净化，暗晶怪物如同遇到克星，纷纷哀嚎着消散。
就在净化工作即将完成时，星尘海深处突然传来强烈的暗能波动，一艘巨大的暗物质母舰从星尘云中驶出，舰身表面布满了被暗能污染的晶体纹路——正是暗尘舰队未被彻底消灭的残余母舰，舰上的暗能核心比之前的旗舰还要强大。“是暗尘的副舰长沙砾！他竟然带着母舰躲在星尘海深处！”林小满的警报声响起。
沙砾的声音通过暗能频道传来，充满了扭曲的疯狂：“同源的蝼蚁们，你们以为消灭暗尘就能阻止暗主大人的回归吗？我要用晶域的晶体能量，复活暗主大人的部分意识，让整个宇宙都陷入黑暗！”母舰的主炮开始充能，黑色的暗能中夹杂着晶体能量，形成一道诡异的黑蓝色能量炮。
“不好！这道能量炮会污染晶核之心！”晶瑶脸色大变，“晶核之心与所有活晶相连，一旦被污染，整个晶域都会被暗能侵蚀！”赵乐乐立即做出决断：“晶瑶，你带领晶体战舰保护晶核之心，用晶脉航道构建能量屏障；我和顾厄带领跨域时空舰，摧毁母舰的暗能核心！”
晶瑶立即带领舰队转向，活晶战舰释放出蓝色的晶体能量，与晶脉航道的能量融合，形成一道巨大的能量屏障。与此同时，跨域时空舰在墨小渊的时空导航下，通过时空跳跃绕到母舰后方。顾厄与石砾驾驶突击舰，直接冲向母舰的暗能核心舱：“我们负责破坏核心，你们用净化能量掩护！”
赵乐乐与光陨将母晶与光域能量核心的能量全部激发，一道四色净化光柱击中母舰的防御护盾，护盾瞬间出现裂痕。石砾抓住机会，用石核能量构建出巨型石质手臂，抓住母舰的引擎，让母舰无法移动。顾厄则趁机将净化剑刺入暗能核心，金色的净化能量在核心中爆发，母舰的暗能核心瞬间瘫痪。
沙砾见大势已去，试图启动母舰的自毁程序，与众人同归于尽。但晶瑶通过晶体能量，提前干扰了母舰的控制系统：“晶域的晶体能量不会成为你的武器！”母舰的控制系统陷入混乱，自毁程序无法启动。顾厄趁机将沙砾从母舰中擒获，净化了他体内的暗能残余，让他恢复了部分神智。
随着母舰的坠毁，星尘海中的暗能聚集点被彻底清除。赵乐乐带领舰队返回晶域时空时，晶域的活晶建筑纷纷释放出璀璨的光芒，庆祝危机的解除。晶瑶将一枚晶域的传承徽章交给赵乐乐，徽章由纯净的活晶制成，内部蕴含着晶核之心的能量：“晶域正式申请加入同源联盟，愿与四大文明携手，守护宇宙的和平与纯净。”
赵乐乐接过徽章，将其与同源母晶放在一起。徽章的蓝色能量与母晶的四色能量融合，母晶的光芒中新增了一抹稳定的蓝色，象征着五大文明的同源羁绊。“欢迎晶域加入同源联盟！”赵乐乐的声音通过联盟频道传遍五大时空，“从此刻起，我们共同守护同源文明的未来。”
当晚，晶域举办了盛大的庆祝仪式。水晶城市的活晶建筑绽放出七彩光芒，晶体植物释放出的星尘能量在空中形成绚烂的光雨，晶域族人与探索队的成员们载歌载舞，清脆的晶体音乐与欢笑声回荡在晶域时空的星空中。
赵乐乐与晶瑶站在晶核圣殿的顶端，望着漫天光雨。晶瑶轻声说道：“晶核之心的传承中记载，同源文明的起源与‘宇宙本源晶核’有关，它是所有同源能量的源头。而晶域的晶核之心，就是本源晶核的碎片之一。”她指向母晶，“或许集齐所有本源碎片，就能揭开宇宙起源的终极秘密。”
赵乐乐握紧手中的母晶，母晶的五色光芒与远处的星尘海遥相呼应。她知道，晶域的加入不是结束，而是同源联盟探索宇宙本源的新起点。星尘海的暗能隐患已除，但宇宙中还有更多的本源碎片等待发现，更多的未知文明等待相遇。
第二天清晨，探索队准备暂时返回超宇时空，将晶域加入联盟的消息传递给四大文明，并商讨后续的宇宙探索计划。晶瑶带领晶域族人在港湾送行，她将一枚晶核之心的能量晶体交给赵乐乐：“这枚晶体能随时与晶核之心建立联系，无论你们在宇宙的哪个角落，晶域都会是你们最坚实的