整个过程都是李二亲自主导，没有谁劝他说“太子已经对您动手，你不可能再犹豫”之类劝进的话。
李二是带头大哥，这种事情只能他亲自组织，哪里轮得到别人来劝他？
密谋的计划大概是：
第一步，找个理由，让陛下命大王和太子、齐王一同觐见。
第二步，提前控制宫禁，并且以陛下的名义，先一步将三省的主官们全部召集起来控制住。避免在动手后他们传出消息、或者下达不利的命令。
第三步，控制玄武门，然后在太子和齐王进宫前就将陛下控制起来。这也是整个计划最关键的一步，这一步成功了，计划就成功一大半了。
第四步，等太子和齐王进入玄武门后，以伏兵直接干掉他们。
第五步，以他们的首级，逼迫陛下承认他们的罪行，罢黜他们。然后让李二做太子，行监国之权。
计划定下后，所有人都十分认同。
接下来，就是沟通细节。
比如，时间怎么选？用什么方法让陛下同时召集三王觐见？如何保证封锁消息？需要出动多少军力？具体如何分工等等。
最终，时间选在了六月初四，原因是这一天玄武门是由常何值守。
常何是李二安插在李建成身边的人。但李建成并不知道，反而将常何引为心腹，对其十分看重。这几年对常何是倾力培养，才能让常何这么快成为玄武门的轮值主将之一。
如果选在常何值守玄武门的时间，可以最大程度的消除李建成的戒心，他中计的可能性会大上很多。
至于怎么让皇帝同时在六月初四召三王觐见，秦时给李二出主意：实名举报太子和齐王淫乱陛下后宫，陛下一定会让你们当庭对质。
然后就是封锁消息不外泄，李二的计划是将宫城所有的门，其守卫和军官都换成自己的人。
至于需要动用多少兵力，经过一番讨论后，确定由李二安排六百山岳军潜入大内。以山岳军的能力，出其不意之下，六百人控制太极宫，几乎没有难度。
因为此时的李渊能够调动的禁军，只有张镇周以及张镇周从舒州带入京的亲卫二百人。
另外，因为担心李建成和李元吉坐下的宝马速度太快，山岳军追不上，李二决定还要安排一支骑兵。兵员是奔雷铁骑，但数量在秦时的建议下，从历史上的七十人，提升到了二百人。
另外，西宫（即李二的宏义宫）安排一千玄甲军和五百山岳军驻守，避免东宫和齐王府鱼死网破，攻打西宫。
同时，这一千五百兵力，也可以作为备用兵力随时支援。
此外，李二给高俭拨付了一批武器。如果战局不利，就让高俭将雍州府关押的囚犯们武装起来。给囚犯们许诺免罪、金钱、甚至官位，让他们也参战。
最后，是分工安排。
大概是：
通知三省主官的任务则是由宇文士及和长孙无忌完成。
李二这个十二卫大将军和秦时这个左卫大将军负责将军队带入大内，然后完成控制三省主官和皇帝的任务。
之后和尉迟敬德、裴行俨一起率兵干掉李建成和李元吉。
屈突通、秦琼、程知节、罗士信等人率领玄甲军和山岳军驻守西宫，并且做好随时驰援的准备。
侯君集、张公瑾、张士贵、刘师立、公孙武达、长孙德顺、丘行恭、周孝范、独孤彦云等人，基本上都被安排和常何一起镇守玄武门，抵挡有可能的东宫、齐王府的军队反扑。
计划定好之后，六月初三晚上，李二去太极宫见了李渊。
一见面就哭着说，“阿耶，我自问没有做过对不起建成和元吉的事情，但他们却一心要置我于死地。
我们是一母同胞的亲兄弟啊！我不明白他们为什么要这样对我，难道他们是想为薛仁杲、李密、王世充、窦建德这帮人报仇吗？
照目前的情况来看，我估计只能落得一个枉死的下场了，可惜不能再对阿耶您尽孝了。到了地下，我都不好意思再和那些被我灭掉的草头王们打照面。”
李渊则是安慰李二，表示不会发生那样的事情的，你放心吧！我会罩着你的。
李二又接着说，“他们这样对我就算了，但他们对阿耶您同样是包藏祸心啊！
我的细作告诉我，他们居然同您不少爱妃都有私情，如张婕妤和被打入冷宫的尹德妃，维持这种不正当的关系已经好多年了。
以他们的地位，想要什么女人找不到？阿耶您的枕边人都是他们的人，若是他们想对您不利，儿子不敢想象会是什么后果。”
李渊被这顶突如其来的绿帽子打得有点懵，同时也对李二说的最坏后果感到恐惧，便对李二说道，“这件事太大，我也不能只听你的一面之词。
这样吧，你今天先回去。明天带上你的证据，我将建成和元吉也叫进宫来，你们三兄弟放着我的