如果说之前的垦荒、漕运等政策还只是触及利益，那么科举改革，就是动摇世家门阀政治权力的根本！他们赖以维持地位的，正是对官员选拔渠道的垄断。
顿时，朝堂像炸开了锅。不仅保守派官员纷纷出列激烈反对，就连一些原本持中立态度的官员，也因自身出身或姻亲关系，加入了反对的行列。
“陛下！万万不可！”一位白发苍苍的老宗正颤巍巍地出列，他是司马皇族的一位长辈，“选官之法，关乎国本，岂能轻变？察举之制，乃祖宗成法，历经考验，可保所选之人熟知民情、通晓吏事。若行科举，只重文章词藻，取中者多为不通世务的浮华书生，如何能治理地方、辅佐君王？”
“宗正大人所言极是！”另一位世家出身的重臣接口道，“且士子齐聚京师应试，鱼龙混杂，易生事端。更兼考试必有侥幸，若让些心术不正、徒有虚名之辈混入朝堂，岂不玷污清流，败坏朝纲？”
“陛下，九品中正制虽有其弊，然亦能辨别人物流品。若只以一文定终身，如何考察士子之德行？若德行有亏，纵有才华，亦于国无益啊！”
反对之声此起彼伏，理由冠冕堂皇，无非是强调祖制不可违、科举取士不重德行实务、易生混乱等等。
支持改革的官员，如新任户部侍郎赵文渊等人，也奋起反驳，强调朝廷取士当以才学为本，打破门第之见方能人尽其才，前朝已有成功先例云云。但他们的声音，在数量庞大的反对声浪中，显得有些单薄。
朝堂之上，俨然形成了泾渭分明的两大阵营，争论之激烈，远胜此前任何一次。
司马锐面沉如水，耐心地听着双方的辩论，手指无意识地敲击着龙椅扶手。他早已预料到阻力会空前巨大，但亲眼见到这么多官员，为了维护自身阶层的特权，如此激烈地反对一项明显有利于国家选拔人才的政策，心中仍是涌起一股怒意和寒意。
慕容雪在帘后，亦是心神紧绷。她深知，科举之议，是司马锐改革蓝图中的关键一环，也是最具风险的一步。若能成功，将从根本上改变朝廷的权力结构，为后续改革打下坚实基础；若失败，则可能引发世家势力的强烈反弹，甚至动摇国本。
争论持续了整整一个上午，双方僵持不下。司马锐见时机已到，终于再次开口，声音中带着不容置疑的威严：
“众卿之意，朕已明了！”他目光如电，扫过全场，喧闹的大殿瞬间安静下来，“祖宗成法，自有其道理。然时移世易，法亦需变通！当今之势，内忧虽平，外患未绝，亟需破格之才，以图中兴！若固守旧制，因循苟且，岂是强国之道？”
他顿了顿，语气斩钉截铁：“科举之制，朕意已决！并非立即废除察举，而是二者并行！科举每三年一次，与察举、征辟等法同为国家取士之途！士子可自由选择参加科举或由地方官察举。朕要看看，是科举更能选出真才实学，还是察举更能荐举贤能！”
这是一个策略性的让步。没有完全废除旧的察举制，给了世家大族一个缓冲和台阶，减少了立即摊牌的风险。但引入了更具公平性和竞争性的科举制，如同在平静的湖水中放入了一条鲶鱼，必将彻底激活整个选官体系。假以时日，更具活力的科举出身官员必将在竞争中脱颖而出，逐渐挤压依靠门第的察举官员的空间。
“陛下！”仍有老臣想继续劝谏。
司马锐毫不客气地打断：“此事不必再议！着礼部、吏部即刻会同翰林院，拟定科举章程，包括考试科目、录取名额、授官细则等，报朕审定！退朝！”
说完，司马锐拂袖而起，径直离去，留下满殿神色各异的大臣。慕容雪也随即起身，在宫人簇拥下离开。帝后态度之坚决，出乎许多人的意料。
退朝后，支持改革的官员们聚在一起，面露兴奋之色，虽知前路艰难，但皇帝的态度给了他们极大的信心。而反对派官员们，则三三两两，面色阴沉地聚在宫门外，或窃窃私语，或摇头叹息。
“陛下这是被小人蛊惑，一意孤行啊！”
“科举一开，寒门挤占清流，朝堂将成何体统？”
“此事绝不能就这么算了！需从长计议……”
御书房内，司马锐余怒未消，对慕容雪道：“你看看，触及他们的根本利益，便如此急不可耐！若非顾及大局，朕真想……”
慕容雪为他奉上参茶，柔声劝慰：“陛下息怒。他们反应激烈，正在意料之中。陛下今日提出‘两制并行’，已是高明之举，既表明了决心，又未将其逼入绝境，留下了转圜余地。接下来，关键是尽快将科举的章程定得周密公平，确保首次科举能顺利举行，并真正选拔出一批人才。只要有了成效，反对的声音自然会减弱。”
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司马锐叹了口气，接过茶盏：“话虽如此，章程拟定，执行环节，恐怕还会遇到无数刁难和掣肘。礼部、吏部，乃至地方州府，其中多有世家子弟或与世家关联深厚者。”