成化元年（1465年），朱见深大婚。按照明代皇室的惯例，皇室男子大婚，一般都有三个妻子，一个正宫，两个侧妃。朱见深的这三位妻子，吴氏、王氏、柏氏，都是经过了重重选拔，最后脱颖而出的。她们不仅容貌出众，而且出身名门，才学品德也都十分优秀。其中，吴氏成为了朱见深的正宫之主，也就是第一任皇后。
其实，朱见深心里最想立的皇后，是万贞儿。他对万贞儿的感情，早已根深蒂固，无法自拔。但他也清楚，立万贞儿为皇后，面临着诸多困难。首先，万贞儿属于朱见深“乳母”这一类，她原本是朱见深祖母宫中的宫女，受指派来照顾朱见深，而当时的朱见深还不足三岁。如果立她为皇后，在伦序上，确实不合情理。其次，成化元年时，万贞儿并未生育子嗣。在那个母凭子贵的时代，没有子嗣，想要成为皇后，几乎是不可能的。再者，朱见深刚刚继位，行事还需谨慎。英宗留下的一批老臣，对他盯得很紧，而他自己也还没有完全建立起自己的执政班底，所以很多事情都要考虑周全。最后，朱见深的生母周太后，并不待见万贞儿。周太后心里清楚，朱见深对万贞儿的感情中，甚至掺杂了一定的“恋母情节”。作为生母，她自然对这个从自己身边“抢走”儿子归属感的女人，心存妒忌。更何况，周太后和万贞儿竟然是同龄人，这让周太后心里更加不是滋味。
尽管困难重重，朱见深还是想尽办法，想要给万贞儿一个名分。最终，他只能妥协，先册封吴氏为皇后，而将万贞儿封为了贵妃。但他对万贞儿的宠爱，却丝毫未减。大婚之夜，朱见深竟然抛下了皇后吴氏，在宫中四处寻找万贞儿，最后在她的寝宫与她共度良宵。这让吴氏感到无比愤怒和羞辱，她堂堂一国之母，竟然在新婚之夜被皇帝冷落。
此后，吴氏多次对万贞儿进行挑衅。她自恃位尊，根本不把万贞儿放在眼里。而万贞儿也不是吃素的，她在宫中摸爬滚打多年，什么风浪没见过。面对吴氏的挑衅，她终于忍无可忍，进行了回击。据说，当时两人吵得很厉害，吴氏甚至对万贞儿动用了杖刑。这一下，可彻底激怒了朱见深。他毫不犹豫地决定，废黜吴氏的皇后之位，将她打入冷宫。而这一切，距离他们成婚，仅仅过去了一个月。
经此一役，所有人都看清了皇帝后宫的局势。再也没有人敢轻易挑战万贞儿的权威，新任继后王氏，更是小心翼翼，对万贞儿毕恭毕敬，凡事都让着她。而万贞儿，也凭借着朱见深的宠爱，成为了后宫实际上的主宰，真正做到了宠冠后宫。
成化二年（1466年）正月，对于万贞儿来说，是一个值得欣喜若狂的时刻。她终于为朱见深生下了一位皇子。这个孩子的出生，让朱见深欣喜若狂，他觉得自己是世界上最幸福的人。为了庆祝这个孩子的诞生，朱见深派遣宫中使者祭祀诸山川神只，同时晋封万贞儿为皇贵妃。此时的万贞儿，可谓是风光无限，她不仅得到了皇帝的专宠，还生下了皇子，未来似乎一片光明。
朱见深对这个孩子寄予了厚望，他甚至许诺，要立这个孩子为太子。然而，命运似乎总是喜欢捉弄人。仅仅过了一年，这个皇子就不幸夭折了。这突如其来的打击，让万贞儿和朱见深都陷入了巨大的悲痛之中。尤其是万贞儿，她怎么也无法接受这个残酷的现实。她的世界仿佛瞬间崩塌了，所有的希望和梦想都化为了泡影。
面对皇子的夭折，以及自己年龄过大再不能生育的残酷现实，万贞儿的心态逐渐发生了变化。她将满腔的怨恨，都撒向了其他嫔妃。她觉得，是她们抢走了自己的幸福，是她们让自己失去了孩子。从此，她开始变得疯狂和嫉妒，只要听说后宫中有谁怀孕了，她都要千方百计地令其堕胎。
据《明史》记载，“掖廷御幸有身，饮药伤坠者无数”。这句话虽然有些夸张，但也从侧面反映出了万贞儿在后宫中的所作所为。她利用自己的权势，指使身边的太监和宫女，监视着后宫的一举一动。一旦发现有嫔妃怀孕，她就会派人送去堕胎药，或者直接对她们进行迫害。在她的疯狂打压下，后宫中的许多嫔妃都失去了自己的孩子，朱见深也因此久而无子。
朝中的大臣们，对于这件事情十分担忧。他们深知，皇室子嗣的传承，关系到国家的稳定和未来。于是，他们纷纷上疏，指责万贞儿独占衽席之欢，要求皇上雨露均沾，以广生子嗣。朱见深虽然对万贞儿宠爱有加，但面对大臣们的劝谏，他也不得不有所考虑。
成化五年（1469年）四月，柏妃为朱见深生下了第二个儿子，朱佑极。这个孩子的出生，让朱见深和大臣们都看到了希望。成化七年（1471年）十一月，朱佑极被立为皇太子。然而，不幸的是，仅仅过了两个月，朱佑极就病逝了。对于他的死因，宫中传言纷纷，很多人都怀疑是万贵妃下的毒手。但朱见深并没有对此进行深入调查，这件事情也就不了了之了。