果然，不出所料，朱祁镇率领的五十万大军在土木堡遭遇瓦剌伏击，全军覆没，朱祁镇本人也被瓦剌俘虏。这就是历史上着名的土木堡之变。
消息传回北京，朝野震动，人心惶惶。很多大臣觉得大明要完了，主张南迁金陵。时任兵部侍郎的于谦站了出来，大声疾呼：言南迁者，可斩也！京师天下根本，一动则大事去矣！
就在这生死存亡的关头，孙氏走到了历史的前台。她虽然是个女子，却有着远超常人的冷静和魄力。面对朝堂上的混乱局面，她首先做的就是稳定人心。
她拿出自己的私房钱，加上宫中的珍宝，一共凑了一大批财物，派使者送到瓦剌军营，想要赎回儿子。可瓦剌首领也先觉得朱祁镇是个奇货可居的宝贝，收下财物后，不仅没放朱祁镇回来，反而更加肆无忌惮地攻打明朝边境。
孙氏知道，靠赎金救不回儿子，想要保住大明江山，必须另想办法。她采纳了于谦等人的建议，做出了两个至关重要的决定：
第一，立朱祁镇的儿子朱见深为太子。当时朱见深才两岁，立他为太子，既是为了维护明朝的嫡长继承制，也是为了让天下人知道，大明的皇位传承不会因为朱祁镇被俘而中断。
第二，尊朱祁镇为太上皇，立朱祁钰为皇帝。国不可一日无君，朱祁镇被俘，太子年幼，只有立成年的朱祁钰为帝，才能稳定局势，凝聚人心，共同抵御瓦剌的进攻。
这两个决定，看似简单，实则需要极大的勇气和魄力。要知道，朱祁钰是朱祁镇的弟弟，立他为帝，意味着朱祁镇回来后可能再也当不了皇帝。作为母亲，孙氏当然希望儿子能平安归来，重登帝位。但作为太后，她更清楚，大明江山的安危比什么都重要。
有人说，孙氏这是顺水推舟，不得不这样做。但不管怎么说，她的这两个决定，确实起到了力挽狂澜的作用。朱祁钰登基后，是为明代宗，他任命于谦为兵部尚书，全权负责北京保卫战。于谦不负众望，率领明军奋勇抵抗，最终击退了瓦剌，保住了北京城。
在这场危机中，孙氏虽然没有直接参与朝政，但她的决策却为大明王朝指明了方向。她不仅要承受儿子被俘的痛苦，还要应对朝堂上的各种压力，还要安抚宫中的妃嫔和宗室。那段时间，她经常深夜独自垂泪，但第二天一早，又会以坚强的姿态出现在众人面前。
有一次，瓦剌使者带着朱祁镇的亲笔信来到北京，要求明朝割地求和。孙氏看着儿子的字迹，心如刀割，但她还是强忍着泪水，对使者说：割地求和万万不可，太上皇被俘，是大明的耻辱，我们会尽全力营救，但绝不会以牺牲国家利益为代价。使者见孙氏态度坚决，只好无功而返。
还有一次，宫中传言说朱祁镇已经被瓦剌杀害，很多妃嫔都哭成了一团。孙氏听到后，立刻召集众人，大声说：太上皇吉人自有天相，一定能平安归来，你们不许再造谣生事，否则按宫规处置！其实她自己心里也没底，但她知道，这个时候，她必须坚强，不能让众人失去希望。
北京保卫战胜利后，瓦剌觉得朱祁镇已经没什么利用价值了，于是在景泰元年，把朱祁镇送回了北京。可让朱祁镇没想到的是，他回来后，等待他的不是鲜花和掌声，而是弟弟朱祁钰的冷遇和幽禁。
朱祁钰已经尝到了做皇帝的甜头，根本不想把皇位还给哥哥。他先是把朱祁镇安置在南宫，派人严加看管，不准任何人探视。后来，他又废了朱见深的太子之位，立自己的儿子朱见济为太子。
孙氏得知后，非常生气，但她并没有立刻发作。她知道，朱祁钰现在根基已稳，朝堂上大部分大臣都依附于他，这个时候硬碰硬，不仅救不出儿子，还可能给自己和朱见深带来杀身之祸。于是，她选择了隐忍，暗中却一直在关注着南宫的动静，经常派心腹去给朱祁镇送些衣物和食物，还多次亲自去南宫探视，鼓励儿子一定要坚持下去。
有一次，孙氏去南宫探视朱祁镇，看到儿子穿着破旧的衣服，住在阴暗潮湿的房间里，形容憔悴，不由得心疼得流下了眼泪。朱祁镇见到母亲，更是泣不成声：娘，弟弟太绝情了，我不想这样活着，不如死了算了！
孙氏握着儿子的手，坚定地说：你不能死！你是大明的太上皇，是朱见深的父亲，你一定要活着，总有一天，娘会想办法让你重新站起来！
可命运似乎和朱祁钰开了个玩笑。景泰四年，朱见济夭折了，朱祁钰悲痛欲绝。更让他绝望的是，此后他再也没有生下儿子。到了景泰八年，朱祁钰病重，卧床不起。朝堂上下人心浮动，很多大臣都在琢磨着，一旦朱祁钰驾崩，皇位该由谁来继承。
这个时候，石亨、徐有贞、曹吉祥等野心家看到了机会。他们觉得，朱祁镇虽然被幽禁南宫，但毕竟是名正言顺的皇帝，而且有孙氏这位太后支持，如果能帮助朱祁镇复辟，他们就能立下不世之功，飞黄腾达。
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于是，石亨等人偷偷派人去见孙氏，向她表明了想要发