马元义很快就被抓住了，东汉朝廷为了震慑太平教，把他在洛阳的闹市区（五马分尸）处死，还杀了一千多个太平教信徒。消息传到巨鹿，张角又气又急：唐周这个叛徒，不仅毁了他的里应外合计划，还让朝廷有了防备，要是再等下去，所有信徒都会被朝廷抓起来处死！
张角当机立断：起义提前！他派人快马加鞭通知全国各地的，让他们立刻带领信徒起义，不用等三月初五了。公元184年二月，张角自称天公将军，张宝自称地公将军，张梁自称人公将军，带领巨鹿的太平教信徒率先起义。几十万信徒头裹黄巾，手持锄头、木棍，浩浩荡荡地向附近的县城发起进攻，黄巾起义正式爆发。
各地的太平教信徒早就等不及了，接到张角的命令后，纷纷响应起义。有的攻占县城，杀了贪官污吏；有的打开粮仓，把粮食分给老百姓；有的烧毁官府，释放监狱里的囚犯。短短十几天时间，黄巾起义的火焰就燃遍了八个州，东汉朝廷的地方统治几乎崩溃。《后汉书·皇甫嵩传》里记载当时的情景：旬日之间，天下响应，京师震动，意思是十天之内，天下人都响应起义，连都城洛阳都震动了。
黄巾起义爆发后，东汉朝廷慌了神，赶紧派大军镇压。灵帝任命皇甫嵩为左中郎将，朱儁为右中郎将，卢植为北中郎将，分别率领大军去镇压各地的黄巾军。这三个人都是东汉末年的名将，尤其是皇甫嵩，打仗特别厉害，朝廷本来以为靠他们能很快平定起义，可没想到，黄巾军的战斗力比他们想象的强多了。
首先是张角兄弟率领的巨鹿黄巾军。卢植带着大军来到巨鹿，想一举消灭张角的主力，可黄巾军虽然大多是农民，没经过正规训练，但胜在人多，而且个个都抱着推翻朝廷、过上好日子的信念，打仗特别拼命。卢植率军攻了好几次，都被黄巾军打得大败，只能退守营垒，不敢再进攻。灵帝听说卢植打了败仗，气得把他革职查办，派董卓去接替他，结果董卓也被黄巾军打得落花流水。
然后是颍川（今河南禹州）的黄巾军。颍川黄巾军的渠帅叫波才，他率领十几万黄巾军，先打败了朱儁的大军，然后包围了皇甫嵩率领的军队。皇甫嵩被困在长社（今河南长葛），手下只有几千人，粮草也快用完了，眼看就要被黄巾军消灭。可皇甫嵩是个老狐狸，他看到黄巾军的营寨都建在草丛里，又赶上刮大风，就想出了一个的主意。
当天晚上，皇甫嵩派士兵偷偷摸到黄巾军的营寨附近，放了一把火。大风一吹，火势蔓延得很快，黄巾军的营寨瞬间变成了火海。黄巾军士兵吓得乱作一团，皇甫嵩趁机率军冲锋，朱儁也率领援军赶到，两军夹击，把黄巾军打得大败，杀了几万黄巾军士兵，波才只能带着残余的士兵逃跑。
虽然颍川黄巾军失败了，但其他地方的黄巾军依然打得很猛。比如，南阳（今河南南阳）的黄巾军在渠帅张曼成的带领下，攻占了南阳城，杀了南阳太守褚贡；汝南（今河南汝南）的黄巾军在渠帅彭脱的带领下，打败了东汉的郡兵，攻占了汝南的很多县城。东汉朝廷的军队被黄巾军打得晕头转向，只能到处救火，根本顾不过来。
黄巾军之所以能取得这么好的战绩，除了人多、士气高，还有一个重要原因：他们得到了老百姓的支持。黄巾军每攻占一个地方，就会把贪官污吏杀了，把豪强的土地和粮食分给老百姓，老百姓都很欢迎黄巾军，有的甚至主动加入黄巾军，帮他们运送粮草、传递消息。可以说，黄巾军不仅是一支起义军，更像是一支农民子弟兵。
就在黄巾军节节胜利的时候，一个坏消息传来：张角生病了，而且病得很严重。原来，张角自从起义爆发后，就一直忙着指挥各地的黄巾军作战，吃不好、睡不好，再加上年纪大了（当时张角已经五十多岁了），身体很快就垮了。
张角知道自己快不行了，他把张宝、张梁叫到身边，嘱咐他们：一定要带领兄弟们坚持下去，推翻东汉朝廷，让老百姓过上好日子！说完，就咽了气。张角的死，对黄巾军来说是个巨大的打击——失去了的领导，黄巾军的士气一下子低落了很多，各地的黄巾军也开始各自为战，没有了统一的指挥。
张角死后，张梁接替他，率领巨鹿的黄巾军继续抵抗东汉军队。皇甫嵩在打败颍川黄巾军后，也率军来到巨鹿，攻打张梁的军队。张梁虽然很勇猛，但比起皇甫嵩还是差了点火候。一开始，张梁率领黄巾军多次打败皇甫嵩，可皇甫嵩很有耐心，他知道黄巾军士气正盛，就采取坚守不出的策略，跟黄巾军打持久战。
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黄巾军打了几天，见皇甫嵩一直不出战，士气渐渐低落下来。皇甫嵩看准时机，在一个深夜，率领大军突然向黄巾军的营寨发起进攻。黄巾军士兵毫