16岁的玄烨，用一场看似“小孩过家家”的摔跤局，搞定了权倾朝野的鳌拜，不仅收回了权力，还让满朝文武看到了他的智慧和魄力。从这时候起，没人再敢把他当“少年皇帝”，大清的朝堂，终于开始听他的话了。
搞定鳌拜后，玄烨刚想喘口气，就发现更大的麻烦来了——“三藩”。
“三藩”是顺治帝时期封的三个藩王：吴三桂（平西王，驻守云南）、尚可喜（平南王，驻守广东）、耿精忠（靖南王，驻守福建）。这三个人都是明朝降将，当年帮清朝打天下立了大功，顺治帝就把南方的三个大省交给他们管。可时间一长，三藩就成了“土皇帝”——他们在自己的地盘上收税、练兵、任命官员，甚至不把清朝的圣旨放在眼里，每年还要朝廷给他们几百万两银子当军饷，把大清的国库都快掏空了。
玄烨早就看三藩不顺眼了。他亲政后，经常跟大臣们说：“三藩就像三颗毒瘤，不割掉，大清迟早会被他们拖垮。”可大臣们大多不敢说话——吴三桂手里有十几万军队，战斗力很强，要是逼急了，他肯定会造反，到时候大清能不能打赢，谁也说不准。
康熙十二年（公元1673年），机会来了。平南王尚可喜因为年纪大了，想回辽东老家养老，就给玄烨递了份奏折，请求把自己的爵位传给儿子尚之信，继续驻守广东。玄烨一看，觉得这是撤藩的好机会，就下旨说：“既然尚可喜老了，就允许他回老家，至于广东，不用再设藩王，由朝廷直接管理。”
吴三桂和耿精忠听说后，心里慌了——他们怕玄烨接下来会撤掉自己的藩王，就故意也递了份奏折，请求“撤藩”，想看看玄烨的态度。大臣们分成了两派：一派说“不能撤藩，吴三桂肯定会造反”；另一派说“必须撤藩，三藩不除，永无宁日”。
玄烨想了很久，最后拍板说：“撤也反，不撤也反，不如早撤！”他下旨同意撤掉吴三桂和耿精忠的藩王，让他们带着家人和军队回辽东。
吴三桂本来以为玄烨会挽留他，没想到玄烨真的要撤藩，气得直拍桌子。康熙十二年（公元1673年）十一月，吴三桂在云南竖起“反清复明”的大旗，正式造反。他率军攻占了贵州、湖南等地，还派人联系尚可喜、耿精忠，让他们一起造反。尚可喜一开始不愿意，可他儿子尚之信想当“土皇帝”，就软禁了尚可喜，加入了叛军；耿精忠也跟着造反，率军攻占了福建、浙江等地。
短短几个月，叛军就占领了南方的半壁江山，大清的局势一下子变得紧张起来。玄烨虽然年轻，却一点都不慌——他早就料到吴三桂会造反，提前做了准备。他任命勒尔锦为宁南靖寇大将军，率军攻打湖南的吴三桂；任命杰书为奉命大将军，率军攻打福建的耿精忠；任命岳乐为定远平寇大将军，率军攻打江西、广东的叛军。
可战争一开始打得并不顺利。勒尔锦是个草包将军，率军到了湖南后，不敢跟吴三桂打仗，整天躲在营地里喝酒；杰书也被耿精忠的军队打得节节败退，差点丢了浙江。玄烨气得把勒尔锦召回北京，革了他的职，又派图海去代替杰书。图海是个打仗的好手，到了浙江后，很快就稳住了局势，还招降了耿精忠。
另一边，吴三桂虽然一开始打得很顺，可他年纪大了（当时已经61岁），没什么野心，只想在南方当“土皇帝”，打下湖南后就停止了进攻，给了玄烨喘息的机会。玄烨抓住这个机会，调整战略——先集中兵力打吴三桂的部下，再切断吴三桂的粮道，慢慢消耗吴三桂的实力。
康熙十七年（公元1678年），吴三桂知道自己撑不了多久了，就在湖南衡阳称帝，建立了“大周”政权。可没几个月，他就病死了。吴三桂一死，叛军就没了主心骨，他的孙子吴世璠继承了“皇位”，却根本控制不了叛军。
玄烨趁机下令全面进攻，明军节节胜利。康熙二十年（公元1681年），清军攻占了云南昆明，吴世璠自杀身亡，三藩之乱终于平定。这场战争打了8年，虽然消耗了大清不少国力，可也彻底消除了分裂的隐患，让大清的统治更加稳固。
《清史稿·圣祖本纪》里说：“二十年十月，云南平。上谕曰：‘三藩之乱，累年用兵，民生凋敝，今乱已定，宜轻徭薄赋，与民休息。’”玄烨知道，战争结束后，最重要的是让老百姓过上好日子，他下令减免南方各省的赋税，鼓励流民回乡种地，大清的经济慢慢恢复了过来。
平定三藩后，玄烨把目光投向了台湾。当时的台湾，被郑成功的孙子郑克塽控制着。郑成功在顺治十八年（公元1661年）收复台湾后，就把台湾当成了“反清复明”的基地。郑成功死后，他的儿子郑经继位，继续跟清朝对抗；郑经死后，他的儿子郑克塽继位，当时只有12岁，朝政被冯锡范、刘