府（州）一级的审计署衙门，由原来知府（知州）的通判出任主官，知府（知州）衙门下辖的照磨所、经历司、吏房、户房中的部分官吏，也划拨给府（州）级审计署统一管理；

    县一级的审计署衙门，基本与省级审计署，府（州）级审计署的情况类似。

    上述的省、府（州）、县三级审计署，所有主官、属官，官职名称除了在名前加“审计”二字外，基本保持不变。其主官、属官的品级和待遇，则全部向上提升一级。

    所有审计署官员，虽与地方官共同协商预算，但不归地方官节制，所有审计工作，全都独立进行，审计完成后，账目清单逐级送归户部，中途任何地方官员不得过问，只有巡按御史才有资格查看。

    巡按御史对审计署衙门，有监察与考核的权力，一旦发现审计署官员有任何异常，可以立刻向朝廷发起弹劾。

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