与此同时，吴三桂也从莱州出发，径直前往招远和栖霞，在不到七天的短时间内，在两路明军前后夹击下。
将盘踞在登州县城的大大小小义军势力悉数收编或歼灭，只剩下少数不愿屈服的顽固分子逃入山林。
自此，明军成功掌控登莱两府，彻底平定了山东，捷报传到济宁后，众官员都表现的习以为常，要是连山东都未能平定，又怎能征战天下？
于是，命令吴三桂和六十七师撤军，直接赶往济宁，由于登莱两州地广人稀，朱慈烺决定将北直隶等地接收的难民都安置在这两州落户。
在这个时代，尽管无人愿意迁往海边，但朱慈烺深谙未来一旦开放海贸，沿海地区将迅速崛起，胶州以东便是未来的青岛。
在这样的形势下，必须保留登莱巡抚一职，且须由能臣干吏担任，经深思熟虑，决定派遣原天津巡抚冯元飓担任新的登莱巡抚。
原巡抚曾化龙则调任登州知府，莱州知府一职由大顺降官杨玉休担任，原青州守备将军李士元因剿匪有功，被吴三桂纳入京营。
顾麻子正式升任登莱水师提督，率领三百艘战船和两万名士兵，驻扎在威海卫，成为朱慈烺目前唯一的海上力量。
如今，朱慈烺已着手准备军改事宜，往昔明军的编制过于臃肿，权力重叠，各部之间时常各自为政，协同能力很低。
而六十七师在登州展现出的强大战斗力，充分证明了其编制在当下时代的适用，所以坚定了朱慈烺全面军改的决心。
此外，他还计划成立专门处理军务的军机处，让内阁主要负责各地政务，而军机处则专注于军事战略的最高决策。
未来的军事战略行动将全部由军机处内部讨论决定，不再公开议论。军机大臣可以是内阁成员，也可以不。
初步拟定的人员包括李岩、堵胤锡和方岳贡三，。朱慈烺原本打算让吴三桂加入军机处，但后来又否决了这一想法。
吴三桂可以带兵出征，可以授予高位，但绝不能进入最高决策层，也不能给予其割据一方的机会。
根据历史上的表现，他是一个极度利己主义者和机会主义者，只要条件允许，他什么事都做得出来，因此必须防范于未然。
与此同时，朱慈烺扩大了招兵计划，命令各州府张贴公告，宣布参军的优待条件，家属亦可获得相应待遇。
并指陈名夏示大明月刊撰写文章赞扬军队，提升军人的社会地，这些举措无疑吸引更多人才加入军，为平定天下做好准备。
在内政方面，朱慈烺除了免除赋税外，并未进行大规模的改革，因为这时的基础尚不稳固，时机也未成熟。如果贸然推行摊丁入亩和一体纳粮，可能会引发不必要的麻烦。
在不算水师和地方守军的情况下，朱慈烺京营的可战之兵大约有七万人，他计划按照未来军制的“三三制”进行整编。
将三大营混编成两个军团和七个野战师，每师一万人，分为步兵团、骑兵团和炮兵团，每团三千人，师部一千人。
新编制为：大明中央第一军团，由吴三桂担任军团长，下设有第一、第三和第五野战师，而中央第二军团则由高第担任军团长，下辖第二、第四和第六野战师。
原本的六十七师由大元帅府直管，另外又将原本民夫组成辅兵营进行简单的军事训练，每个师又分了三千辅兵，用于搬运物资和后勤保障。
一师长为原禁军指挥使曹友义，他有统兵之能，当保镖太可惜了，三师长为杨坤，原本关宁军的副将，五师长为原神机营主将李顺。
第二军团这边，二师长是原三千营主将郭云龙，四师长是原奔雷营主将郑泰，六师长为原三千营副将李牟，六十七师长依旧是刘肇基。
朱慈烺打算未来组建三个军团十万人，为中央军团，替代曾经的京营，为大明军队的战略机动军团，精锐中的精锐。
为纪念历史上威名赫赫京师三大营，第一军团号“神机”，第二军团号“三千”，第三军团号“五军”，以增加将士们的荣誉感。
同时为加强军队的指挥、管理、保障和协同和激励荣誉感，开始设定军衔制度，军官分为三等十一阶。
分别是：“元帅、上将、中将、少将；大校、上校、中校、少校；上尉、中尉、少尉，其中元帅为荣誉衔和临时衔。
士兵军衔则是分为：“列兵、上等兵、下士、中士、上士和军士长六个等级，按照入伍时间来计算军衔。
吴三桂和高第两个军团长分别被授予中将军衔，其余的师长根据从军的年限和功绩，被授予大校和少将军衔不等。
唯一被授予上将军衔的，是吴三桂他爹吴襄，因为从军时间最久，现任讲武堂荣誉校长，并没有实权。
阎应元和张名振在军中威望还不够，现在都在六十七师中担任团长，郑森和张煌言则是讲武堂学员，还未毕业