萧刻和岚回到光之国后，便一头扎进了与科研人员的合作中。在实验室里，各种先进的仪器闪烁着光芒，数据在巨大的屏幕上飞速跳动。他们尝试从之前遇到的时间危机中提取关键信息，分析那些神秘的时间能量和奇异生物的构造，试图研发出能够提前预警时间异常的监测设备，以及更强大的时间防御武器。
经过数月的日夜钻研，他们终于取得了重大突破。一款名为“时间波动预警仪”的小型设备问世，它能够敏锐捕捉到极其微弱的时间波动，哪怕是远在宇宙边缘的异常，也能及时反馈到光之国的指挥中心。同时，一种新型的“时空能量剑”也被打造出来，这把剑蕴含着强大的正时光能与逆时力量，可根据战斗需求自由切换，能对那些操控时间的敌人造成巨大威胁。
然而，就在他们准备将这些成果推广到宇宙各个角落时，时间管理局再次监测到一系列异常。此次的波动并非来自某个特定区域，而是呈网状分布在多个星系之间，仿佛是一场巨大阴谋的前奏。这些波动的频率极其复杂，“时间波动预警仪”虽能察觉，却难以解析其背后的意图。
萧刻和岚决定兵分两路，分别前往波动较为强烈的区域进行调查。萧刻带领一支精英小队前往了X-17星系，这里的时间波动与一种古老的宇宙遗迹有关。传说这些遗迹中封印着强大的时间之力，一旦被解封，可能会引发宇宙级别的时间混乱。当他们抵达时，发现整个星系被一层神秘的金色光幕所笼罩，时间在光幕内的流动速度远远快于外界，仅仅几分钟，外界的一天就已过去。
萧刻和队员们小心翼翼地穿过光幕，却立刻遭到了一群金色机械傀儡的攻击。这些傀儡由古老的时间金属打造而成，身上刻满了神秘的符文，每一次攻击都伴随着时间的扭曲。它们的动作极为敏捷，能够在瞬间出现在不同的位置，让队员们防不胜防。萧刻迅速变身为奥特曼，施展出“量子闪耀波”，金色的光线照亮了黑暗的星系空间，但机械傀儡们却巧妙地利用时间扭曲避开了攻击。
在激烈的战斗中，萧刻发现这些机械傀儡似乎在围绕着一座古老的金字塔遗迹行动，它们的目的很可能是守护遗迹中的某个关键物品。萧刻一边抵挡着攻击，一边观察着傀儡的行动模式。他发现傀儡们在发动强力攻击前，会有一个短暂的能量聚集动作，此时它们的防御会出现一丝破绽。萧刻抓住这个时机，施展出“时空切割光轮”，光轮飞速旋转，精准地击中了一只机械傀儡，将其切成两半，化作一堆废铁。
但更多的机械傀儡涌了上来，战斗陷入了僵局。萧刻通过通讯器与队员们商议战术，决定让部分队员吸引傀儡的注意力，自己则趁机靠近金字塔遗迹。在队员们的掩护下，萧刻成功突破了傀儡的防线，来到了金字塔前。这座金字塔散发着古老而神秘的气息，表面的符文闪烁着微光，似乎在与周围的时间波动相互呼应。
正当萧刻准备进入金字塔时，一个神秘的声音在他脑海中响起：“萧刻奥特曼，你以为能轻易窥探到这里的秘密吗？这座金字塔封印着的力量，足以颠覆整个宇宙的时间秩序，而我，将成为这股力量的主宰！”萧刻愤怒地回应道：“你的野心不会得逞！我绝不允许你破坏宇宙的和平！”
随着神秘声音的响起，金字塔周围的时间波动变得更加剧烈，一道道金色的时间光线从金字塔中射出，攻击着萧刻。萧刻展开“光子守护屏障”，全力抵挡着光线的攻击。同时，他发现这些光线的频率与之前在M-42星云遇到的时间场有些相似，于是他尝试运用之前突破时间场的方法，施展出“逆时冲击光线”。光线与金色时间光线碰撞在一起，产生了强烈的能量波动，一时间光芒耀眼，时间场出现了短暂的混乱。
萧刻趁机进入了金字塔内部，里面弥漫着金色的雾气，墙壁上刻满了更加复杂的符文和图案，似乎在诉说着一段被遗忘的历史。在金字塔的深处，他看到了一个巨大的金色水晶球，水晶球内部有一团散发着强大时间之力的能量核心，这就是引发时间波动的源头。
与此同时，岚带领的小队在Y-35星系也遇到了麻烦。这里的时间波动与一群神秘的黑袍人有关，他们穿梭在时间的缝隙中，不断收集着一种特殊的时间晶体。这些晶体蕴含着巨大的能量，一旦被黑袍人集齐，后果不堪设想。岚和队员们与黑袍人展开了激烈的战斗，黑袍人利用时间缝隙进行攻击和躲避，让队员们难以捉摸。
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岚利用自己的智慧和对时间力量的理解，发现黑袍人在穿越时间缝隙时，会在缝隙周围留下短暂的能量痕迹。她带领队员们沿着这些痕迹追踪，终于找到了黑袍人的据点。在据点中，他们发现了大量的时间晶体和一台巨大的时间转换装置，这台装置似乎是黑袍人计划的核心。