话说那真武大帝，原是净乐国的太子，生得仪表堂堂，天生一副慈悲心肠。十五岁那年，他忽然厌倦了宫中的荣华富贵，一心想着修仙问道，于是辞别父母，上了武当山。这武当山云雾缭绕，灵气逼人，真武就在南岩宫住下，每日打坐参禅，诵经悟道。
修行的日子清苦得很，真武不吃五谷杂粮，只喝山泉水，吃野果子。日子一长，他的肚子和肠子就不乐意了，整天饿得咕咕直叫。一开始，真武还能忍着，可时间久了，那肚子和肠子闹腾得越来越厉害，搅得他根本没法静心修行。
有一天，真武实在忍无可忍，一咬牙，一狠心，竟自己开膛破肚，把肚子和肠子掏了出来，随手扔到了山脚下的草丛里。这一扔不要紧，可把肚子和肠子给扔出了神通。它们在草丛里日夜听着真武念经诵道，渐渐有了灵性。肠子钻进真武的袜筒里，打了个滚，变成了一条满身鳞甲的大蛇；肚子套上真武的鞋子，也打了个滚，变成了一只铁壳大乌龟。
这龟蛇二怪得了神通，可高兴坏了。它们在武当山四处横行，见鸡吃鸡，见羊吃羊，甚至连牛马都不放过。当地百姓被它们祸害得苦不堪言，纷纷跑到武当山求真武大帝救命。
真武大帝得知此事后，长叹一声：“我本想清净修行，没想到这两个孽障却给百姓带来了这么大的灾难。”于是，他披发跣足，手持宝剑，驾着祥云来到了龟蛇二怪的巢穴。
龟蛇二怪见真武大帝前来，不但不害怕，反而张牙舞爪地扑了上来。乌龟怪壳硬如铁，蛇怪身子灵活，它们一攻一守，配合得十分默契。真武大帝挥舞着宝剑，与它们大战了三天三夜，直打得天昏地暗，日月无光。
最后，真武大帝施展出大威力，将龟蛇二怪摄于足下，它们再也动弹不得。真武大帝本想将它们就地正法，可转念一想，这两个孽障毕竟是自己的肚肠所化，杀了它们于心不忍。于是，他便将它们收为坐骑，并封为“龟蛇二将”，让它们跟随自己左右，镇守北方。
却说商纣王年间，天下大乱，六大魔王——水魔、火魔、旱魔、蝗魔、瘟魔、妖魔，勾结在一起，危害人间。玉皇大帝得知后，便命真武大帝下界，协助周武王伐纣除魔。
真武大帝领了玉旨，率领六丁六甲神将，来到了人间。他披发跣足，金甲黑袍，手持降魔剑，威风凛凛。六大魔王见真武大帝前来，纷纷迎战。其中，四魔王不敌，败逃而去。水火二魔王自恃坎离二气，变化成苍龟和巨蛇，与真武大帝大战。
这水火二魔王可不是吃素的，它们一个喷水，一个喷火，把整个战场搅得烟雾弥漫。真武大帝毫不畏惧，他施展出“大威力”，将二魔王打败，使它们不能再行变化。从此，龟蛇归顺，听凭真武大帝调遣。玉皇大帝封苍龟为太玄水精、黑灵尊神；封巨蛇为太玄火精、赤灵尊神。
自那以后，龟蛇二将便一直跟随在真武大帝左右，镇守着北方的天门。它们忠心耿耿，日夜守护着天庭和人间的安宁。
有一年，北方出现了一股黑色怨气，直冲九天。真武大帝大惊，忙问众仙是怎么回事。众仙答道：“天尊久离天宫，下辖的三十六员天将散落下界各地，胡作非为，滥杀无辜。故此，这些怨气冲天，与你结下因果关系。”
真武大帝叹道：“原来如此。想不到这些天将下界之后，迷离本心，趁机作乱。我定要重履人间，降伏这些妖魔鬼怪，还人间一个清平世界。”
第二天，真武大帝奏请玉帝，派他到下界收服天将，斩妖除怪。玉帝闻奏，非常欢喜，亲口敕封他为“北方玄武大将军”，号为“玄武祖师”，还赐给他一把“玄武七星剑”，一套金甲玉带玄衣，五百丸仙丹。
临行前，玄武祖师赶到兜率宫拜见太上老君。老君问他可曾有什么帮手，天尊叹道：“弟子初升仙界，修为尚浅，并无帮手辅佐。请师父指教。”老君笑道：“蛇妖、龟怪与你有缘，可先行收为部属，再伺机除妖服魔！”
玄武祖师拜别老君，驾云来到武当山，摇身变作一名道士，开始寻觅黑气出没的妖怪行踪。
在武当山南边有一座水火洞，里面藏匿着两个神通广大、作恶多端的妖怪：蛇妖与龟怪。这一天，龟怪见蛇妖长吁短叹，开口问蛇妖有何心事。蛇妖道：“我这几日心里总觉得空落落的，像是缺了点什么。”龟怪不禁笑道：“常言说的好，‘蛇性好淫’。想不到贤弟也是如此。就让小妖们到处打探，寻觅两个容貌绝美女子，抓来给咱们当个压寨夫人。”蛇妖大喜，召集山洞小妖，安排它们四处打探。
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此时，曹州太守林彪育有一女，闺名“金菊”，和推官赵漠女儿“娇娘”是一对闺中姐妹，生得千娇百媚，正值青春妙龄，被并称为“曹州双姝”。小妖窥见她们