太上老君拿出一面八卦镜，镜中浮现出三界的灵脉分布图。他指着图中三处闪烁的光点，说道：“这三处分别是昆仑山的玉虚宫、东海的蓬莱仙岛和西极乐土的灵山。此三地乃是三界灵脉的源头，当年魔神被封印时，其怨念曾渗入这三处灵脉之中。如今暗影教教主已死，怨念失去束缚，便开始在灵脉中扩散，导致三界灵气失衡。”
观音菩萨补充道：“若要净化灵脉中的怨念，需在这三处灵脉源头分别嵌入一枚定魂舍利。但定魂舍利乃稀世珍宝，如今世间仅存一枚，便是如来佛祖交给孙悟空的那枚。要想集齐三枚定魂舍利，恐怕并非易事。”
众人闻言，皆陷入沉思。就在这时，孙悟空开口说道：“俺老孙记得，当年在花果山的水帘洞深处，曾有一块五彩石。那五彩石蕴含着强大的灵气，或许可以用来炼制定魂舍利。”
玉帝眼前一亮，立刻下令：“孙悟空，你即刻前往花果山，取出五彩石。太上老君，就劳烦你亲自炼制定魂舍利。杨戬、哪吒，你们继续镇压地府和东海的乱象，为炼制定魂舍利争取时间。”
众人领命后，纷纷行动起来。孙悟空回到花果山，在水帘洞深处找到了那块五彩石。五彩石通体晶莹剔透，散发着柔和的光芒，果然蕴含着强大的灵气。他小心翼翼地将五彩石收好，立刻返回天庭，交给太上老君。
太上老君在兜率宫架起八卦炉，投入五彩石和各种珍稀药材，开始炼制定魂舍利。炼制定魂舍利并非易事，需要七七四十九天的时间，而且期间不能有任何中断。为了保护八卦炉的安全，玉帝特意派了重兵把守兜率宫。
在这四十九天里，杨戬和哪吒也没有闲着。杨戬带领天兵天将在地府四处镇压恶鬼，修复地狱之门的裂缝。他施展出 “二郎神天眼破魔”，一次次击溃恶鬼的进攻，终于将大部分恶鬼重新关押回十八层地狱。但地狱之门的裂缝依旧无法彻底修复，只能依靠定魂舍利的力量来净化其中的怨念。
哪吒则在东海与那些被黑色雾气蛊惑的怪物展开了激烈的战斗。他的火尖枪和风火轮威力无穷，斩杀了无数怪物，但怪物的数量却越来越多。无奈之下，哪吒只能在东海布下一道结界，暂时阻挡黑色雾气的扩散。
转眼间，四十九天的时间即将过去。太上老君的定魂舍利也即将炼制完成。可就在这时，三界的局势突然发生了变化。
地府的十八层地狱中，那道巨大的裂缝突然扩大，黑色雾气喷涌而出，比之前更加浓烈。无数恶鬼再次挣脱枷锁，甚至连一些被封印了数千年的上古凶兽也苏醒过来，开始在地府大肆破坏。秦广王带领鬼差奋力抵抗，却根本不是上古凶兽的对手，很快就节节败退。
东海的情况也同样危急。哪吒布下的结界被黑色雾气不断侵蚀，出现了一道道裂痕。深渊中的古老祭坛突然爆发出耀眼的黑色光芒，一只巨大的黑手从祭坛中伸了出来，仿佛要将整个东海都吞噬殆尽。
天庭的情况也不容乐观。凌霄宝殿外的天空突然变得阴沉下来，无数黑色的乌鸦盘旋在天庭上空，发出刺耳的叫声。紫微星的光芒变得更加暗淡，甚至有几颗小星星直接熄灭，坠落到凡间。
玉帝得知这些情况后，心中焦急万分。他立刻召集各路神仙，商议应对之策。就在这时，太上老君匆匆赶来，说道：“陛下，定魂舍利已经炼制完成，但还需要最后一步融合仪式。若此时中断仪式，之前的努力将前功尽弃。”
孙悟空眉头一皱，说道：“俺老孙愿去地府和东海支援杨戬和哪吒，为太上老君争取时间。”
玉帝点点头，说道：“好！孙悟空，你速去地府支援杨戬。观音菩萨，你前往东海协助哪吒。朕则带领天兵天将守护天庭，等待定魂舍利炼制完成。”
孙悟空和观音菩萨领命后，立刻出发。孙悟空驾着筋斗云来到地府，只见地府已是一片狼藉。杨戬正与一只上古凶兽展开激烈的战斗，那凶兽体型庞大，力大无穷，杨戬的三尖两刃刀虽锋利无比，却始终无法伤到凶兽的要害。
“杨戬，俺老孙来助你！” 孙悟空大喝一声，手持金箍棒冲向凶兽。金箍棒带着千钧之力，狠狠砸在凶兽的背上。凶兽吃痛，发出一声嘶吼，转身向孙悟空扑来。孙悟空灵活地避开凶兽的攻击，同时与杨戬配合，不断向凶兽发起进攻。
观音菩萨则来到东海，她取出杨柳枝，蘸了一点净瓶中的甘露，向哪吒布下的结界洒去。甘露所到之处，结界上的裂痕立刻开始修复。随后，观音菩萨又向那只巨大的黑手洒去甘露，黑手被甘露击中后，顿时发出一阵滋滋的声响，缩回了祭坛之中。
哪吒见状，立刻趁机向祭坛发起攻击。他的火尖枪带着熊熊烈火，刺向祭坛上的符文。符文被烈火焚烧后，发出一阵耀眼的光芒，随后便失去了魔力，黑色雾气也停止了涌出。
在地府和东海的危机暂时得到缓解后，太上老君终于完成了定魂舍利的炼制。他一共炼制出三枚定魂舍利，每一枚都散发着金色的光芒，蕴含着强大的净化之力。