一边统筹资金和军械，一边秘密联络军中旧部。
最终于公元1399年从北平起兵，以清君侧之名发动奉天靖难。
此时距离朱允炆登基才只过去了一年。
朱棣最初起兵时仅有区区八百名亲卫。
但是多年在北方的对外战事中，让他在军中亲信遍布，威望极高，许多边军将领和士兵都是跟随他一起上阵杀敌纵马疆场的旧部。
起兵后，通州卫指挥房胜、密云卫指挥郭亨等迅速率军归附，仅十几天，朱棣掌握的兵力就已达到数万人。
不过虽然兵力扩充到了数万人，但要想与朱允炆执掌的数十万大军较量，仅有这些人明显还不够。
于是朱棣将目光放到了手握重兵的十七弟宁王身上。
当时的宁王因为坐镇大宁，直面着北元残余势力的直接威胁，所以手中掌握的精锐冠绝诸王。
朱棣找到弟弟宁王后，一边大用感情诉苦自己的不得已而为之，一边又许诺弟弟夺得天下后会与他共享天下。
但清君侧说穿了就是造反，宁王自然顾虑颇多，已经回不了头的朱棣于是一不做二不休，挟持了弟弟宁王。
夺取了他麾下的八万大宁军，至此兵力猛增至十万以上，具备了与建文帝抗衡的实力。
而宁王说是被胁迫，实则也是两头下注，如果朱允炆赢了，自己也能说是受到逼迫没办法。
甚至胁迫或许也是朱棣和宁王商量好的，否则轻易也无法获得八万大军的忠心相随。
得知朱棣真的造反后，朱允炆立即派遣六十五岁的耿炳文，率领十三万大军讨伐朱棣。
不过善守不善攻的耿炳文，面对军事能力出众，用兵尤为灵活的朱棣终究不敌。
屡次接战失败后，只能退守不出。
这让缺乏军事才能，连临阵换将是大忌都不明白的朱允炆，听信了黄子澄的建议临阵换上了李景隆出战。
而李景隆虽然自幼接受军事训练，可缺乏实战经验，更没有经历过大规模战争的考验。
率领增兵达到五十万之巨的大军，在应对朱棣这样身经百战之将时，却只会用优势兵力一味冲锋。
结果在围攻北平城时受到朱棣长子朱高炽坚决抵御，久攻不下，等到朱棣回援后又遭到腹背受敌。
在郑村坝和白沟河两次遭遇大败，而且由于忽视了大军后勤保障，撤退时大量粮草被朱棣缴获，并且还被朱棣收降了许多降兵。
五十万大军差点就这样被李景隆败光。
自此以后朱棣和朱允炆攻守异形。
为了稳步推进南下，朱棣开始围攻济南。
但是朱棣的大军遇到了铁铉和盛庸这两个既有军事才能又誓死守城的硬茬子。
水淹、炮轰、挖地道都无法有效破城。
其中朱棣要架炮攻城时，铁铉神之一手，居然将朱元璋的牌位挂满了城头，使得朱棣忌惮毁坏老爹威严的影响会让自己失去“清君侧”的法理，从而不敢开炮攻城。
最终长期作战不利使得士兵们厌战情绪渐生，朱棣不得已只能无奈撤军。
铁铉与盛庸作为守城方还不肯罢休，又整军追击收复德州等失地。
就因为铁铉和盛庸这两个人，让朱棣失去了最佳的南下战机，中央军恢复过来又重整兵马大举反攻。
使得两年来朱棣打下的许多地盘又被中央军收复了回去。
朱棣痛定思痛，不再执着于攻下济南，决定直接进攻南京以消灭中央军有生力量为主，避开攻城战的不利因素。
于是只用少数兵力作为牵制后方避免腹背受敌，自己则率领大军寻找中央军主力进行决战。
公元1402年，朱棣在夹河、藁城击败盛庸，遇到徐州守军坚守不出时，也选择直接绕过继续南下。
当朱棣大军逼近南京时，朱允炆为了争取时间整顿兵马，于是主动与朱棣议和，愿以割地为条件进行停战议和。
朱棣自然能看出这是缓兵之计并未同意。
同年十二月，朱棣得知京师金陵防御空虚，遂举兵南下，在灵璧遇到中央军主力。
双方进行多日决战，最终因为粮道被朱棣截断，中央军遭遇大败几乎全军覆没。
消灭了主力军后，朱棣再也没有遭遇像样的抵抗，一路顺利南下，接连攻克泗州、盱眙、扬州，最终直指金陵。
到达金陵后，之前就给朱棣送过“大礼”的李景隆此次又给朱棣送上了大礼。
作为京城守将的他，居然直接选择投降，将偌大的京城直接拱手交给了朱棣。
可见一将无能，累及三军的名言是多么深刻的至理。
不幸的是大明朝由这等爵位继承制下诞生的平庸之辈统帅大军，幸运的是这样的人不在朱棣这一边。
有说法认为李景隆与朱棣有秘密交易，因为朱棣夺取皇位成功后，将他定为了靖难