1661年清军三路攻入云南，永历帝流亡缅甸首都曼德勒，被缅甸王莽达收留。后吴三桂攻入缅甸， [125]莽达之弟莽白乘机发动政变，杀死其兄后于8月12日发动咒水之难，杀尽朱由榔侍从近卫， [126]朱由榔最后被吴三桂所杀，南明亡。 [122] [127]
李自成余部在湖南抗清失败后，转移到川、鄂山区进行活动，在夔州府以东地区继续抗清，称为夔东十三家军。 [128]1662年清军开始攻打，到1664年首领李来亨被杀而亡。
明郑时期
主词条：明郑、郑成功抗清之战、郑成功收复台湾、清统一台湾之战
郑成功
郑成功在南京之战失败后退回金厦，于1661年率军攻占荷兰占据的台湾，定都东宁。明郑在政治上以明朝之一部自居，奉南明永历帝为正主，以永历为年号，但实际统治者为延平郡王。郑成功抵台约一年后便即亡逝，延平郡王之位续传郑经。郑经接位后，持续西进，1673年，三藩之乱爆发，继承郑成功于台湾建立政府体制的延平王郑经，接受靖南王耿精忠请援，1674年，率军由台湾西渡福建。 [334]
回台后，郑经无心政事，听从陈永华上议，令郑克臧为监国以处理国政。不过随后陈永华即遭夺兵权，同年抑郁而终。翌年，郑经因病去世于台湾台南，本遗命监国郑克臧继任政权，但郑克臧遭冯锡范、刘国轩等人袭杀、改拥郑经年仅12岁次子郑克塽继位。 [335]
1683年，康熙帝命施琅进攻明郑。施琅大败刘国轩攻克澎湖，给台湾造成战略威胁，最终郑克塽剃发降清，明朝宁靖王朱术桂携五妃自杀殉国，最后一股抗清势力覆灭。 [20] [122]
疆域
播报
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领土范围
北方
明初在外蒙古边境一带设置四十余个卫所为边防前线，包括东胜卫、斡难河卫、开平卫、大宁卫等皆为明朝边防重地，其走向大致为阴山、大青山、西拉木伦河一线。永乐以后，由于天气转寒，农耕不济，致使边境逐渐南移。明中期，随着蒙古复振，北方边境再次内迁，并修建长城以防御蒙古，在长城沿线设九边重镇加强防御，长城也成为当时农耕区与游牧区的界线。 [129]
东北
朱元璋置辽东都司经营辽东，后朱棣招抚女真部落，于1411年设奴儿干都司， [130]共辖130多个卫所。 [50]1435年，明宣宗撤回在奴儿干的流官驻军 [131]，至万历年间卫所增加至384个。晚明，后金崛起后逐渐进占辽东。 [129]
东北邻国高丽于元明之际大肆扩张领土，通过招谕、剿杀、驱赶女真部落，使本国疆域不断向北推进，1393年朱元璋内迁铁岭卫 [132]，默许取代高丽的李氏朝鲜占据鸭绿江以东、图们江以南的地区。
西北
明初于西北先后设有哈密、沙州 [133]、安定、阿端卫、曲先、赤斤蒙古、罕东左等卫。明朝前期，西北疆界涵盖今新疆东部哈密一带。 [134]
1472年，哈密卫被吐鲁番汗国攻陷，后于1482年兴复。 [135]弘治年间三失三复 [136]。1528年后，嘉峪关以西皆为吐鲁番汗国所据 [137]。 [129]
西南
1370年，吐蕃宣慰使何锁南普等率吐蕃诸部归降 [138]，后于青藏地区设乌思藏、朵甘卫指挥使司。 [14] [139]在完成藏区的统一后 [140]，明太祖要求藏民输马作赋、承担徭役 [141-142]，或蒸造乌茶、输纳租米 [143]，强调“民之有庸，土之有赋，必不可少”。 [144]1407年，明成祖派遣刘昭、何铭等人前往藏区设置驿站 [145-146]，1414年，又遣中官杨三宝往藏区招谕各土官恢复驿站 [147]，经多年努力终使往来西番的驿道安全畅通。 [148]
1382年，明军平定云南全境 [149]，除正式府州外另设有三宣六慰 [150]，永乐年间増设底兀刺、大古刺、底马撒三个宣慰司 [151