南宋建立初期，中央三省机构和宰相职权仍沿袭北宋之制。至建炎三年（1129年），三省（门下省、中书省、尚书省）改革为两省（尚书省、中书门下省）。此后尚书省职能迅速扩大，获得主要的取旨权，成为取旨和执行一体的中枢关键机构。改革后的中书门下省并未继承改革前中书省和门下省的职能，权力大为缩小，职权行使主要表现为政务处理的建议权，其封驳职能施行不尽理想。伴随着三省机构改革，宰辅名称和职权也发生相应变化，宰辅的“省份”属性逐渐淡化，宰相权力分配不再以三省机构为依托，相权更加集中，这也成为南宋相权膨胀的诱因之一。
地方官制
宋代路级各监司职能的权力界限大致如下：有关户口、婚姻、税赋之事由转运司负责，而狱讼、经、总制钱的征收归于提刑司，一路常平、茶盐事务由提举常平茶盐司管理，而地方军政、督捕盗贼则是安抚司的管辖范围。 [361]但这一划分相当粗略，这些机构的地位和职能也在南宋发生了变化。南宋初年，由于军事动荡，安抚司代替其他监司，成为一路最重要的管理机构，但随着和议的缔结和南宋政权内部的稳定，安抚司很快衰落，到南宋中期至宋末，主要的四个路级机构权力往往被新的高层政区机构如宣抚司、制置使司等接管，致使它们沦为执行机关，同时由于南宋末年的地方社会趋于贫困，保证税收的充足就成为它们共同面临的困境，因而其职能也越来越单一化为以财政事务为导向。 [362]与此同时，地方主管官员常常通过各类形式的“兼职”来扩大自己的权力范围。这些兼职为地方治理的顺畅发挥了作用；路级官员也存在各种不同的兼职类别，如路级官员的互兼、监司兼郡、兼任军职等。北宋的兼职通常属于制度化和职务性兼职，南宋的非制度化兼职和职位性兼职大量增加，形式上也更具“随意性”，多于北宋。 [362]
南宋中后期，地方行政机构中同级或上下级机构的长官互相兼职日渐增多，这种“隐性”因素，导致真实的地方行政权力分配格局偏离理想格局，行政权力由底层的县向中、上层的州、路和制置司、总领所集中。若将中、上层级的地方政府看作一个整体，其内部又出现不同机构之间权力合并的迹象。这种“隐性”因素使得南宋时期行政权力的分配格局日益不利于中央集权。 [356]
南宋中央体制
军事
行政
财政
监察
司法
宦官
馆职
文书
御营使司
（1127—
1134年与枢密院共存）
三衙
枢密院
尚书省、中书门下省
宰相领财政
御史台
大理寺
入内内侍省
崇文院
殿学士
学士院
殿前司
侍卫亲军司
枢密使
左丞相
（尚书右仆射兼同中书门下平章事）
右丞相
（尚书右仆射兼同中书门下平章事）
御史
中丞
大理
寺卿
1160年内侍省并入
阁学士、直学士、待制、修撰
观文殿大学士，观文殿、资政殿、端明殿学士（顾问，无实职）
翰林学士承旨、翰林学士（虚衔）
（权直）直
学士院
建炎初废，1135—1137年重建，后无实权
枢密
副使
参知政事（常兼任知枢密院事、签书枢密院事）
户部
侍御史
评事、司直
—
刑部
尚书
礼部
尚书
工部
尚书
兵
部
尚
书
吏
部
尚
书
户部
尚书
殿中
侍御史
左断刑、右治狱
翰林学士遇缺，则以侍中、给事中、中书舍人等兼直学士院。也有尚书兼权翰林学士不带知制诰
备注：黑体字为机构，普通字体为官职，同行的官职不代表其实际品级相同，只说明该官职在其系统内的高低
官员