近一半的军队继续驻扎在兖州，以防义军的反复。

    而战后叙功与确认官员得失时，禁军第十一营被评为头功，天津府军与王威的标兵营以及沈有容的等援军则是次功。

    禁军除了接受外朝的叙功与奖励，也接受都督府的奖励。

    有功必有罚，赵彦因督促山东军政不力，致使此次徐鸿儒起义事件发生，被罢官夺职。

    徐从治因巡查不力，亦被罢官夺职，但又因平叛有功，被降为巨野县令。

    郓城、巨野、曹州、嘉祥等地知州与知县，因迫害百姓导致起义发生，而后又弃城而逃，被判斩立决。

    至于邹县、滕县、峄县、费县等处的知县，也因弃城而逃被斩立决。

    至于原兖州知府张铨，虽然守住了济宁州，但兖州起义他有不可推卸的责任，跟徐从治一样，被贬为邹县知县。

    至于赵彦与张铨留下的空缺，山东巡抚由山西左布政使南居益接任，兖州知府由杨嗣昌赴任，而徐从治原先担任的兖东按察副使罢黜。