随即，杨志远率军南下，兵分三路，先后控制浙江、福建、湖广、江西、广东、贵州，历时大半年时间。
期间，一些明朝将领，仗着手中有兵，竟试图与护民军交换利益，希望王毅能承诺建国之后给他们高官厚禄。
拥兵自重的左良玉，更是提出划江而治。
对于这些自私自利的提议，护民军自然不会答应。
被拒绝后的左良玉联合明军将领，在长江沿线布置重兵把守，意图将护民军阻挡在长江以北。
但他们不知道护民军的厉害，所有的准备都是徒劳的。
护民军直接在左良玉等人防御最为厚实的地方渡江，新型的火炮能隔岸轰击，火箭炮的最远射程更是数十里。
左良玉等人的数十万大军，只一日间，就损失数万。
这还是念在同是汉人的份上，不然的话，护民军火力全开，足可让左良玉等人损失七八成以上兵力。
杨志远一开始以为，被胖揍了一顿的左良玉等人，会乖乖的投降。
结果左良玉等人再度送来书信，虽然不是划江而治的要求，却也提出让王毅许诺高官厚禄，世袭罔替。
“想多了，我们护民军这些高级将领，都没有世袭罔替一说！”看到左良玉书信的杨志远，冷笑不已。
这明显是左良玉没有搞清楚状况，不清楚军民府的政策和性质。
杨志远给左良玉的恢复，是一则消灭左良玉的将令，他派遣一名总兵率本部两万大军，对左良玉发起猛攻。
左良玉本以为手上的数十万兵马，能将来袭的两万护民军吃下，结果两万护民军宛若杀神，那几乎比停歇的火铳，宛若割麦子一般，收割走将士的性命。
此战过后，左良玉等人又损失数万，还被两万护民军紧追不舍，以至于左良玉等人手上的兵卒不断逃散，最终只有一两千亲兵跟随。
左良玉率军逃进深山中，才勉强摆脱护民军的追击。
而数月过后，左良玉竟是再度拉起一支十数万的兵马，不断与护民军作对。
杨志远得知消息，吃惊不已，不明白左良玉的粮饷从何而来。
不久后，杨志远收到暗网传来的消息，许多地主乡绅害怕军民府的均田分地政策，所以出钱出力，帮助左良玉对抗护民军。
杨志远大怒，立即下令让大军对左良玉部进行全歼。
在数十万大军的包围之下，即便是躲进高山深林，左良玉部也被护民军无情的剿灭。
紧接着，杨志远下令让护民军以千户为单位活动，对各地的地主乡绅、世家豪族、皇亲贵胄等，进行抓捕。
然后，说动那些被迫害过的百姓，出来检举揭发，并游街示众。
最后，护民军会进行公开处刑。
原本按照王毅的计划，是等大军控制中原大地后，再进行这一步的，牵连也不会如此之广，结果这些人自己往刀口上撞。
杨志远控制南方各省后，注意力放到了农民起义军的身上。
进入四川的张献忠部，被合兵一处的提督李华和提督秦悯赶出四川，又在贵州遭遇南路大军，杨志远按照计划将之驱赶至广西境内。
当张献忠大军走遍广西境内后，又被护民军驱赶至云南，目的是让张献忠大军扫除地主乡绅，世家贵族等，护民军则跟着后面仔细的清理。
当云南被张献忠大军扫荡一遍后，护民军又将张献忠大军赶进安南境内，然后护民军慢慢跟着后方，慢慢蚕食张献忠大军打下的地盘。
王毅率领的北路大军，在协助剿灭大清及联盟大军后，率军返回北直隶，对全国宣布大明覆灭、大顺投降、大清亡国灭种的消息，并布告天下，军民府会执政华夏。
然后，王毅指挥大军开始清扫乡绅地主、世家贵族等。
消息传出后，天下哗然，一些世家大族害怕被清算，纷纷在第一时间上表祝贺，表示愿意归顺，但被军民府拒收。
让王毅意外的是，孔家竟然罕见的没有修“降表”。
对地主乡绅、世家贵族等人的清扫，一开始并未引起什么风波，直到在山东曲阜孔家，才引发了风波。
明末衍圣公孔胤植，发表长篇大论，言孔府土地，是历朝历代帝皇赏赐，归孔家所有，军民府没有资格处置。
不仅如此，还组织族人和家仆，对丈量土地的军民府官员进行驱赶、恐吓、谩骂。
王毅得知事情，让人写一篇抨击孔家的文章，发表在《护民周报》上，标题为：流水的王朝，铁打的孔家，只因世修降表。
孔胤植看到这篇文章后，虽然怒火极盛，却无法反驳，也担心被算“旧账”，乖乖配合军民府均田分地，分户造册。
而在军民府有条不紊的推行政策之时，民间突然一片骂声。
尤其是曾经大明那些饱读诗书的文人士子，直接骂王毅本是大明将领，不思复