秦孝公赞扬卫鞅的功劳，封他为列侯。以前从魏国夺取的商、於等十五个城邑，作为卫鞅的封地，称为商君。这就是后世称他为商鞅的原因。卫鞅谢恩后回到家中，对家臣说：“我作为卫国的庶出公子，带着策略归附秦国，为秦国进行改革，使它变得富有和强大。现在我又得到了魏国的七百里土地，封了十五个城市，作为一个大丈夫，我的志向可以说是达到了顶点。”宾客们都齐声向他祝贺。这时有一个士人怒气冲冲地走上前来说：“众人的恭维，不如一个人的直言。你们这些人在商君门下，怎么能够阿谀奉承，陷害主人呢？”大家一看，原来是上客赵良。卫鞅说：“先生批评众人的阿谀，那请问我治理秦国的方法和五羖大夫相比，谁更胜一筹呢？”赵良说：“五羖大夫在穆公时担任相国，三次使晋国君主屈服，吞并了二十个国家，使秦国君主成为西戎的霸主。他自己的生活却非常简朴，夏天不张盖，劳累时不坐车。他去世那天，百姓痛哭流涕，就像失去了自己的父母。而你在秦国担任相国已经八年了，虽然法律得到了执行，但刑罚太过严酷，百姓只看到你的威严，却看不到你的恩德，只知道追求利益，而不知道道义。世子对你惩罚他的师傅感到愤怒，怨恨深入骨髓。民间的父兄子弟，心中也早已积满了对你的怨气。一旦秦国的君主去世，你的处境就会像早晨的露水一样危险。你还能贪图商、於的富贵，而自夸是大丈夫吗？为什么不推荐贤人替代自己？辞去官职，放弃俸禄，回到乡下耕种，也许还能保全自己的性命。”商鞅听后沉默不语，面露不悦之色。
五个月后，秦孝公生病去世。群臣拥立世子驷即位，这就是惠文公。商鞅自认为是先朝的老臣，所以出入时态度傲慢。公子虔当初被商鞅割鼻，一直怀恨在心，想找机会报复。到这时，他和公孙贾一起向惠文公进谗说：“臣听说大臣权势太重，国家就会危险；左右的人权势太重，君主就会危险。商鞅制定法律治理秦国，虽然秦国得到了治理，但妇女和孩子们，都在谈论商鞅的法令，而不是谈论秦国的法令。现在他又被封了十五个城邑，权势更大，恐怕他将来会谋反。”惠文公说：“我也早就恨这个家伙了！但因为他是先王的大臣，而且罪行还没有暴露，所以我一直容忍他。”于是，惠文公派遣使者收回了商鞅的相印，让他退回商、於。商鞅辞别朝廷，带着车马离开都城，仪仗队伍依然庞大，甚至比一些诸侯国还要盛大。百官们送行，朝廷的官署却空空如也。公子虔和公孙贾密告惠文公，说：“商君并没有悔过和懊悔的心，他越权仿效王者的礼仪和制度，如果让他回到商、於，必然会谋叛。”甘龙、杜挚也证实了这个事情。惠文公大怒，立刻命令公孙贾带领三千武士，去追赶商鞅，并将他的首级带回来。公孙贾领命离开朝廷。当时的百姓都在街头巷尾抱怨商鞅。一听说公孙贾带领军队去追赶，挽起袖子，跟着一起去的，何止数千人。
商鞅的车队刚出城一百多里，突然听到后面喊声震天，派人去打听，回报说：“朝廷派兵追赶。”商鞅大惊，知道新王惠文公对他发难，恐怕难以幸免，于是急忙脱下官服，下车装扮成士兵，开始逃亡。商鞅逃到函关时，天色已晚，便去旅店投宿。店主要求他出示身份证明，商鞅说没有。店主说：“商鞅的法令规定，不能收留没有身份证明的人，违反者要一并处斩！我不敢留你。”商鞅叹息道：“我制定的这个法令，竟然害了自己。”于是他连夜赶路，偷偷地出了函关，直奔魏国。然而魏惠王因为商鞅诱骗并俘虏了公子卬，夺取了河西之地，所以想要逮捕商鞅并把他献给秦国。商鞅又逃回商、於，准备起兵攻打秦国，但被公孙贾追上并捆绑回来。惠文公列举他的罪行，下令将商鞅押到市场，五马分尸。百姓争相抢食他的肉，很快就被抢光了。于是惠文公灭绝了他的家族。商鞅变法使得秦国富强，如今却遭受车裂之祸，这难道不是过于严酷的报应吗？这是周显王三十一年的事。髯翁有首诗这样说：“商於封邑未经年，五路分尸亦可怜！惨刻从来凶报至，劝君熟读《省刑》篇。”
自从商鞅死后，百姓在道路上载歌载舞，感到如释重负。六国听闻此事，也都相互庆祝。甘龙和杜挚先前被革职，现在都恢复了原职，并任命公孙衍为相国。公孙衍劝惠文公向西征服巴蜀，称王以号令天下