总督受兵部尚书经略哈密等处兼安西都护府大都护的节制，以保证大军的粮饷转运和援军调发。

    而单独将宁夏镇独立出来，受朝廷直接指挥，作为朝廷在西北的一支机动力量，兼顾西北和山西，同时将原延绥、榆林两镇予以撤销，部分兵力加强给宁夏镇，剩余兵力归陕甘提督指挥节制。

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