对于大明来说，军事手段当然是很重要的，但是经济和其他手段也很重要，大明要在倭国推行儒学教育，用大明的佛法感化这些倭人，奉大明正朔，用大明货币，读大明诗书，这样加以时日倭国才能够和大明同心同德，不再成为大明之患。
同时为了防止倭国再度成为大明之患，朝廷还要采取各种措施对倭国予以限制，主要是在金属冶炼、船只制造、火药等方面的各种技术和书籍都坚决不能流入倭国，不能让倭国再次成为大明的祸患。
徐渭在处置倭国善后事务疏中向朱载坖建议，在倭国下达两道命令，第一是废刀令，就是废黜武士阶层的特权，消灭所谓武士阶层，因为倭国除了朝廷之外，还有各藩的藩主，这些藩主都是地方的豪强，各藩藩士、其中主要是武士，他们的工作就是为藩主打仗卖命。这些武士与藩主是家臣与主君的关系。家臣为主君工作，主君要给家臣俸禄，他们之间是一种从属关系。
这些武士往往就是祸乱的根源，他们享有各种特殊待遇，其中最重要的就是佩刀，刀是这些武士身份的象征，徐渭认为，这些人以武犯禁，决不能容忍，废黜他们的种种特权，倭国朝廷和各地方藩主按照人口和封地的多少，在大明的批准之后可以拥有一支仅限于维持治安的军队，不准拥有火炮、火铳、战船等重装备，有叛乱等事情，上奏倭国朝廷请求大明安东都护府予以镇压即可。
凡是不是倭国朝廷和各藩的军队人员，不管什么身份，都不允许私藏武器，违者斩立决。
除了废刀令之外，就是刀狩令，收缴倭国农民持有的刀剑、长枪、火器等武器，将流散在倭国民间的武器予以收缴，大明以农具、金银、粮食、布匹等作为奖励，收缴倭国国内的武器，严禁民间持有刀、胁差、长枪、火绳枪等作战武器，实施过程中采取分级收缴制度，由村落头人负责统计上报，大名派遣检使监督执行，最后由倭国朝廷和大明安东都护府对整个倭国的收缴武器情况进行检查。
同时废刀令和刀狩令，消弭倭国可能作乱的物质基础，同时在辅以用儒学、佛教加以教化，对于倭国实现无害化处理，为了使得倭国百姓支持大明，在削平了倭国的这些豪强之后，由大明安东都护府规定倭国赋税的上限，降低农民的负担，将倭国境内的浪人等予以雇佣整编之后调往其他地方如安南等地，逐步加以消灭，将倭国的反抗消弭，使得朝廷的利益能够最大化。
徐渭的奏疏到了朱载坖的案头之后，朱载坖没有立即对于徐渭的倭国善后疏进行讨论，而主要是对于徐渭所要求的增兵问题进行讨论，徐渭要再向倭国增兵五万，同时日后还在安东都护府增加五卫兵力，才能够保证倭国安宁。
对于增兵问题，群臣现在还是同意增兵的，但是对于两个问题存在争议，首先是增兵多少的问题，徐渭要求增兵五万，但是群臣认为增兵多少主要由两个方面的原因决定，第一是倭国现在的战局需要多少兵力，第二就是朝廷的后勤能否维持官军的作战。
现在大明为了维持在倭国的征发，已经动员了整个北洋水师和大量的民间船只，再增加兵力的话，后勤压力更重，所以有部分臣子们认为要谨慎增兵，但是朱载坖认为，现在安东都护府在佐渡岛上的屯田，还有倭国的缴获、购买的粮食能够极大的缓解安东都护的后勤压力，而且现在正是削平整个倭国豪强的大好机会，决不能放过，要立即满足徐渭的要求，抽调官军前往倭国。
而另外一个问题就是抽调哪里的官军，之前的五万官军，是朱载坖从京营抽调的，这次如果再从京营抽调的话，就从京营抽调了十万官军了，虽然现在京营兵力雄厚，但是也经不起这么折腾，很多臣子们都建议从其他地方抽调官军，这点朱载坖倒是接受了他们的建议。
京营当然要外出征战以锻炼战斗力，但是地方官军也要经常上战场磨练才行，但是这次是跨海作战，还是要主要以沿海省份为主，朱载坖和参赞军务大臣和阁部重臣们商量了之后，决定主要从辽东、山东、南直隶三省调发官军增援安东都护府，主要因为这三省都靠海，而且气候和倭国有相似之处。
朱载坖和重臣们商量之后认为，辽东官军在倭国颇为威名，但是辽东要承担防备女真和土蛮部的重任，不能过分削弱，只从辽东抽调一万官军，然后从山东和南直隶抽调两万官军，一共五万官军，到天津集结之后，渡海前往倭国，增援安东都护府。
没有想到朝廷征伐倭国的消息传开之后，浙江巡抚沈炼上疏，称浙江久被倭寇荼毒，听闻朝廷征讨倭国，两浙军民振奋，乞朝廷调两浙之兵征