此时恰逢高家堰决堤，河督张文浩因此被流放，相关部门建议革除孙玉庭的职务。但是，考虑到孙玉庭之前的功劳，皇帝宽恕了他的过失，让他继续留任。然而，不久后由于借用黄河水运粮食的效果不佳，孙玉庭被解除了职务，并被给予编修一职退休。

    此外，户部还指责孙玉庭没有实行海运，导致了河道运输受阻，并要求他承担滞留漕运及剥运费的七成责任，命令他留下来疏通运河。工程完成后，孙玉庭回到了家乡。