咸丰十一年咸丰帝逝世，同年，慈禧联合恭亲王奕发动辛酉政变，解除顾命八大臣的职务。
为笼络人心，慈禧重用以曾国藩为首的汉族地方实力派，左宗棠也得到了慈禧太后的器重，出任浙江巡抚。
左宗棠出任浙江巡抚后，率军进军浙江。
当时浙江仅衢州一城为清军所控，其余皆为太平天国所控制。
左宗棠进入浙江后，李秀成弟侍王李世贤率军进攻衢州。
左宗棠与之多次交战，化解了李世贤对衢州的进攻。
此后左宗棠转守为攻，在半年中连下汤溪、龙游、兰溪，后攻占金华，又连克六县。
左宗棠利用洋枪队，在同治二年3月15日攻占绍兴。
此时，太平军在浙江仅剩杭州湖州二城。5月清廷授左宗棠闽浙总督。
同年十二月，李鸿章攻占苏州，后因立功心切又于同治三年3月攻入浙江嘉兴。
左宗棠不愿李鸿章插手浙江，遂急攻杭州，于3月31日攻克杭州。
清廷加封左宗棠太子少保，赏黄马褂。
7月左宗棠攻克湖州，浙江全境复为清廷所得。清廷以功授左宗棠恪靖侯。
左宗棠在同治四年至五年间的两年里调集各路人马，基本剿灭了福建境内的太平军残部。
左宗棠在鸦片战争时期就认识到西方坚船利炮的巨大威力。
左宗棠在与洋枪队的协同作战中，他更是充分认识到了西洋武器的威力。
因此他积极参与洋务运动，创办了不少军事企业、机构。
左宗棠十分重视新式战舰在海战、河流作战中的作用。
在与太平军作战间隙左宗棠就命人在杭州仿制了一艘小轮船。
“在与太平军的战事结束后，左宗棠将精力投入到加强海防，抵御外敌上。”
“1866年左宗棠抵达福州，当年便向清廷奏请创办福州船政局，并很快得到了朝廷的同意。””
“一年后，福州船政局开工。”
“1866年西北战事趋紧，清廷急调左宗棠赴陕甘，平定回民起义与捻军。”
“左宗棠一直关注福州船政局的建设，其发展一直为左宗棠遥控指挥。”
“在左宗棠的领导下，福州船政局逐渐发展起来，先后建成军舰34艘，具备自行设计建造军舰的能力。”
“同治五年清廷令左宗棠出任陕甘总督，平定西北战乱。”
“就任后左宗棠分析了西北局势，他认为应该先消灭捻军，后平定回民起义。”
“因为捻军战斗力更强，对于清廷威胁也更大。”
“进入陕西后，左宗棠初战失利。”
“左宗棠原定计划包围消灭捻军，而作战灵活的捻军粉碎了左宗棠的包围圈。”
“捻军连克安塞、绥德等地。”
“同治六年十一月捻军兵锋直达保定，威胁清朝统治中心。”
“清廷朝野震动，左宗棠因作战不利被夺职。”
“捻军虽然未被歼灭，但从河南转战陕西、河北等地，未能建立根据地，反而出现了孤军深入，缺乏后勤补给和兵源的致命弱点。”
“左宗棠针对捻军孤军深入，而无后援的死穴，对捻军采取画河圈地，不断缩小包围圈的策略。”
“最后将捻军消灭于徒骇河边。左宗棠因消灭捻军而受到“觐见天颜”的机会，他进入北京紫禁城觐见慈禧太后，并得到了慈禧太后的褒奖。”
“在消灭捻军后，左宗棠回到西安，全力对付回民起义。”
“左宗棠先是通过“剿抚并举”的手段先收伏了回民起义军董福祥部。”
“后攻下董志原，逼迫回民起义军撤往金积堡。”
“1868年5月左宗棠兵分三路，进攻甘肃的回民起义军。”
“战事持续一年半，尤以金积堡的战斗最为激烈，左宗棠所部大将刘松山在战斗中阵亡。”
“在左宗棠的围攻下，回民起义军最终支撑不住，在同治九年十一月年向清军投降。”
“左宗棠接受回民起义军首领马化龙的投降，左宗棠在其召回各地回军后，将马化龙及其全家杀死。”
“左宗棠在此后又继续进攻河州。西宁等地的回民起义军。”
“最终于同治十二年九月攻下回民起义军最后一个据点肃州城，白彦虎带领回民起义军残部退往新疆。”
“左宗棠因平定回民起义有功，而被授以协办大学士，次年又晋升东阁大学士。”
“同治六年，中亚浩罕汗国军官阿古柏联合地方分裂势力占领新疆南部。”
“并在之后占领乌鲁木齐与伊犁，大有吞并全疆之势。”
“陕甘回族起义军残部白彦虎等人又逃亡新疆与阿古柏合流，共同反清。”
“而沙俄又以“帮助中国收复领土”的幌子，侵