但是，他和皮萨罗侯爵这个首领的关系在他的事业中很难认为是一件幸事。为发现新大陆和征服事业而结成的个人之间的合伙关系不大可能被人们严格认真地遵守，特别是不大可能被那些更习惯于支配别人而不习惯于管束自己的人们加以遵守。即使以前没有发生彼此不和的事件，他们也必然会在战利品分配上发生争论。他们之间的联合，是一种特别搭配不当的联合。因为阿尔马格罗的随和、热情和胸怀坦荡的性格敌不过皮萨罗的冷酷和诡计多端的权谋；每当他们各自的利益发生相互冲突时，他一定会被合伙人的诡计所伤害。
阿尔马格罗的最后毁灭应当归咎于他自己。他犯了两个重大错误。首先是他诉诸武力夺取库斯科。分界线的确定不能靠武力来解决。那是一个提交仲裁的问题，如果仲裁人不可信赖，则应提交给皇室裁决。但是，如果一旦诉诸武力，他就不应再求助于谈判，最重要的是，不要和皮萨罗进行谈判。这是他的第二个也是最大的错误。他对皮萨罗的所作所为已经看得够多了，理应知道他不可信赖。而阿尔马格罗竟然相信了他，因而为此付出了生命的代价。
阿尔马格罗被处死之前，弗朗西斯科·皮萨罗侯爵一直呆在离库斯科城约150多公里的浩哈小镇的印加大王的行宫里，但库斯科那边的一切都在他的掌控之中。就跟查尔库奇马和基斯基斯带领着基多军队攻进库斯科京城之后，在库斯科京城所进行的一切军事和暴力方面的活动都是由驻扎在浩哈小镇的阿塔瓦尔帕大王亲自指挥着一样。
皮萨罗在他的兄弟出发追击阿尔马格罗之际回到了利马，一直在焦虑不安地等待着战役的结果。在得到拉斯萨利纳斯之战胜利的喜讯之后，他马上踏上了进军库斯科的行程。因为当时局势相当地混乱，他只好呆在浩哈小镇，一边遥控指挥着库斯科那边的行动。一边等待着对阿尔马格罗的审判结果。
很快，他就收到了埃尔南多派人送来的信。信中写道，“尊敬的侯爵先生，听说你已经从利马到达了浩哈，要在浩哈休息一顿，然后再来库斯科城，我们都在热切地期盼着和等待着。由于你为我们准备了足够的人马和武器，并制定了歼敌之策，所以，这一仗打得十分地顺利，也取得了决定性的胜利。将奥尔戈涅斯击毙，将阿尔马格罗生擒。但如何地处置这位‘独眼将军’，我想请求你来做最后的决定。按照你的意见，我已经派人把小阿尔马格罗送往利马，由你来看护。他可能明日就能到达浩哈。期待着你早日来库斯科城。”
皮萨罗听完秘书皮卡多为他念完信后，就对皮卡多说，“你马上给埃尔南多回信，就说对阿尔马格罗的处置非常地重要，要对他进行最严厉的处置，使他不再能给我们制造麻烦。决不可放虎归山，否则，让他有朝一日东山再起，势必会对咱们构成严重威胁。你再对他说我会一直呆在浩哈，直到阿尔马格罗被处置之后再去库斯科，否则，他们会要求让我放掉阿尔马格罗。对阿尔马格罗的处置一定要按照法律程序进行，要组织人力对他的罪行进行揭发和控告，再对他进行法律起诉。让人们看到我们是通过合法公正的手段对阿尔马格罗进行应有的处置。而阿尔马格罗则是一个背叛了这个国家和西班牙王室的罪人，他的死是理所应当和罪不可赦。这件事要抓紧时间进行，我会一直等到他将阿尔马格罗处置之后，就赶往库斯科城。”
第二天上午，被埃尔南多派人送往利马的小阿尔马格罗到达浩哈小镇，来到了印加行宫拜见皮萨罗侯爵。侯爵热情地接待了小阿尔马格罗。小阿尔马格罗对皮萨罗侯爵说，“我的父亲被埃尔南多关押起来，他年迈体弱，身体多病，我真为他担心。我请求侯爵先生别对他实施任何形式的暴力。”
皮萨罗侯爵拍着年轻人的肩膀说，“年轻人，你尽管放心，我不会加害于你的父亲，因为我们是多年的老朋友和合伙人。作为秘鲁总督，我唯一的愿望是看到这个王国能够平和安宁。对于你的父亲，我的老朋友和合伙人，我不但不会对他实施任何形式的暴力，还一定会和他重修旧好。”在安抚过这位年轻人之后，皮萨罗侯爵又对小阿尔马格罗说，“我让他们把你送到我的家中住着，把你当成我的侄子对待。”
小阿尔马格罗非常感激，说，“感谢侯爵先生。”
皮萨罗说，“我先让他们把你送到利马，我还在这里呆上一段时间。等把一些事务处理完了，我就会马上赶回利马。”
其实，皮萨罗侯爵一直呆在浩哈，并非有什么要紧的事务处理，而是在等待着埃尔南多处置了阿尔马格罗之后，要赶往库斯科城。他已经很长时间没有去过库斯科了，在当前乱哄哄的局势下，他觉得自己必须要回到库斯科城亲自处理一些重要的事情，稳定住当前这动荡不安的局势。
几个月前，为了迫使阿尔马格罗带领部队去远征智利，他曾亲自来到了库斯科城，千方百计地说服阿尔马格罗率部离开库斯科城，去征服