就在织田信雄在大凑之町艰难购船之际，织田信长率军已然抵达长岛周边，开始有条不紊的拔除周边障碍，为包围长岛做准备。想要彻底攻克长岛，必须先清除周边势力，切断长岛僧兵的外援补给。
织田信长首先率军，攻陷长岛周边的西别所城，为后续包围奠定基础。攻陷西别所城后，织田信长命柴田胜家与泷川一益向坂井城、近藤城发起进攻。柴田胜家勇猛善战，泷川一益智谋过人，两人分工合作，先是率军包围坂井城迫使其开城投降，随后又率军强攻近藤城，凭借着强大的兵力优势顺利克城。
柴田胜家与泷川一益的接连胜利，极大威慑了北伊势的地方国众。原本依附于本愿寺、与织田家为敌的春日部家、赤堀家等见织田军势不可挡，纷纷放弃抵抗，倒戈投降，主动献上降表，表示愿意臣服于织田家，听从织田信长的号令。
一时间，北伊势局势发生翻天覆地的变化，除却长岛以及少数顽固势力外，大部分支持本愿寺的地方国众，要么被织田军诛除，要么被收拢，织田信长顺利掌控北伊势大部。此时，挡在织田信长面前的，只剩下中岛将监据守的白山城不肯投降，成为包围长岛的最后障碍。
织田信长见状，当即率军对白山城发起总攻。白山城守军虽然顽强抵抗，凭借着坚固城防，一次次阻挡着织田军进攻，可终究寡不敌众。不久后，白山城被织田军攻破，中岛将监战死，守城士卒要么战死、要么投降，这座不听话的钉子终于被织田信长拔除。
至此，长岛周边障碍全部被清除，织田军顺利完成对长岛的陆路包围。可就在织田信长准备发起总攻之际，织田信雄那边传来坏消息——购船事宜屡屡受挫，只买到一些狭小船只，根本无法完成对长岛的海路封锁。
没有足够船只，就无法切断长岛的海路补给，长岛僧兵可以凭借海路不断获得补给，织田军即便发起总攻，也必然会付出惨重代价。面对这一尴尬局势，织田信长陷入深深无奈，没有海路封锁，想要彻底攻克长岛，几乎是不可能的。
继续僵持下去，只会消耗织田军的粮草，得不偿失。可若是强行发起总攻，只会让织田军再次遭受重大损失。权衡利弊之下，织田信长只得无奈下令撤军回返，暂停第二次长岛征伐，等待时机，再图长岛。
可织田信长万万没有想到，撤军之路竟会如此艰难，一场突如其来的危机，正在悄然等待着他们。织田军按照命令有序撤军，可就在行至多艺山时，早已埋伏在周边的本愿寺僧兵，突然发起袭击。
本愿寺僧兵，狂热善战，悍不畏死，他们趁着织田军撤军，从四面八方涌来，对织田军发起猛烈进攻。更糟糕的是，就在僧兵袭击的同时，天降大雨，倾盆而下，豆大雨点砸在地面，溅起片片泥水，狂风裹挟雨水呼啸而过，视线受到严重阻挡。
这场突如其来的大雨，给织田军带来致命打击。织田军的铁炮队由于雨水淋湿火药，根本无法使用，失去了远程攻击的优势。同时，大雨导致道路泥泞不堪，不仅阻碍织田军行进，更切断各部联系，使得织田军无法及时集结兵力组织反击。
面对本愿寺僧兵的猛攻与漫天大雨，织田军陷入混乱之中。士卒被雨水淋成落汤鸡，浑身泥泞，视线受阻，根本无法看清敌人动向，只能被动挨打。织田信长无奈下令，让织田军被迫与本愿寺僧兵展开白刃战。
由于织田军是在撤军途中，阵型散乱，再加上天降大雨，视线受阻，各部之间无法相互配合，使得负责殿后的队列成为僧兵攻击重点。织田信长此前委任家老林秀贞的儿子林通政负责殿后，掩护大军撤退。
林通政深知自己责任重大，率领麾下士卒奋力抵抗，与本愿寺僧兵展开殊死搏斗。可终究寡不敌众，再加上大雨阻碍，林通政奋战后被僧兵讨死，麾下士卒也大多战死，殿后防线一度濒临崩溃。
另一个被安排殿后的越前国降将富田长繁，凭借着麾下猛将毛屋猪介的英勇表现，得以顺利脱困。毛屋猪介胆识过人，在大雨之中奋勇杀敌，冲破僧兵包围，为富田长繁开辟了一条退路。
这场突如其来的袭击让织田军士气大跌，织田信长在掩护下奋力突围，有惊无险撤回了美浓国岐阜城进行休整。就这样，织田信长精心准备的第二次长岛征伐，最终虎头蛇尾的宣告失败，不仅没有平定长岛的本愿寺僧兵，反而遭受了不小损失。
回到岐阜城后，织田信长心中充满愤怒。第二次长岛征伐失利让他颜面尽失，此次失利一方面是因为织田信雄购船事宜受挫，另一方面也与内部潜在隐患有关。为了稳定军心，震慑内部，织田信长第一时间发令，严厉宣布：
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谁敢内通长岛的本愿寺僧兵，无论是家臣还是地方国众，一律以死罪论处，绝不姑息。
第二次长岛征伐失利，虽然让织