瘟疫的到来，结束了这种混乱的对峙局面。
发现郭康这边在进行防备之后，谢赫等人也感觉到了不对劲。开罗人口众多，这些大规模的人员搬迁和卫生清理工作，不可能瞒得过其他人。临战的时候，还花心思搞这么大动静，明显就不对劲。
再加上，春夏时节，本来就是黑死病多发的时候。因此，虽然不相信他们能战胜瘟疫，谢赫也多了个心眼，开始试图模仿罗马方面的各种政策，尤其是其中那些比较简单，而且看起来应该有利于对付瘟疫的部分。
然而，苏丹政权在这方面先天不足。当年控制开罗的时候，他们都没法管住囤积居奇的商贩和上下欺瞒的包税人，现在这个情况，就更加不可能贯彻下去了。
谢赫试图把人员进行分流，将几座港口和城市里的闲杂人等搬迁出去。但命令下达之后，他手下的官员很快开始借此牟利。那些和包税人关系好，乐意花钱投献的人，就能留下来；而其他人，则会被故意迁走，丢到城外荒野去做苦工。
政权里的南迁者，故意借此对付当地的实力派，把他们强行迁走，然后霸占他们的土地、房产和商栈。而当地人也不甘示弱，借助自己的高层人脉去对抗外来包税人。双方甚至出动打手和刺客，在街头直接动武。一时间，城里乌烟瘴气，更加混乱了。
到瘟疫爆发，这些地方的情况也没有好转。城内外的不同区域，也没法建立相互独立的管理系统。很多人虽然搬到了其他地方，但依然私自来回跑，马穆鲁克们也管不住。等城里开始出现人员大量死亡，大家才慌了起来，开始试图认真进行隔离。
但是，完全阻断各个区域的联系，也是做不到的。其他不说，港口自己不产粮食，这些吃的东西，都得从外面运来。而掌握港区的科普特商人，借此大肆收受贿赂，囤积居奇。一个大饼的价格，比之前涨了几十倍，导致城区人心惶惶。
另一方面，各个区域的管理也形同虚设。只要花钱，就能从这些人手里获得通行证，自由来往。因此，瘟疫还是很快就扩散到了所有区域，包括军营和富人区。
在黑死病面前，权势、信仰和金钱都失去了意义。谢赫雇佣的贝都因部落兵大量死亡，剩下的人仓皇逃走，回到偏僻的沙漠边区，不敢来了。
那些南下的豪族和包税人，自从逃离下埃及之后，都在抱团行动，希望以此保证自己的安全。而且，他们还经常在各个区域频繁来往，寻找敛财机会。所以，在黑死病期间，这些人的损失，比以往还要严重的多。
等瘟疫高峰过去，他们聚集的库斯港富人区，已经十不存一。不少包税人整家整族地死亡，大量刚刚被他们圈占的房产，又空余了出来，甚至找不到能接手的人；大白天，胡狼和秃鹫，就在这些曾经让周围人不敢奢想的豪宅里公然出没，寻找食物。
上埃及的地方豪强，纷纷学着，开始闭门自保，和苏丹政权几近断绝关系。维持上下层之间往来的包税人和文官阶级，几近全军覆没，导致本来就脆弱的苏丹政权，这下几乎全盘崩溃了。
谢赫本人住在卢克索的营地里。这个地方，就是远古时候，埃及的旧都底比斯。别的东西可能不多，但城外的各处荒地、岛屿上，各种建筑遗迹，倒是遍地都有，提供了良好的临时遮蔽场所。
瘟疫爆发之后，居民们习惯性地逃出城，跑到那些废墟里避难。谢赫多坚持了一段时间，眼见秩序已经完全崩盘，也被手下架走，仓促南逃到阿斯旺一带，躲到尼罗河中间一个岛屿上。在那里的异教神庙遗迹中，暂时驻扎下来。
可能是因为古埃及人支援未来的遗迹比较多，大家跑得比较分散，所以损失的相对少一点。瘟疫结束之后，谢赫等人陆续返回，又收拢属下，得到了一批幸存者。但之前的一系列状况，让他心力交猝，一时间也无力再做什么了。
之前的历次黑死病，谢赫和埃米尔们也经历过。如果只是那几次的翻版，那么虽然会造成严重损失，但是大家已经习惯了。而且，黑死病也不分你是哪一方，内战的两边都会受到削弱，对结果其实影响不大。
但这次，两边的表现，对比太过明显，让苏丹政权的支持者们，都产生了动摇。
如果只是结果上的区别，还可以归结于天命，说这只是胡大嫌弃大家罪恶太多，故意拿异教徒作对比，警告信众们——总之不是人力所能及。最后的这些损失，也是躲不开的天罚，不能都归因于统治者的过错。
但这次，中间出现的各种乱象，实在太过明显，造成的后果也非常恶劣。上层的吃相过于难看，对抗也过于激烈，甚至都有些戏剧化。以至于哪怕没有多少文化的当地人，都能直观地看出，这次的损失，就是这些平日里人模狗样的所谓社会精英，自己作死作出来的。而他们自己，最后也没能逃离惩罚，几乎是个样板级别的教育故事。
瘟疫之后，不止是普通人，很大一部分中下层教士和官员，也开始对之前